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- PDB-8yvb: Crystal structure of Caenorhabditis elegans ZIM-1 ZF1-2-CTD domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yvb
タイトルCrystal structure of Caenorhabditis elegans ZIM-1 ZF1-2-CTD domain in complex with Chromosome II/III pairing center
要素
  • C2H2-type domain-containing protein
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*A)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / double stranded DNA binding protein
機能・相同性: / meiotic chromosome segregation / Zinc finger C2H2 type domain signature. / condensed nuclear chromosome / Zinc finger C2H2-type / DNA / DNA (> 10) / C2H2-type domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, F.D. / Li, M.L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371282 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171222 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for C. elegans pairing center DNA binding specificity by the ZIM/HIM-8 family proteins.
著者: Li, M. / Zhu, C. / Xu, Z. / Xu, M. / Kuang, Y. / Hou, X. / Huang, X. / Lv, M. / Liu, Y. / Zhang, Y. / Xu, Z. / Han, X. / Wang, S. / Shi, Y. / Guang, S. / Li, F.
履歴
登録2024年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C2H2-type domain-containing protein
B: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5475
ポリマ－21,4163
非ポリマー1312
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.767, 62.464, 101.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-118-

HOH

21C-120-

HOH

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要素

#1: タンパク質 C2H2-type domain-containing protein


分子量: 15013.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: zim-1, CELE_T07G12.6, T07G12.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2MZC6
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*A)-3')


分子量: 3355.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*A)-3')


分子量: 3047.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG 600 and 0.1 M HEPES, pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 14363 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 183804
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.9311.90.9726960.8530.960.2891.0150.947100
1.93-1.9712.50.9216990.870.9650.2690.9610.939100
1.97-2.0112.30.787170.8870.9690.2290.8140.954100
2.01-2.05130.6656910.9080.9750.190.6920.944100
2.05-2.0912.70.5717300.940.9840.1650.5950.967100
2.09-2.1412.70.4546890.960.990.1320.4730.997100
2.14-2.1911.30.3647160.9640.9910.1110.3810.982100
2.19-2.2513.40.3366980.9770.9940.0950.3490.971100
2.25-2.3213.60.2927300.9830.9960.0820.3031.006100
2.32-2.3913.50.2517050.9830.9960.070.2610.986100
2.39-2.4813.30.2247260.9890.9970.0640.2330.96100
2.48-2.5813.30.1766960.9910.9980.050.1830.979100
2.58-2.6913.20.1497150.9940.9990.0430.1550.985100
2.69-2.8411.60.1237250.9930.9980.0370.1290.95899.7
2.84-3.0113.70.1087120.9960.9990.030.1121.028100
3.01-3.2513.60.0847270.9980.9990.0240.0870.989100
3.25-3.5713.20.0737290.99910.0210.0760.971100
3.57-4.0812.20.0687360.9980.9990.020.0710.91699.7
4.08-5.13130.0657390.9960.9990.0190.0680.872100
5.13-2012.10.0617870.9980.9990.0180.0640.75999.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.7 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 692 4.9 %
Rwork0.1896 --
obs0.192 14122 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数864 428 2 110 1404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5851917
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.111538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.050.26151310.22462492X-RAY DIFFRACTION95
2.05-2.250.27831420.20692677X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.580.25861410.19882705X-RAY DIFFRACTION100
2.58-3.240.22571260.1982739X-RAY DIFFRACTION100
3.25-19.70.22081520.16842817X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4199-0.2372-0.18880.69160.00940.82030.06210.4871-0.0364-0.5493-0.0711-0.2203-0.18340.04260.01750.175-0.04270.0850.1679-0.01730.11598.5443-19.38079.4904
22.42020.5326-0.20992.3141-0.56871.92690.001-0.1489-0.5209-0.252-0.2203-0.31490.20960.28240.11550.0983-0.00620.00840.16320.01690.18690.5877-36.690815.3719
30.25450.44070.39741.07880.55410.6604-0.0797-0.3176-0.19140.234-0.14940.19290.3728-0.1519-0.1110.2205-0.05390.05740.1810.07330.24781.8367-31.773923.8883
41.0233-0.4165-0.97092.72930.36111.7628-0.21410.0059-0.08230.0730.244-0.5462-0.13860.53920.17730.1647-0.07590.05630.1853-0.03840.221714.1314-16.855116.7125
50.6279-0.17420.24411.5545-0.15821.3280.01490.1168-0.0271-0.27190.03510.0782-0.085-0.1866-0.08870.14330.0227-0.02070.1596-0.00960.1415-6.4339-18.978413.1304
60.4876-0.04130.45810.04520.09531.69990.09540.1202-0.0553-0.4114-0.08560.0462-0.0707-0.32890.05380.20680.0054-0.04410.1651-0.02760.1162-6.3212-21.150611.9505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 454 through 493 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 494 through 516 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 517 through 536 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 537 through 558 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 11 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 2 through 11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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