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- PDB-8ysf: MERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ysf
タイトルMERS-CoV RBD in complex with nanobody Nb9
要素
  • Nb9
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / MERS-CoV nanobody Nb9
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Wang, Y.X. / Ma, S.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0908500 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971127 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81801998 中国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Structure defining of ultrapotent neutralizing nanobodies against MERS-CoV with novel epitopes on receptor binding domain.
著者: Ma, S. / Zhang, D. / Wang, Q. / Zhu, L. / Wu, X. / Ye, S. / Wang, Y.
履歴
登録2024年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Spike glycoprotein
C: Nb9
A: Spike glycoprotein
D: Nb9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0004
ポリマ－73,0004
非ポリマー00
水00
1
B: Spike glycoprotein
C: Nb9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5002
ポリマ－36,5002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15200 Å2
手法PISA
2
A: Spike glycoprotein
D: Nb9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5002
ポリマ－36,5002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.819, 85.819, 248.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 23473.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Virus-associated RNAs (TAX ID 1425366) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID R9UQ53 with TAX ID 1335626 ...詳細: Sequence reference for Virus-associated RNAs (TAX ID 1425366) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID R9UQ53 with TAX ID 1335626 (Middle East respiratory syndrome-related coronavirus) which matches the entry title.
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: R9UQ53
#2: 抗体 Nb9


分子量: 13026.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia (バクテリア)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG1500,100mM SPG, pH 8.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→50 Å / Num. obs: 24412 / % possible obs: 98.27 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 88.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 2.76→2.8 Å / Num. unique obs: 2333 / CC1/2: 0.836

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.76→37.34 Å / SU ML: 0.3981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.3391
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1254 5.14 %
Rwork0.2327 23131 -
obs0.2347 24385 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 104.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→37.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5014 0 0 0 5014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00325125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69826976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418791
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.52251850
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.870.34921270.29262443X-RAY DIFFRACTION96.04
2.87-30.36161080.29092522X-RAY DIFFRACTION97.81
3-3.160.37271460.32162501X-RAY DIFFRACTION97.96
3.16-3.360.33641440.28492532X-RAY DIFFRACTION98.85
3.36-3.620.28631380.25622574X-RAY DIFFRACTION99.12
3.62-3.980.28271640.23712542X-RAY DIFFRACTION99.3
3.98-4.560.27061490.21582591X-RAY DIFFRACTION98.7
4.56-5.740.22671330.20882634X-RAY DIFFRACTION98.57
5.74-37.340.24751450.21862792X-RAY DIFFRACTION98.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.32048682376-0.7847538841311.271362704966.58863368477-4.673623328634.75176838531-0.131903779713-0.07502358107290.4222062654190.3003019862090.08285147969650.2203578647870.10362484183-0.4966561485370.1162742655320.907918040284-0.027047755186-0.1295659091890.602604213657-0.07135345935810.7115650509154.3769374917418.915484715617.6017875038
26.24108760172.192196255343.170663345455.218079602890.3737110473663.44045106922-0.04343949916070.00614287104691-0.0373708884155-0.367693017578-0.1547450096970.0738890580980.167447951363-0.4051353738740.1399293273341.094386328070.04592343569650.06471123308690.5437585535340.003823048444240.70362054703116.49896137119.6796924278528.2502640452
32.520148557790.8139936769371.458268243653.35339041022-1.123757821023.814836457420.339680795579-0.0852664236903-0.181612775612-0.501421121744-0.2584181077550.2398206476170.552328965675-0.325583046439-0.1161837121460.891462426220.03746645522890.09070062048090.51015442563-0.1495735193230.61333633491112.433003411217.162949478220.7199935698
47.562444970753.269679575564.79709680694.22486965571-0.09524644262135.04568287633-0.396494031618-0.7140329898540.5528503274930.858894083571-0.062740920166-0.2297609198350.321119665183-0.306987324750.5850967465541.40240820673-0.03292662419980.07608280773750.816136970185-0.1599662244440.87749952757127.924035972834.361571655945.1952171665
54.210838366734.129550128970.3779176332784.489513277391.322932873012.429047650830.9353510283271.41325652547-0.5529110899790.541124811753-1.613157135340.858639146919-0.668537064488-0.735569349430.6521979708790.9887930267690.102003483501-0.1736147139520.918749819744-0.08141159028961.464407089639.7572396883732.295682068661.4963037792
62.002556238255.15880607998-1.405713337193.0630310416-2.660342435097.554299983690.773752665307-0.961899130921.73808895877-0.491236154761-0.5529228616461.76269989497-1.65200066193-1.39026848335-0.3344461402951.70513888241-0.2467233884680.1946195233780.819145626178-0.2761278032381.2191069216117.569673175335.26313336648.2647905001
76.053652662754.316185080252.602087548397.240157145441.740137965872.86658523753-0.02707894197721.220581806081.9444929423-0.4637728571870.7628750341710.396294568561-1.348665135511.78099530811-0.4517077185411.873107819150.02161727303580.1912321694960.8570318728120.02812938880280.92630202461723.455159912632.664194341234.202143219
89.784762108644.61830837796-1.078367584535.945647704911.690951236447.658826899431.25419804269-0.5237351887610.06019489377470.289827600218-0.969555720420.354682014231-1.173804547760.146689496396-0.7020032192591.28888912369-0.104272049889-0.1821479924410.4944153871960.008463395192891.0322658721219.610393578224.699519646.8796827565
94.71472365067-2.178413349980.7898681338962.630827472093.130226194857.60757967757-0.110158195562-0.0811180243359-0.488852362644-0.04932008726160.3100671409280.664617841978-0.295192307265-0.6527571981630.08565024755781.10476246072-0.219799755469-0.09530023711260.657113613969-0.03977839856420.88155690706813.568949187623.967758248645.1222366279
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 381 through 484 )BA381 - 4841 - 104
22chain 'B' and (resid 485 through 539 )BA485 - 539105 - 159
33chain 'B' and (resid 540 through 592 )BA540 - 592160 - 212
44chain 'C' and (resid 1 through 8 )CB1 - 81 - 8
55chain 'C' and (resid 9 through 17 )CB9 - 179 - 17
66chain 'C' and (resid 18 through 24 )CB18 - 2418 - 24
77chain 'C' and (resid 25 through 32 )CB25 - 3225 - 32
88chain 'C' and (resid 33 through 39 )CB33 - 3933 - 39
99chain 'C' and (resid 40 through 73 )CB40 - 7340 - 73
1010chain 'C' and (resid 74 through 83 )CB74 - 8374 - 83
1111chain 'C' and (resid 84 through 100 )CB84 - 10084 - 100
1212chain 'C' and (resid 101 through 106 )CB101 - 106101 - 106
1313chain 'C' and (resid 107 through 118 )CB107 - 118107 - 118
1414chain 'A' and (resid 382 through 425 )AC382 - 4251 - 44
1515chain 'A' and (resid 426 through 530 )AC426 - 53045 - 149
1616chain 'A' and (resid 531 through 544 )AC531 - 544150 - 163
1717chain 'A' and (resid 545 through 586 )AC545 - 586164 - 201
1818chain 'D' and (resid 1 through 8 )DD1 - 81 - 8
1919chain 'D' and (resid 9 through 24 )DD9 - 249 - 24
2020chain 'D' and (resid 25 through 32 )DD25 - 3225 - 32
2121chain 'D' and (resid 33 through 39 )DD33 - 3933 - 39
2222chain 'D' and (resid 40 through 52 )DD40 - 5240 - 52
2323chain 'D' and (resid 53 through 60 )DD53 - 6053 - 60
2424chain 'D' and (resid 61 through 73 )DD61 - 7361 - 73
2525chain 'D' and (resid 74 through 83 )DD74 - 8374 - 83
2626chain 'D' and (resid 84 through 100 )DD84 - 10084 - 100
2727chain 'D' and (resid 101 through 109 )DD101 - 109101 - 109
2828chain 'D' and (resid 110 through 116 )DD110 - 116110 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る