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- PDB-8yt9: Human PPAR alpha ligand binding domain in complex with a 1H-pyraz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yt9
タイトルHuman PPAR alpha ligand binding domain in complex with a 1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-derived compound
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Agonist / Complex / Nuclear receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid beta-oxidation ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / lipoprotein metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / behavioral response to nicotine / cellular respiration / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of glycolytic process / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / positive regulation of fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / nuclear steroid receptor activity / temperature homeostasis / positive regulation of ATP biosynthetic process / lncRNA binding / response to muscle activity / NFAT protein binding / negative regulation of cholesterol storage / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / fatty acid oxidation / response to dietary excess / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / epidermis development / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / phosphatase binding / brown fat cell differentiation / positive regulation of lipid biosynthetic process / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / energy homeostasis / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / digestion / nitric oxide metabolic process / negative regulation of blood pressure / hormone-mediated signaling pathway / : / MDM2/MDM4 family protein binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / response to nutrient / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / RNA splicing / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to starvation / nuclear receptor binding / respiratory electron transport chain / gluconeogenesis / fatty acid metabolic process / mitochondrion organization / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / response to insulin / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / wound healing / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Cytoprotection by HMOX1 / PML body / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / nuclear receptor activity / mRNA processing / Regulation of RUNX2 expression and activity / : / positive regulation of cold-induced thermogenesis / heart development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / gene expression
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Tachibana, K. / Morie, T. / Fukuda, S. / Yuzuriha, T. / Ishimoto, K. / Nunomura, K. / Lin, B. / Miyachi, H. / Oki, H. / Kawahara, K. ...Tachibana, K. / Morie, T. / Fukuda, S. / Yuzuriha, T. / Ishimoto, K. / Nunomura, K. / Lin, B. / Miyachi, H. / Oki, H. / Kawahara, K. / Meguro, K. / Nakagawa, S. / Tsujikawa, K. / Akai, S. / Doi, T. / Yoshida, T.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121054 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121052 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H02896 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K13044 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H03190 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H03354 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural evolution of 1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-derived PPARalpha activators as leads for nonalcoholic steatohepatitis
著者: Tachibana, K. / Morie, T. / Fukuda, S. / Yuzuriha, T. / Ishimoto, K. / Nunomura, K. / Lin, B. / Miyachi, H. / Oki, H. / Kawahara, K. / Meguro, K. / Nakagawa, S. / Tsujikawa, K. / Akai, S. / Doi, T. / Yoshida, T.
履歴
登録2024年3月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6193
ポリマ－33,0912
非ポリマー5291
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.998, 62.455, 53.473
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / PPAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 1


分子量: 30684.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARA, NR1C1, PPAR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07869
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PGC-1-alpha / PPAR-gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6


分子量: 2405.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 化合物 ChemComp-A1LZY / 1-(4-fluorophenyl)-6-[2-(5-methyl-2-phenyl-1,3-oxazol-4-yl)ethoxy]-3-pentan-3-yl-pyrazolo[3,4-b]pyridine-4-carboxylic acid


分子量: 528.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H29FN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100 mM HEPES-NaOH, 19-23% PEG 4000, 19-23% 1,2-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→43.21 Å / Num. obs: 38277 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 25.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 256607
反射 シェル解像度: 1.59→1.62 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.815 / Num. measured all: 13409 / Num. unique obs: 1904 / CC1/2: 0.816 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→39.67 Å / SU ML: 0.1981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.6925
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2065 3760 9.83 %
Rwork0.1839 34493 -
obs0.1862 38253 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→39.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2101 0 39 193 2333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01042180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12622936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0585335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.5821816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.610.33041460.28571299X-RAY DIFFRACTION99.93
1.61-1.630.34471300.26271243X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.650.26771480.25431289X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.680.2861380.25321284X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.70.23361430.2381254X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.730.28271350.22361277X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.760.26671390.21961254X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.790.27221430.2251309X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.820.27021370.23551248X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.860.25841290.23461279X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.890.25771490.24161269X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.930.29061510.24111263X-RAY DIFFRACTION99.79
1.93-1.980.2731430.22291277X-RAY DIFFRACTION99.79
1.98-2.030.23451480.21291262X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.080.25711450.19951259X-RAY DIFFRACTION99.93
2.08-2.140.2151410.19431291X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.210.22721420.18111271X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.290.21061350.19331259X-RAY DIFFRACTION98.59
2.29-2.380.17831410.18561268X-RAY DIFFRACTION99.86
2.38-2.490.22161110.17991315X-RAY DIFFRACTION99.72
2.49-2.620.22111440.18781265X-RAY DIFFRACTION99.79
2.62-2.790.18281320.18751276X-RAY DIFFRACTION99.22
2.79-30.21621450.18271273X-RAY DIFFRACTION99.44
3-3.310.17251270.18011303X-RAY DIFFRACTION99.86
3.31-3.780.15391320.16011299X-RAY DIFFRACTION99.86
3.78-4.770.18251430.14771284X-RAY DIFFRACTION99.72
4.77-39.670.18991430.16871323X-RAY DIFFRACTION99.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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