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- PDB-8yts: The structure of the cytochrome c546/556 from Thioalkalivibrio pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yts
タイトルThe structure of the cytochrome c546/556 from Thioalkalivibrio paradoxus with unusual UV-Vis spectral features at atomic resolution
要素Cytochrome C
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome c546/556 / Monoheme cytochrome / Q-bands splitting / room temperature / two conformations of the propianate group
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome C
類似検索 - 構成要素
生物種Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Varfolomeeva, L.A. / Solovieva, A.Y. / Dergousova, N.I. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Relationship between the structure and physicochemical properties of cytochrome c 546/556 from the bacterium Thioalkalivibrio paradoxus ARh1.
著者: Varfolomeeva, L.A. / Solovieva, A.Y. / Shipkov, N.S. / Sluchanko, N.N. / Boyko, K.M. / Khrenova, M.G. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2024年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32025年7月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome C
B: Cytochrome C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2904
ポリマ－22,0532
非ポリマー1,2372
水3,369187
1
A: Cytochrome C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6452
ポリマ－11,0261
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6452
ポリマ－11,0261
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.416, 37.601, 97.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome C


分子量: 11026.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: W0DLP1
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M Citric acid, pH 3.5, 30% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→48.56 Å / Num. obs: 47379 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 0.56 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 165902
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Num. measured all: 7250 / Num. unique obs: 2270 / CC1/2: 0.922 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.206 / Χ2: 0.13 / Net I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.15→48.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.986 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14417 2275 4.8 %RANDOM
Rwork0.11406 ---
obs0.11552 45054 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.15→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1240 0 86 187 1513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0121422
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0161236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6291.7691958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9021.6532817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9335170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36126.41867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.14815198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1.554151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1790.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.021700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.02302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4251.562682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.374681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87938.307852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.938853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.285740
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.287736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6671105
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.8041725
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.5431684
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.77231370
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2435 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.167 154 -
Rwork0.184 3233 -
obs--95.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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