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- PDB-8ysv: Crystal structure of beta - glucosidase 6PG from Enterococcus faecalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ysv
タイトルCrystal structure of beta - glucosidase 6PG from Enterococcus faecalis
要素6-phospho-beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase families / Degrade glucose
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / NICKEL (II) ION / 6-phospho-beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Wang, W.Y. / Li, Y.J. / Liu, Z.Y. / Han, X.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2019GG007 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of beta - glucosidase 6PG from Enterococcus faecalis
著者: Wang, W.Y. / Li, Y.J. / Liu, Z.Y. / Han, X.D.
履歴
登録2024年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phospho-beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1028
ポリマ－54,6971
非ポリマー4057
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: No ligand
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 6-phospho-beta-glucosidase
ヘテロ分子

A: 6-phospho-beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,20516
ポリマ－109,3952
非ポリマー81014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5840 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area32190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.110, 79.000, 58.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

NI

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 6-phospho-beta-glucosidase


分子量: 54697.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: EY666_00860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q1FR04

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非ポリマー , 6種, 236分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.8 % / 解説: virgate crystal
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Ammonium sulfate,HEPES pH7.0 / PH範囲: 5.5-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 291.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→42.22 Å / Num. obs: 40049 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.68 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 1.781 / Num. unique obs: 2937 / CC1/2: 0.529

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4f66

4f66


解像度: 1.79→30.278 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2295 2055 5.13 %RANDOM
Rwork0.1873 ---
obs0.1895 40037 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→30.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3859 0 13 229 4101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8375423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2423229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054547
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.83170.36221340.31212478X-RAY DIFFRACTION99
1.8317-1.87750.32031460.26292524X-RAY DIFFRACTION99
1.8775-1.92820.27191540.24312512X-RAY DIFFRACTION100
1.9282-1.98490.27491350.23722505X-RAY DIFFRACTION100
1.9849-2.0490.26551350.22512543X-RAY DIFFRACTION99
2.049-2.12220.27851410.20592489X-RAY DIFFRACTION100
2.1222-2.20720.26671340.19932528X-RAY DIFFRACTION100
2.2072-2.30760.24151200.19692572X-RAY DIFFRACTION100
2.3076-2.42920.24381160.19742560X-RAY DIFFRACTION100
2.4292-2.58130.25441660.19492478X-RAY DIFFRACTION100
2.5813-2.78050.24661400.1912553X-RAY DIFFRACTION100
2.7805-3.06010.24591380.1922559X-RAY DIFFRACTION100
3.0601-3.50230.22041370.19182544X-RAY DIFFRACTION100
3.5023-4.41030.1641190.14262558X-RAY DIFFRACTION100
4.4103-30.2750.18221400.15532579X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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