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万見
- PDB-8ys9: Crystal structure of Phosphatidylethanolamine N-methyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ys9
タイトルCrystal structure of Phosphatidylethanolamine N-methyltransferase from R. thermophilum complexed with DMPE and SAH
要素Phosphatidylethanolamine N-methyltransferase/phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Phosphatidylethanolamine / Phosphatidylcholine / Bacterial phosphatidylcholine biosynthesis / Peripheral membrane protein / SAM-dependent methyltransferase / MEMBRANE PROTEIN / PmtA
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylethanolamine N-methyltransferase / phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase / phosphatidylethanolamine N-methyltransferase activity / : / phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
: / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / L(+)-TARTARIC ACID / Phosphatidylethanolamine N-methyltransferase/phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rubellimicrobium thermophilum DSM 16684 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Kim, J. / Salsabila, S.D.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural insights into phosphatidylethanolamine N -methyltransferase PmtA mediating bacterial phosphatidylcholine synthesis.
著者: Salsabila, S.D. / Kim, J.
履歴
登録2024年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylethanolamine N-methyltransferase/phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase
B: Phosphatidylethanolamine N-methyltransferase/phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6999
ポリマ－48,3062
非ポリマー2,3947
水6,053336
1
A: Phosphatidylethanolamine N-methyltransferase/phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4054
ポリマ－24,1531
非ポリマー1,2533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylethanolamine N-methyltransferase/phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2945
ポリマ－24,1531
非ポリマー1,1414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.042, 77.681, 83.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Phosphatidylethanolamine N-methyltransferase/phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase


分子量: 24152.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rubellimicrobium thermophilum DSM 16684 (バクテリア)
遺伝子: ruthe_01610 / プラスミド: pLATE31 / 詳細 (発現宿主): C-terminal Histag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: S9SHS0, phosphatidylethanolamine N-methyltransferase, phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase
#6: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 342分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1L1H / [(2~{R})-3-[2-(dimethylamino)ethoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-propyl] (~{Z})-octadec-9-enoate


分子量: 772.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.4 M ammonium sulfate, 0.1 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→56.77 Å / Num. obs: 79982 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.463→1.488 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 3943 / CC1/2: 0.322 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
autoPROCdata processing
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
MxDCデータ収集
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→56.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 3.691 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 3983 4.99 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs-79830 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å2-0 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.46→56.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3239 0 160 336 3735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0123463
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7821.8694683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6231.767806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5025413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.75565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.84610546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.5082.241667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.5012.241667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.5844.0382075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.5824.0372076
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.252.7121796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.2172.7131789
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.9544.7692597
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.26226.033701
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.67824.463622
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.59436878
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.463→1.501 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 277 -
Rwork0.325 5428 -
obs--97.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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