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- PDB-8ysh: MERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ysh
タイトルMERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb14
要素
  • Nb14
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / MERS-CoV nanobody Nb14
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Wang, Y.X. / Ma, S.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0908500 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971127 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81801998 中国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Structure defining of ultrapotent neutralizing nanobodies against MERS-CoV with novel epitopes on receptor binding domain.
著者: Ma, S. / Zhang, D. / Wang, Q. / Zhu, L. / Wu, X. / Ye, S. / Wang, Y.
履歴
登録2024年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Spike glycoprotein
A: Nb14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3464
ポリマ－35,5382
非ポリマー8082
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area15830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.488, 58.488, 351.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-736-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 23059.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Virus-associated RNAs (TAX ID 1425366) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID R9UQ53 with TAX ID 1335626 ...詳細: Sequence reference for Virus-associated RNAs (TAX ID 1425366) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID R9UQ53 with TAX ID 1335626 (Middle East respiratory syndrome-related coronavirus) which matches the entry title.
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: R9UQ53
#2: 抗体 Nb14


分子量: 12478.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia (バクテリア)
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG 6000, 8% Ethylene glycol, 0.1 M Citric acid pH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→87.91 Å / Num. obs: 43747 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 24.9 % / Biso Wilson estimate: 48.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.99→2.09 Å / Num. unique obs: 4239 / CC1/2: 0.937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→38.11 Å / SU ML: 0.2126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.3404
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 2165 4.95 %
Rwork0.2288 41579 -
obs0.2293 43744 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→38.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 0 53 74 2619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01022599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09193538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0701416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0146449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0506925
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.030.34171370.32882707X-RAY DIFFRACTION99.68
2.03-2.080.33671230.3232735X-RAY DIFFRACTION99.86
2.08-2.140.28821320.28242681X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.20.29551500.27572707X-RAY DIFFRACTION99.97
2.2-2.270.2821460.2622716X-RAY DIFFRACTION99.97
2.27-2.350.2691510.26122732X-RAY DIFFRACTION99.9
2.35-2.450.27371460.27432732X-RAY DIFFRACTION99.93
2.45-2.560.29061450.27082723X-RAY DIFFRACTION99.79
2.56-2.70.29171450.26882728X-RAY DIFFRACTION99.97
2.7-2.860.31641360.26822770X-RAY DIFFRACTION99.9
2.86-3.090.29561520.27372795X-RAY DIFFRACTION99.9
3.09-3.40.26511450.25492768X-RAY DIFFRACTION99.93
3.4-3.890.2761410.23022839X-RAY DIFFRACTION99.93
3.89-4.890.16711480.18322885X-RAY DIFFRACTION100
4.9-38.110.20651680.20033061X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4584176813970.2615682530360.832191757311.056114270220.5658335801752.02175349405-0.1372231130360.24258853306-0.08904122754740.4027384122740.216230543288-0.227232363147-0.07739757310230.674816216424-0.1095629718820.4687084926050.0391191158163-0.08982289867120.9912393232320.1154899227090.60576380089828.140113707821.5738144085-15.1996951821
22.183554299830.7371505421643.318498649413.665130309041.815087360515.32017504925-0.014427967001-0.264439283869-0.03580661331610.617124418511-0.005567888347570.2557472079930.376008565429-0.6889535448070.06569305608710.5126086908690.09224955183880.05956709830151.054834176310.1351018937960.468174938715.899993071517.445315091-16.3521741661
32.899073784712.00560258799-0.7008594349466.5309217474-1.025928306413.94914953762-0.0587174960845-0.082657379503-0.2496012999370.5453791836940.02622246900510.0417985414820.54668186521-0.08372864530410.08990263356050.2685660572140.06187679628380.02226383038911.08260693270.1549402301450.48489866526213.86484202587.00379379356-23.5270572076
40.572742077329-0.05371727336181.016966818123.23261946879-0.9429559651652.582809939090.0157945916270.257913148569-0.118690130084-0.1846000912930.3391837113330.2973072337290.525322629023-0.148852551408-0.4036740004240.3403189581340.0227381591299-0.01132601532141.108336628550.1286958941740.68397707428211.5534977838-0.27731262133-28.5794536334
51.93495096185-0.2988803610962.619282103462.7992291375-0.5463904226277.23922192836-0.4489702706950.3812847983220.2135538395630.3361359645760.375373291651-0.351587410719-0.4338581428730.2257227417340.01218390302180.4176381179770.0688839450301-0.03324690485681.077520528880.09874366824980.5334639966221.334954543121.8703009158-22.2621337712
67.443852052822.67332638073-5.638281594372.31139500066-3.123143447575.76014027364-0.0604454659927-1.49912875095-0.4494946396271.6549136174-0.190286881106-1.66998208683-0.7309878282970.177795312910.3817434786960.8988134389230.0540028664503-0.2933139926081.4300518127-0.1245725928440.85243221979335.93419617721.4472937734-2.20596806212
72.608785589062.21167499074-1.510440376152.63416469855-1.571490337582.83449099508-0.05487312185810.274787882978-0.447461096609-0.0457227555151-0.554166680361-0.97305303270.231418900284-0.02059579566350.5741273087040.353952241103-0.01235571768680.06696245974351.160315295520.1080311376580.83806990616135.3433591637.74311673608-46.7752151805
82.59524444569-2.762620747420.5307948128173.5854930985-0.1390335850440.3998767328240.04463811423230.8468633941220.374412099929-0.595520747197-0.37994940834-0.187499600991-0.347730034156-0.3300903841140.2625774950310.4256505371310.104826368493-0.07438365389251.233999270850.2232991651710.67477796266825.448802204326.1215252547-58.1248958689
95.6496590811-1.428672627630.4857376221287.09105428633-2.882696386194.21494312922-0.02427513061430.472407201914-0.606533674542-0.364042231034-0.210686738914-0.6702303424040.3499706461770.09608606466570.2779408758840.3402139489080.04286214666820.04144459621221.421866392610.1555070285340.55743020324428.179494002711.9655475801-53.6244739346
100.5652928074050.392989205673-0.9325068948412.538200317860.06141258966972.311213344980.059506507958-0.11208453479-0.3717664379250.0874816657674-0.130040083272-0.4553653859020.00572677884890.143326405610.06320675639020.302974407287-0.101974583202-0.0585008995461.21320579940.1310116393110.71048834691128.233931937411.5736565942-43.5098631288
113.040263701523.11180911360.5577512868959.237737088771.335553064832.01784131310.004954744962460.0679757793804-0.2290577317820.2714819166790.0734916896077-0.37130392166-0.2105842758090.396818598332-0.1228109007390.312594136919-0.043267389792-0.03466587416911.131474665650.1548841164430.59601059334423.078942467915.0794853552-40.8382808184
122.289558298-0.02921113109480.8235717119521.18717917473-0.008411215985560.3811602506150.04825452467570.3933306966310.0451087303552-0.165101912173-0.04182878554130.4200771142060.118924274094-0.0438216007160.1354527360270.126480419052-0.139634220716-0.01617587598261.356994826970.1310587375390.6908073178417.129309072611.5589373712-46.7957967239
133.048363398780.3841273741570.4684607577411.21622350185-0.6331960347180.4845747621960.1020405279660.201492233165-0.03344802290460.0276676832655-0.3035179015170.01870190764590.006836364982740.1653175880440.128038993320.3251002582550.03039862943590.01632809330561.271061938420.09971579950180.58498539334527.478268846514.8231470242-46.9382835764
145.77219178854-0.172574084220.1663601664053.21562266042.324623740042.74315737969-0.01560849041410.4898263858960.819040916672-0.202268482169-0.351394157766-0.0340404304554-0.2876534649730.03024083570830.2694204276250.3728230862950.0271396692510.01182105066131.433309807460.204404392880.70531682869429.450922867427.2736995012-53.3808094693
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 381 through 439 )BA381 - 4391 - 59
22chain 'B' and (resid 440 through 484 )BA440 - 48460 - 104
33chain 'B' and (resid 485 through 528 )BA485 - 528105 - 148
44chain 'B' and (resid 529 through 562 )BA529 - 562149 - 182
55chain 'B' and (resid 563 through 576 )BA563 - 576183 - 196
66chain 'B' and (resid 577 through 589 )BA577 - 589197 - 209
77chain 'A' and (resid 1 through 7 )AF1 - 71 - 7
88chain 'A' and (resid 8 through 17 )AF8 - 178 - 17
99chain 'A' and (resid 18 through 24 )AF18 - 2418 - 24
1010chain 'A' and (resid 25 through 44 )AF25 - 4425 - 44
1111chain 'A' and (resid 45 through 51 )AF45 - 5145 - 51
1212chain 'A' and (resid 52 through 72 )AF52 - 7252 - 72
1313chain 'A' and (resid 73 through 109 )AF73 - 10973 - 109
1414chain 'A' and (resid 110 through 116 )AF110 - 116110 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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