PDB-8ys3: Crystal structure of rat thioredoxin, F54L mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ys3

タイトル

Crystal structure of rat thioredoxin, F54L mutant

要素

Thioredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

Protein repair / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Detoxification of Reactive Oxygen Species / The NLRP3 inflammasome / cellular response to hyperoxia / TP53 Regulates Metabolic Genes / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular detoxification of hydrogen peroxide / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to selenium ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.752 Å

データ登録者

Takeshita, K. / Baba, T. / Ohe, C. / Saji, S. / Yamamoto, S. / Yamamoto, M. / Ouchida, M. / Kawasaki-Ohmori, I.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2025
タイトル: The F54L mutation of Thioredoxin shows protein instability and increased fluctuations of the catalytic center.
著者: Baba, T. / Ueno, G. / Ohe, C. / Saji, S. / Yamamoto, S. / Yamamoto, M. / Nakagawa, H. / Okazaki, N. / Ouchida, M. / Ohmori, I.K. / Takeshita, K.

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ys3.cif.gz	59.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ys3.ent.gz	39.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ys3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ys3_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ys3_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	8ys3_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	8ys3_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ys3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ys3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ys1C 3kd0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin

B: Thioredoxin

27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thioredoxin

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.210, 33.350, 67.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.740, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thioredoxin / Trx 分子量: 13783.674 Da / 分子数: 2 / 変異: F54L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Txn, Txn1 / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11232
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 3 M NaCl and 0.1 M citric acid (pH 3.5)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年11月2日

放射

モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.752→50 Å / Num. obs: 20302 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.06 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_rim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 21.95

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.86-1.99	0.369	3081	0.904	0.426	1
1.99-2	0.259	192	0.937	0.299	1
2-2.5	0.116	6652	0.99	0.134	1
2.5-3	0.05	2951	0.998	0.058	1
3-4	0.025	2354	0.999	0.029	1
4-6	0.017	1243	0.999	0.02	1
6-50	0.017	550	1	0.02	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD0

3kd0

解像度: 1.752→44.965 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.17 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	1016	5.004 %	RANDOM
R_work	0.1897	19286	-	-
all	0.192	-	-	-
obs	-	20302	99.852 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.669 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	0 Å²	0.762 Å²
2-	-	-1.257 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.125 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.752→44.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1622	0	0	127	1749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.458	1.629	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.483	1.575	3638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.488	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.532	10	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.977	10	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	338
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	802
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.279	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.266	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.703	2.754	838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.701	2.753	838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.712	4.941	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.721	4.942	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.361	3.214	814
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.358	3.214	815
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.58	5.657	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.577	5.656	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.058	34.233	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.014	33.712	1818

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.752-1.798	0.319	73	0.306	1373	0.306	1452	0.929	0.935	99.5868	0.287
1.798-1.847	0.316	73	0.263	1395	0.266	1469	0.929	0.953	99.9319	0.232
1.847-1.9	0.26	69	0.242	1311	0.243	1381	0.955	0.96	99.9276	0.212
1.9-1.959	0.284	70	0.228	1320	0.23	1390	0.945	0.965	100	0.196
1.959-2.023	0.256	66	0.218	1257	0.22	1323	0.961	0.968	100	0.188
2.023-2.094	0.256	65	0.207	1244	0.21	1310	0.958	0.971	99.9237	0.175
2.094-2.173	0.271	62	0.198	1167	0.202	1230	0.955	0.974	99.9187	0.174
2.173-2.261	0.225	60	0.191	1146	0.193	1206	0.97	0.977	100	0.172
2.261-2.361	0.255	57	0.2	1086	0.203	1143	0.963	0.976	100	0.174
2.361-2.476	0.263	55	0.193	1045	0.197	1101	0.955	0.977	99.9092	0.169
2.476-2.61	0.235	52	0.199	993	0.201	1047	0.965	0.976	99.809	0.181
2.61-2.768	0.237	51	0.177	961	0.18	1015	0.971	0.981	99.7044	0.162
2.768-2.958	0.195	46	0.201	878	0.201	927	0.972	0.972	99.6764	0.185
2.958-3.194	0.219	44	0.194	830	0.195	876	0.972	0.976	99.7717	0.187
3.194-3.497	0.191	40	0.183	752	0.184	793	0.97	0.981	99.8739	0.185
3.497-3.907	0.218	37	0.166	707	0.168	745	0.965	0.982	99.8658	0.179
3.907-4.505	0.172	32	0.142	623	0.143	655	0.982	0.988	100	0.157
4.505-5.504	0.179	28	0.17	530	0.171	561	0.984	0.984	99.4652	0.194
5.504-7.726	0.246	22	0.181	418	0.184	440	0.962	0.981	100	0.201
7.726-44.965	0.333	14	0.18	249	0.186	266	0.898	0.979	98.8722	0.228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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