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万見
- PDB-8yum: Ubiquitin(late folding intermediate, F') from Oryza sativa subsp.... -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yum
タイトルUbiquitin(late folding intermediate, F') from Oryza sativa subsp. japonica (Rice)
要素Ubiquitin
キーワードPLANT PROTEIN / ubiquitin / folding intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues ...Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-ribosomal protein eL40z fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法溶液NMR / simulated annealing / water refinement
データ登録者Adhada, S.T. / Sarma, S.P.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)LSII-022 インド
Department of Science & Technology (DST, India)LSII-039/2015 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/01/CEIB/11/V/17 インド
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Slow Conformational Exchange between Partially Folded and Near-Native States of Ubiquitin: Evidence for a Multistate Folding Model.
著者: Adhada, S.T. / Sarma, S.P.
履歴
登録2024年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6681
ポリマ－8,6681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8667.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: Ub-CEP52-1, UBQ1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CH34
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic22D 1H-13C HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC
133isotropic13D CBCA(CO)NH
143isotropic13D HN(CA)CB
153isotropic13D HNCO
163isotropic13D HN(CA)CO
173isotropic13D C(CO)NH
183isotropic23D H(CCO)NH
193isotropic23D HNHA
1103isotropic23D 1H-15N NOESY
1113isotropic23D 1H-13C NOESY
1123isotropic22D 1H-15N IPAP HSQC
2133anisotropic22D 1H-15N IPAP HSQC
1143isotropic23D HNCO LRA
1152isotropic23D 1H-15N TOCSY
1162isotropic2T1 relaxation
1172isotropic1T1 relaxation
1182isotropic2T1rho relaxation
1192isotropic1T1rho relaxation
1202isotropic21H-15N heteronoe
1212isotropic11H-15N heteronoe

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM Ubiquitin, 90% H2O/10% D2OOsUbq_A90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2OOsUbq_A_15N90% H2O/10% D2O
solution31 mM [U-13C; U-15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2OOsUbq_A_13C_15N90% H2O/10% D2O
gel solid41 mM [U-13C; U-15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2OOsUbq_A_rdc90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMUbiquitinnatural abundance1
1 mMUbiquitin[U-15N]2
1 mMUbiquitin[U-13C; U-15N]3
1 mMUbiquitin[U-13C; U-15N]4
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
12M Urea, pH220 mMpartial denaturing21 atm298 K
22M Urea, pH2 in 6% polyacrylamide gel20 mMpartial denaturing RDC21 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Agilent Direct DriveAgilentDirect Drive6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.5.2CCPNchemical shift assignment
CYANA3.98.15Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
X-PLOR NIH3.4Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipe10.9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PINT2.1.0Markus Niklasson and Patrik Lundstromデータ解析
VnmrJ4.2Variancollection
TopSpin4.0.9Bruker Biospincollection
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing2
water refinement3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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