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- PDB-8ys6: Helicobacter pylori OorDABC in complex with Napabucasin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ys6
タイトルHelicobacter pylori OorDABC in complex with Napabucasin
要素
  • (2-oxoglutarate ...) x 2
  • (2-oxoglutarate:acceptor ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxoglutarate Oxidoreductase / Electron Transport / Tricarboxylic Acid Cycle / Napabucasin
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxoglutarate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IRON/SULFUR CLUSTER / THIAMINE DIPHOSPHATE / 2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta / : / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Lan, W. / Gao, Y. / Bi, H.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073899 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570053 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870029 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82302542 中国
The National Key Research and Development Program of China2018YFC0311003
The National Key Research and Development Program of China2022YFA1305900
Shanghai Rising-Star Program23QA1406400
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Helicobacter pylori OorDABC in complex with Napabucasin
著者: Lan, W. / Gao, Y. / Bi, H.
履歴
登録2024年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
A: 2-oxoglutarate synthase subunit alpha
C: 2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta
B: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
F: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
G: 2-oxoglutarate synthase subunit alpha
H: 2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta
I: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,02720
ポリマ－209,5378
非ポリマー3,48912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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2-oxoglutarate:acceptor ... , 2種, 4分子 DFBI

#1: タンパク質 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase / 2-oxoglutarate oxidoreductase OorD subunit / 4Fe-4S dicluster domain-containing protein


分子量: 12467.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
遺伝子: AM496_04450, BB411_07145, C2R64_04560, D8X81_03145, DD775_02535, EC515_04135, EC541_05865, EC589_03065, HPY1198_04840, HPY1846_01345
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B2EGL0
#4: タンパク質 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase / 2-oxoglutarate oxidoreductase OorC subunit


分子量: 20253.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
遺伝子: oorC, C2R64_04575, C2S01_06595, EC570_04720, ECC29_01410, ECC33_03045
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B2EEZ8

-
2-oxoglutarate ... , 2種, 4分子 AGCH

#2: タンパク質 2-oxoglutarate synthase subunit alpha


分子量: 41565.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: C2R48_00275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2T6W5S4
#3: タンパク質 2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta / 2-oxoglutarate oxidoreductase subunit KorB / 2-oxoglutarate-acceptor oxidoreductase subunit OorB


分子量: 30481.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
遺伝子: oorB, korB, AM497_01150, AM498_01330, B0X30_00560, B0X44_00010, B0X50_03675, B0X54_05595, B0X62_02935, BB411_07135, BB413_05640, BB424_05915, BB459_03745, BB461_04720, BB464_04365, BB477_ ...遺伝子: oorB, korB, AM497_01150, AM498_01330, B0X30_00560, B0X44_00010, B0X50_03675, B0X54_05595, B0X62_02935, BB411_07135, BB413_05640, BB424_05915, BB459_03745, BB461_04720, BB464_04365, BB477_04855, BB479_06520, BGL55_07715, BGL66_00450, BGL68_05120, BGL69_01465, BGL72_06170, BXP09_03780, C2840_03070, C2R45_06185, C2R60_07105, C2R62_02105, C2R64_04570, C2R66_01600, C2R71_01550, C2R81_00990, C2R85_07970, C2R86_01670, C2R96_02100, C2S01_06600, C2S04_03540, C2S07_06030, C2S08_01675, C2S19_05560, C2S26_01775, C2S41_04370, C2S43_01830, C2S44_08445, CV723_03795, CV726_04550, CV728_03440, CV729_03960, CV730_03830, D2C73_05440, D2C76_08055, D2C79_04285, D2C84_02640, D2C85_05055, D2C87_02355, D8X56_03120, D8X81_03155, DD750_02510, DD754_03015, DD756_02785, DD764_03055, DD775_02545, DD794_03540, DDP37_03580, DDP42_03140, DDP57_02985, EC508_04845, EC515_04145, EC518_06710, EC525_03565, EC532_06000, EC533_02415, EC535_02670, EC538_03525, EC547_02955, EC551_04645, EC553_02910, EC556_02780, EC568_02905, EC569_04000, EC570_04715, EC572_05350, EC574_04050, EC582_05020, EC589_03055, EC595_02590, EC597_01970, EC598_00990, EC600_00880, EC601_02710, ECB88_05740, ECB91_01840, ECC09_04670, ECC11_04890, ECC12_01920, ECC19_03410, ECC24_01145, ECC25_02460, ECC26_02695, ECC33_03050, ECC34_02995, ECC35_03455, ECC43_04085, ECC49_04355, ECE46_02140, EDB75_01155, EDC85_02050, EGW01_04140, EPC67_05165, EPC72_01580, EPC80_01190, F7187_05770, F7198_05900, F7221_03625, F7229_07365, HPPMSS1_c00647, HPY1198_04850, NCTC12823_00718
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024BZG2, 2-oxoglutarate synthase

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非ポリマー , 4種, 12分子

#5: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-A1D65 / 2-ethanoylbenzo[f][1]benzofuran-4,9-dione / Napabucasin


分子量: 240.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Helicobacter pylori OorDABC in complex with Napabucasin
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 146076 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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