PDB-8ysw: phosphinothricin dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ysw

タイトル

phosphinothricin dehydrogenase

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Crystal Structure of phosphinothricin dehydrogenase with cofactor

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lysinibacillus composti (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Xue, Y.P. / Cheng, F. / Zhou, S.P. / Xu, J.M. / Jin, L.Q. / Ma, C.J. / Zheng, Y.G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of phosphinothricin dehydrogenase with NAD at 2.6 Angstorms resolution
著者: Xue, Y.P. / Cheng, F. / Zhou, S.P. / Xu, J.M. / Jin, L.Q. / Zheng, Y.G.

履歴

登録	2024年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ysw.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ysw.ent.gz	756.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ysw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ysw_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ysw_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8ysw_validation.xml.gz	95.9 KB	表示
CIF形式データ	8ysw_validation.cif.gz	124.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysw	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

279 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
279 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.665, 129.068, 219.138
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 45839.148 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lysinibacillus composti (バクテリア) 遺伝子: EBB45_13425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3N9UCW8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Bis Tris Propane, pH 6.5, 0.2 M Sodium malonate dibasic monohydrate, 20% w/v PEG 3350, 10 % v/v Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.61→48.36 Å / Num. obs: 80621 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 46.2 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1873 / R_pim(I) all: 0.05356 / R_rim(I) all: 0.1949 / Net I/σ(I): 12.55
反射シェル	解像度: 2.61→2.703 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 1.379 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 7955 / CC_1/2: 0.752 / CC star: 0.927 / R_pim(I) all: 0.3954 / R_rim(I) all: 1.435 / R_sym value: 1.379 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASES		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.61→48.36 Å / SU ML: 0.3602 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8177
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2571	3956	4.91 %
R_work	0.1924	76651	-
obs	0.1956	80607	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→48.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18297	0	256	370	18923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	18894
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9523	25578
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0556	2874
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	3286
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5899	7044

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.61-2.64	0.3236	151	0.253	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.68	0.3348	153	0.2478	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.71	0.3495	133	0.2505	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.71-2.75	0.3056	126	0.2271	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.79	0.3032	146	0.2236	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.79-2.83	0.2785	145	0.2141	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.87	0.2997	122	0.2127	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.92	0.363	135	0.2342	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-2.97	0.3058	126	0.2309	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.02	0.3228	151	0.2375	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.02-3.08	0.2856	134	0.2313	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.15	0.2791	141	0.2329	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.21	0.3061	152	0.2282	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.21-3.29	0.3479	140	0.2146	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.37	0.309	134	0.2085	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.46	0.3114	132	0.2078	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.46-3.56	0.2365	111	0.201	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.68	0.2587	133	0.1942	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-3.81	0.2455	149	0.1948	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-3.96	0.2634	151	0.1731	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.14	0.2174	146	0.1624	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.36	0.2073	133	0.154	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
4.36-4.63	0.1974	150	0.1476	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-4.99	0.2182	163	0.16	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.99-5.49	0.2268	148	0.1703	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
5.49-6.29	0.2631	154	0.1987	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
6.29-7.91	0.2273	127	0.1847	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
7.91-48.36	0.2262	170	0.1813	2935	X-RAY DIFFRACTION	99.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.930221872979	-0.520102158347	0.295989366297	1.23876456167	-0.392076704094	0.928986286795	-0.00520640272022	0.0385098551899	0.0711799709251	-0.089314847898	-0.0541551261552	-0.199799778928	-0.0457376258335	0.145733796084	0.0379794457459	0.32649149236	-0.0278359587956	0.0509847545506	0.348196420408	0.0375507069201	0.379676133779	-0.385791705695	-41.8733282433	18.6184657889
2	2.11021765478	0.292271642115	-1.19520726167	2.90910801084	-1.11818289912	2.50604285098	0.206475285825	-0.333771908334	0.230537983487	0.252037784104	-0.318357770112	-0.374289477513	-0.495046962057	0.35936483267	0.0778653551689	0.479359965367	-0.163648425304	-0.0329745313007	0.460880719022	0.00159126598529	0.387659971521	19.1247823217	-16.6868390161	23.7300248521
3	0.871719008421	0.396987012002	-0.166139595541	1.49233243774	-0.947803846691	0.564413798522	0.020692175474	-0.158560771293	-0.0140299924437	0.148124459377	-0.193379520286	-0.169769204382	-0.181186279584	0.2231126198	0.146594057801	0.410834054718	-0.0819941369159	-0.0218521544907	0.510444012521	0.0110724836819	0.395199082939	8.62562137677	-34.5060901611	35.2459933775
4	0.628459053761	-0.187559320679	-0.353673322097	1.3235250186	-0.597616619275	1.31557550961	-0.0038278837966	-0.126772483132	0.149969024825	0.177888224222	-0.0778763511174	-0.21640524532	-0.213494439329	0.251820729331	0.0740226847152	0.355304230052	-0.055068637696	-0.0736870911921	0.352829084665	0.0128516288353	0.409986134479	43.8374627184	1.33539350211	-14.322032462
5	2.5597738451	-0.708610659095	-0.550105304318	0.455390342579	1.03703896626	3.25680740885	0.342572739229	0.0175925470833	0.465496564257	0.664812525504	-0.184123678963	-0.37002491215	-0.492306004743	-0.0624950640283	-0.161830190343	0.852161944528	-0.198615061614	-0.120400521971	0.310263950917	-0.0296119340789	0.610564990143	35.4148993226	20.7211154758	-3.73474678377
6	3.53041790208	-0.556894270155	1.02956440012	3.16344114677	-0.565657895517	3.92695908394	0.862717746432	-0.542203649383	-0.00323600794941	0.570240145407	-0.357923126062	-0.349913560675	-0.425951323274	0.871069253554	-0.464524634593	1.43642074171	-0.266059237805	-0.221258401637	0.802185334768	0.0552199492192	0.731358546482	47.3059373724	14.7125285446	12.1871068551
7	1.06085356403	0.51917884363	0.548524230098	2.2504968425	-0.49302783618	1.84141304019	-0.0055194313799	-0.285876003574	0.271925309414	0.609084479234	-0.10679443436	-0.0670223025249	-0.4965970633	0.0433262846894	0.0896857501599	0.544519140226	-0.0509067404021	-0.010573483423	0.46170655042	-0.0348257115341	0.407694368879	31.756958531	8.53980445037	-0.163712478873
8	0.743707193938	0.408315290516	-0.0137310229663	1.75928561063	-0.0269732716468	0.94665300372	0.0587966401598	0.10075009815	0.103368656373	0.0659995533996	-0.0386445925971	0.0405876863084	-0.144051902034	-0.109337044426	-0.0224839924539	0.323794078943	0.0152257759596	-0.0180227244034	0.348844703101	0.047986400435	0.388941793398	14.7923145743	8.45066031684	-39.5381457661
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10	1.48421389586	-0.288089215186	-0.252019308218	2.2246957803	0.460373515732	2.17906879527	0.141354845479	0.414292009343	-0.00465049266636	-0.287386260962	0.157211086864	-0.0648005784022	-0.0640314685734	-0.215439228889	-0.262981088223	0.379001973367	0.0240511585831	0.00095585221257	0.52396861741	0.0525297678886	0.54958294365	13.1104020869	35.3166905255	-44.7106068665
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid -1 through 182 )	C	J	-1 - 182	1 - 184
2	2	chain 'C' and (resid 183 through 314 )	C	J	183 - 314	185 - 316
3	3	chain 'C' and (resid 315 through 408 )	C	J	315 - 408	317 - 410
4	4	chain 'D' and (resid -1 through 174 )	D	M	-1 - 174	1 - 176
5	5	chain 'D' and (resid 175 through 196 )	D	M	175 - 196	177 - 198
6	6	chain 'D' and (resid 197 through 330 )	D	M	197 - 330	199 - 226
7	7	chain 'D' and (resid 331 through 408 )	D	M	331 - 408	227 - 304
8	8	chain 'E' and (resid -4 through 182 )	E	N	-4 - 182	1 - 187
9	9	chain 'E' and (resid 183 through 298 )	E	N	183 - 298	188 - 303
10	10	chain 'E' and (resid 299 through 323 )	E	N	299 - 323	304 - 328
11	11	chain 'E' and (resid 324 through 382 )	E	N	324 - 382	329 - 387
12	12	chain 'E' and (resid 383 through 408 )	E	N	383 - 408	388 - 413
13	13	chain 'F' and (resid -1 through 182 )	F	Q	-1 - 182	1 - 184
14	14	chain 'F' and (resid 183 through 271 )	F	Q	183 - 271	185 - 273
15	15	chain 'F' and (resid 272 through 336 )	F	Q	272 - 336	274 - 338
16	16	chain 'F' and (resid 337 through 408 )	F	Q	337 - 408	339 - 410
17	17	chain 'A' and (resid -4 through 182 )	A	A	-4 - 182	1 - 187
18	18	chain 'A' and (resid 183 through 335 )	A	A	183 - 335	188 - 340
19	19	chain 'A' and (resid 336 through 410 )	A	A	336 - 410	341 - 415
20	20	chain 'B' and (resid -1 through 182 )	B	F	-1 - 182	1 - 184
21	21	chain 'B' and (resid 183 through 408 )	B	F	183 - 408	185 - 410

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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