PDB-8ys1: Crystal structure of rat thioredoxin, Wild-type

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ys1

タイトル

Crystal structure of rat thioredoxin, Wild-type

要素

Thioredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

Protein repair / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Detoxification of Reactive Oxygen Species / The NLRP3 inflammasome / cellular response to hyperoxia / TP53 Regulates Metabolic Genes / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular detoxification of hydrogen peroxide / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to selenium ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.112 Å

データ登録者

Baba, T. / Ueno, G. / Ohe, C. / Saji, S. / Yamamoto, S. / Yamamoto, M. / Ouchida, M. / Kawasaki-Ohmori, I. / Takeshita, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2025
タイトル: The F54L mutation of Thioredoxin shows protein instability and increased fluctuations of the catalytic center.
著者: Baba, T. / Ueno, G. / Ohe, C. / Saji, S. / Yamamoto, S. / Yamamoto, M. / Nakagawa, H. / Okazaki, N. / Ouchida, M. / Ohmori, I.K. / Takeshita, K.

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ys1.cif.gz	59.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ys1.ent.gz	39.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ys1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ys1_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ys1_full_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示
XML形式データ	8ys1_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	8ys1_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ys1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ys1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ys3C 4oo5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin

B: Thioredoxin

27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thioredoxin

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.640, 74.300, 53.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thioredoxin / Trx 分子量: 13817.690 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Txn, Txn1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11232
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 15–16% PEG-3350, 9% glycerol, and 0.1 M citric acid (pH 3.5)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年11月2日

放射

モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 13638 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.75 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 14.07

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.11-2.24	0.672	2204	0.755	0.787	1
2.24-2.39	0.463	2005	0.844	0.542	1
2.39-2.5	0.385	1180	0.884	0.45	1
2.5-3	0.201	3457	0.963	0.234	1
3-4	0.06	2745	0.997	0.07	1
4-6	0.026	1429	0.999	0.03	1
6-50	0.02	618	1	0.024	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OO5

4oo5

解像度: 2.112→43.057 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.856 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.181 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	682	5.001 %
R_work	0.1818	12955	-
all	0.184	-	-
obs	-	13637	99.81 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.754 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.997 Å²	-0 Å²	-0.113 Å²
2-	-	-0.344 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.279 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.112→43.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1628	0	0	102	1730

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.369	1.629	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.466	1.575	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.04	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.451	10	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.407	10	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	919
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.206	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.581	2.866	838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.581	2.866	838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.85	5.142	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.848	5.142	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.847	3.276	822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.845	3.275	823
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.97	5.789	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.967	5.788	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.767	33.285	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.767	33.079	1845

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.112-2.167	0.323	50	0.28	962	0.282	1017	0.915	0.942	99.5084	0.261
2.167-2.226	0.287	49	0.264	928	0.266	977	0.944	0.951	100	0.233
2.226-2.29	0.267	47	0.243	881	0.244	930	0.946	0.961	99.7849	0.212
2.29-2.361	0.314	48	0.241	915	0.244	964	0.938	0.961	99.8963	0.213
2.361-2.438	0.288	43	0.244	818	0.246	861	0.947	0.962	100	0.216
2.438-2.523	0.272	44	0.209	836	0.212	880	0.957	0.972	100	0.178
2.523-2.618	0.245	41	0.194	781	0.196	823	0.967	0.977	99.8785	0.155
2.618-2.724	0.243	40	0.191	766	0.194	807	0.961	0.977	99.8761	0.158
2.724-2.845	0.257	39	0.184	736	0.187	778	0.967	0.978	99.6144	0.15
2.845-2.983	0.203	37	0.173	707	0.175	744	0.974	0.981	100	0.141
2.983-3.144	0.197	35	0.154	656	0.156	692	0.979	0.985	99.8555	0.131
3.144-3.333	0.22	33	0.151	642	0.155	678	0.975	0.986	99.5575	0.13
3.333-3.562	0.264	32	0.157	591	0.162	625	0.969	0.985	99.68	0.139
3.562-3.845	0.215	30	0.164	569	0.167	600	0.978	0.984	99.8333	0.148
3.845-4.209	0.187	26	0.156	503	0.158	529	0.981	0.984	100	0.143
4.209-4.7	0.237	24	0.136	456	0.141	482	0.974	0.989	99.5851	0.129
4.7-5.416	0.177	22	0.16	416	0.161	439	0.986	0.986	99.7722	0.148
5.416-6.607	0.182	19	0.183	354	0.183	373	0.977	0.981	100	0.16
6.607-9.236	0.202	14	0.158	272	0.161	288	0.976	0.986	99.3056	0.151
9.236-43.057	0.104	9	0.184	166	0.18	175	0.991	0.984	100	0.216

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