PDB-8ysh: MERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb14

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ysh

タイトル

MERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb14

要素

Nb14
Spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / MERS-CoV nanobody Nb14

機能・相同性

機能・相同性情報

endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Wang, Y.X. / Ma, S.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2020YFA0908500	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31971127	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81801998	中国

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Structure defining of ultrapotent neutralizing nanobodies against MERS-CoV with novel epitopes on receptor binding domain.
著者: Ma, S. / Zhang, D. / Wang, Q. / Zhu, L. / Wu, X. / Ye, S. / Wang, Y.

履歴

登録	2024年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ysh.cif.gz	164.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ysh.ent.gz	114.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ysh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ysh_validation.pdf.gz	1013.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ysh_full_validation.pdf.gz	1017.8 KB	表示
XML形式データ	8ysh_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	8ysh_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ysfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Spike glycoprotein

A: Nb14

ヘテロ分子

36.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.488, 58.488, 351.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-736- HOH

#1: タンパク質

Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein

分子量: 23059.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Virus-associated RNAs (TAX ID 1425366) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID R9UQ53 with TAX ID 1335626 ...
由来: (組換発現)

Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
発現宿主:

Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: R9UQ53

#2: 抗体

Nb14

分子量: 12478.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主:

Escherichia (バクテリア)

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.9 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% w/v PEG 6000, 8% Ethylene glycol, 0.1 M Citric acid pH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→87.91 Å / Num. obs: 43747 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 24.9 % / B_iso Wilson estimate: 48.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.99→2.09 Å / Num. unique obs: 4239 / CC_1/2: 0.937

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→38.11 Å / SU ML: 0.2126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.3404
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2392	2165	4.95 %
R_work	0.2288	41579	-
obs	0.2293	43744	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→38.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2492	0	53	74	2619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0102	2599
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0919	3538
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0701	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0146	449
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0506	925

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.03	0.3417	137	0.3288	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.03-2.08	0.3367	123	0.323	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.08-2.14	0.2882	132	0.2824	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.2	0.2955	150	0.2757	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.2-2.27	0.282	146	0.262	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.27-2.35	0.269	151	0.2612	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.35-2.45	0.2737	146	0.2743	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.56	0.2906	145	0.2708	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.56-2.7	0.2917	145	0.2688	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.7-2.86	0.3164	136	0.2682	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.86-3.09	0.2956	152	0.2737	2795	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.09-3.4	0.2651	145	0.2549	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.4-3.89	0.276	141	0.2302	2839	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.89-4.89	0.1671	148	0.1832	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9-38.11	0.2065	168	0.2003	3061	X-RAY DIFFRACTION	99.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.458417681397	0.261568253036	0.83219175731	1.05611427022	0.565833580175	2.02175349405	-0.137223113036	0.24258853306	-0.0890412275474	0.402738412274	0.216230543288	-0.227232363147	-0.0773975731023	0.674816216424	-0.109562971882	0.468708492605	0.0391191158163	-0.0898228986712	0.991239323232	0.115489922709	0.605763800898	28.1401137078	21.5738144085	-15.1996951821
2	2.18355429983	0.737150542164	3.31849864941	3.66513030904	1.81508736051	5.32017504925	-0.014427967001	-0.264439283869	-0.0358066133161	0.617124418511	-0.00556788834757	0.255747207993	0.376008565429	-0.688953544807	0.0656930560871	0.512608690869	0.0922495518388	0.0595670983015	1.05483417631	0.135101893796	0.4681749387	15.8999930715	17.445315091	-16.3521741661
3	2.89907378471	2.00560258799	-0.700859434946	6.5309217474	-1.02592830641	3.94914953762	-0.0587174960845	-0.082657379503	-0.249601299937	0.545379183694	0.0262224690051	0.041798541482	0.54668186521	-0.0837286453041	0.0899026335605	0.268566057214	0.0618767962838	0.0222638303891	1.0826069327	0.154940230145	0.484898665262	13.8648420258	7.00379379356	-23.5270572076
4	0.572742077329	-0.0537172733618	1.01696681812	3.23261946879	-0.942955965165	2.58280993909	0.015794591627	0.257913148569	-0.118690130084	-0.184600091293	0.339183711333	0.297307233729	0.525322629023	-0.148852551408	-0.403674000424	0.340318958134	0.0227381591299	-0.0113260153214	1.10833662855	0.128695894174	0.683977074282	11.5534977838	-0.27731262133	-28.5794536334
5	1.93495096185	-0.298880361096	2.61928210346	2.7992291375	-0.546390422627	7.23922192836	-0.448970270695	0.381284798322	0.213553839563	0.336135964576	0.375373291651	-0.351587410719	-0.433858142873	0.225722741734	0.0121839030218	0.417638117977	0.0688839450301	-0.0332469048568	1.07752052888	0.0987436682498	0.53346399662	21.3349545431	21.8703009158	-22.2621337712
6	7.44385205282	2.67332638073	-5.63828159437	2.31139500066	-3.12314344757	5.76014027364	-0.0604454659927	-1.49912875095	-0.449494639627	1.6549136174	-0.190286881106	-1.66998208683	-0.730987828297	0.17779531291	0.381743478696	0.898813438923	0.0540028664503	-0.293313992608	1.4300518127	-0.124572592844	0.852432219793	35.934196177	21.4472937734	-2.20596806212
7	2.60878558906	2.21167499074	-1.51044037615	2.63416469855	-1.57149033758	2.83449099508	-0.0548731218581	0.274787882978	-0.447461096609	-0.0457227555151	-0.554166680361	-0.9730530327	0.231418900284	-0.0205957956635	0.574127308704	0.353952241103	-0.0123557176868	0.0669624597435	1.16031529552	0.108031137658	0.838069906161	35.343359163	7.74311673608	-46.7752151805
8	2.59524444569	-2.76262074742	0.530794812817	3.5854930985	-0.139033585044	0.399876732824	0.0446381142323	0.846863394122	0.374412099929	-0.595520747197	-0.37994940834	-0.187499600991	-0.347730034156	-0.330090384114	0.262577495031	0.425650537131	0.104826368493	-0.0743836538925	1.23399927085	0.223299165171	0.674777962668	25.4488022043	26.1215252547	-58.1248958689
9	5.6496590811	-1.42867262763	0.485737622128	7.09105428633	-2.88269638619	4.21494312922	-0.0242751306143	0.472407201914	-0.606533674542	-0.364042231034	-0.210686738914	-0.670230342404	0.349970646177	0.0960860646657	0.277940875884	0.340213948908	0.0428621466682	0.0414445962122	1.42186639261	0.155507028534	0.557430203244	28.1794940027	11.9655475801	-53.6244739346
10	0.565292807405	0.392989205673	-0.932506894841	2.53820031786	0.0614125896697	2.31121334498	0.059506507958	-0.11208453479	-0.371766437925	0.0874816657674	-0.130040083272	-0.455365385902	0.0057267788489	0.14332640561	0.0632067563902	0.302974407287	-0.101974583202	-0.058500899546	1.2132057994	0.131011639311	0.710488346911	28.2339319374	11.5736565942	-43.5098631288
11	3.04026370152	3.1118091136	0.557751286895	9.23773708877	1.33555306483	2.0178413131	0.00495474496246	0.0679757793804	-0.229057731782	0.271481916679	0.0734916896077	-0.37130392166	-0.210584275809	0.396818598332	-0.122810900739	0.312594136919	-0.043267389792	-0.0346658741691	1.13147466565	0.154884116443	0.596010593344	23.0789424679	15.0794853552	-40.8382808184
12	2.289558298	-0.0292111310948	0.823571711952	1.18717917473	-0.00841121598556	0.381160250615	0.0482545246757	0.393330696631	0.0451087303552	-0.165101912173	-0.0418287855413	0.420077114206	0.118924274094	-0.043821600716	0.135452736027	0.126480419052	-0.139634220716	-0.0161758759826	1.35699482697	0.131058737539	0.69080731784	17.1293090726	11.5589373712	-46.7957967239
13	3.04836339878	0.384127374157	0.468460757741	1.21622350185	-0.633196034718	0.484574762196	0.102040527966	0.201492233165	-0.0334480229046	0.0276676832655	-0.303517901517	0.0187019076459	0.00683636498274	0.165317588044	0.12803899332	0.325100258255	0.0303986294359	0.0163280933056	1.27106193842	0.0997157995018	0.584985393345	27.4782688465	14.8231470242	-46.9382835764
14	5.77219178854	-0.17257408422	0.166360166405	3.2156226604	2.32462374004	2.74315737969	-0.0156084904141	0.489826385896	0.819040916672	-0.202268482169	-0.351394157766	-0.0340404304554	-0.287653464973	0.0302408357083	0.269420427625	0.372823086295	0.027139669251	0.0118210506613	1.43330980746	0.20440439288	0.705316828694	29.4509228674	27.2736995012	-53.3808094693

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 381 through 439 )	B	A	381 - 439	1 - 59
2	2	chain 'B' and (resid 440 through 484 )	B	A	440 - 484	60 - 104
3	3	chain 'B' and (resid 485 through 528 )	B	A	485 - 528	105 - 148
4	4	chain 'B' and (resid 529 through 562 )	B	A	529 - 562	149 - 182
5	5	chain 'B' and (resid 563 through 576 )	B	A	563 - 576	183 - 196
6	6	chain 'B' and (resid 577 through 589 )	B	A	577 - 589	197 - 209
7	7	chain 'A' and (resid 1 through 7 )	A	F	1 - 7	1 - 7
8	8	chain 'A' and (resid 8 through 17 )	A	F	8 - 17	8 - 17
9	9	chain 'A' and (resid 18 through 24 )	A	F	18 - 24	18 - 24
10	10	chain 'A' and (resid 25 through 44 )	A	F	25 - 44	25 - 44
11	11	chain 'A' and (resid 45 through 51 )	A	F	45 - 51	45 - 51
12	12	chain 'A' and (resid 52 through 72 )	A	F	52 - 72	52 - 72
13	13	chain 'A' and (resid 73 through 109 )	A	F	73 - 109	73 - 109
14	14	chain 'A' and (resid 110 through 116 )	A	F	110 - 116	110 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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