PDB-8yrk: Tubulin-Compound KY216: stathmin-like domain complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yrk

タイトル

Tubulin-Compound KY216: stathmin-like domain complex

要素

Detyrosinated tubulin alpha-1B chain
Stathmin-4
Tubulin beta chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase / regulation of metaphase plate congression / tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Xia, Y.Z. / He, X.Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tubulin-Compound KY216: stathmin-like domain complex
著者: Xia, Y.Z. / He, X.Y.

履歴

登録	2024年3月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yrk.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yrk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yrk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8yrk_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yrk_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	8yrk_validation.xml.gz	86.9 KB	表示
CIF形式データ	8yrk_validation.cif.gz	108.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/8yrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/8yrk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1sa1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (24) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (17) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (17)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (24)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (17)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (17)

登録構造単位

A: Detyrosinated tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta chain

C: Detyrosinated tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.097, 158.982, 179.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Detyrosinated tubulin alpha-1B chain 分子量: 50041.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質	Tubulin beta chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1UIR5
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P63042
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8V0Z8P0

-
非ポリマー , 11種, 51分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#12: 化合物	ChemComp-A1D62 / (11R,16S)-11-(3,5-dichloro-4-methoxyphenyl)-4,7-dioxa-12,14-diazatetracyclo[8.7.0.03,8.012,16]heptadeca-1,3(8),9-triene-13,15-dione / Tubulin polymerization-IN-41 分子量: 435.257 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₆Cl₂N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#14: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PEG,magnesium choride,calcium chloride,Ethylene glycol,MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→43.54 Å / Num. obs: 75501 / % possible obs: 95.91 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 59.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.1534 / R_pim(I) all: 0.04833 / R_rim(I) all: 0.1613 / Net I/σ(I): 11.57
反射シェル	解像度: 2.74→2.838 Å / Num. unique obs: 7561 / CC_1/2: 0.651

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
FRFS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SA1

1sa1

解像度: 2.74→43.54 Å / SU ML: 0.3378 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6565
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2261	3714	4.92 %
R_work	0.1728	71753	-
obs	0.1754	75467	95.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→43.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17352	0	250	33	17635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039	18091
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6746	24561
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2670
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	3182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.9138	6735

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.74-2.77	0.374	124	0.2777	2618	X-RAY DIFFRACTION	97.58
2.77-2.81	0.3165	138	0.2587	2706	X-RAY DIFFRACTION	97.3
2.81-2.85	0.2883	139	0.2436	2652	X-RAY DIFFRACTION	97.42
2.85-2.89	0.3033	125	0.2612	2710	X-RAY DIFFRACTION	97.79
2.89-2.93	0.3545	141	0.2601	2660	X-RAY DIFFRACTION	97.9
2.93-2.98	0.2763	115	0.2466	2704	X-RAY DIFFRACTION	98.05
2.98-3.03	0.3327	159	0.2287	2648	X-RAY DIFFRACTION	97.77
3.03-3.08	0.3075	110	0.2183	2720	X-RAY DIFFRACTION	97.59
3.08-3.14	0.2754	155	0.2067	2636	X-RAY DIFFRACTION	97.32
3.14-3.2	0.2576	135	0.2134	2676	X-RAY DIFFRACTION	97.44
3.2-3.26	0.2923	140	0.209	2681	X-RAY DIFFRACTION	96.97
3.26-3.33	0.2534	154	0.2106	2659	X-RAY DIFFRACTION	97.17
3.33-3.41	0.2631	143	0.2085	2642	X-RAY DIFFRACTION	96.97
3.41-3.5	0.2683	137	0.1994	2658	X-RAY DIFFRACTION	96.68
3.5-3.59	0.2461	120	0.1782	2693	X-RAY DIFFRACTION	96.43
3.59-3.7	0.2006	137	0.1669	2665	X-RAY DIFFRACTION	96.52
3.7-3.81	0.2274	157	0.1602	2614	X-RAY DIFFRACTION	95.85
3.81-3.95	0.2157	126	0.1527	2648	X-RAY DIFFRACTION	95.42
3.95-4.11	0.1984	140	0.1517	2629	X-RAY DIFFRACTION	95.25
4.11-4.3	0.183	141	0.1458	2631	X-RAY DIFFRACTION	94.41
4.3-4.52	0.169	154	0.1322	2646	X-RAY DIFFRACTION	95.21
4.52-4.81	0.1789	125	0.1321	2641	X-RAY DIFFRACTION	94.95
4.81-5.18	0.1873	131	0.1412	2653	X-RAY DIFFRACTION	94.86
5.18-5.7	0.2172	131	0.1626	2647	X-RAY DIFFRACTION	94.2
5.7-6.52	0.2358	149	0.1751	2653	X-RAY DIFFRACTION	93.78
6.52-8.2	0.2017	152	0.1599	2618	X-RAY DIFFRACTION	92.52
8.2-43.54	0.1961	136	0.1444	2645	X-RAY DIFFRACTION	88.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.38881616482	-0.73737068607	-0.529763612821	2.05791967702	-0.826957769468	1.72125564066	0.00504920569653	-0.0397524201059	0.544302802932	-0.213966946827	0.220682483946	-0.0308371577899	-0.849295602847	0.244033791465	-0.221339111105	0.708018777889	-0.103051819277	0.123210755701	0.409684391219	-0.142015753958	0.571300161031	28.5762459774	97.40476924	53.0002909412
2	1.19282933375	-0.672230434434	0.0546546068128	3.30198840956	0.481716842519	2.31853755605	-0.0556007857939	0.287316805805	0.103494313859	-0.683270762713	0.122824748822	-0.218161572472	-0.554847505447	0.209568093171	-0.0724294666895	0.614266328241	-0.128031605824	0.0934279015881	0.477971537749	-0.0840783778628	0.484006966485	30.2134527188	83.697027105	43.5430393409
3	2.3300696405	0.571217181191	-0.824886033797	2.88797259808	0.0160034869645	2.42911185677	0.0361438500644	0.212505313225	-0.0676021678266	0.0769909737971	0.218738912451	-0.42428067108	-0.111850122368	0.40187752892	-0.220173068473	0.394461626592	-0.0172835344841	0.0465365797613	0.513671577326	-0.184013454043	0.504266415242	35.030585117	79.7826855388	55.6732573478
4	1.81008221761	0.172282862584	0.380702691434	2.72813229392	0.503926557655	4.23492054978	0.199859291089	0.0697905821141	0.0582046418047	0.304568646454	-0.181281681457	0.516708238427	-0.163853628265	-0.225733110164	-0.0440433655046	0.391663769968	-0.00628692468902	0.102338669787	0.318004196408	-0.122702816902	0.546739118962	17.007751149	84.9979427476	66.7609886381
5	1.41021539451	-0.559970065925	0.110272306864	3.43835688951	1.26693963476	2.18678569759	-0.0325955424072	-0.281840511855	0.112725761762	0.709777750977	0.0383193469586	0.326438015967	0.0450794258995	0.0465252323856	-0.00545556095365	0.505075084155	-0.0484547715001	0.149771645743	0.407925439154	-0.0947370019518	0.449795317283	18.9876410632	83.8911380005	73.2491018558
6	1.65696927617	0.359750654321	0.997981604156	2.86485549061	2.60552412841	6.92372134579	-0.0380270970003	-0.0429455152021	-0.297010593298	0.749808062561	0.309681074935	-0.357041665692	0.741514986755	0.872617228099	-0.264307661383	0.529535416928	0.0975338946943	-0.0102772576379	0.382804871903	-0.111939579146	0.504674282455	32.6789177385	62.5516854972	61.1879036954
7	1.98042074189	-0.340954967545	-0.302482999298	3.28925362067	0.853251663171	2.5846583349	0.0603463470685	0.199162449462	0.172753272914	-0.184680866974	-0.0969680067908	0.178730033585	-0.359714631311	-0.117478075345	0.0247851436752	0.313170893769	0.00633341466969	0.0102378661539	0.367720878968	-0.0714458052284	0.373078976488	18.7351534381	60.0223554428	21.8692882281
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 74 )	A	A	1 - 74	1 - 74
2	2	chain 'A' and (resid 75 through 110 )	A	A	75 - 110	75 - 110
3	3	chain 'A' and (resid 111 through 199 )	A	A	111 - 199	111 - 199
4	4	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	A	200 - 311	200 - 311
5	5	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	A	312 - 401	312 - 401
6	6	chain 'A' and (resid 402 through 437 )	A	A	402 - 437	402 - 437
7	7	chain 'B' and (resid 2 through 236 )	B	F	2 - 236	1 - 235
8	8	chain 'B' and (resid 237 through 336 )	B	F	237 - 336	236 - 332
9	9	chain 'B' and (resid 337 through 391 )	B	F	337 - 391	333 - 387
10	10	chain 'B' and (resid 392 through 428 )	B	F	392 - 428	388 - 424
11	11	chain 'C' and (resid 1 through 199 )	C	M	1 - 199	1 - 199
12	12	chain 'C' and (resid 200 through 440 )	C	M	200 - 440	200 - 440
13	13	chain 'D' and (resid 2 through 86 )	D	R	2 - 86	1 - 85
14	14	chain 'D' and (resid 87 through 236 )	D	R	87 - 236	86 - 235
15	15	chain 'D' and (resid 237 through 265 )	D	R	237 - 265	236 - 264
16	16	chain 'D' and (resid 266 through 390 )	D	R	266 - 390	265 - 380
17	17	chain 'D' and (resid 391 through 431 )	D	R	391 - 431	381 - 421
18	18	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	V	6 - 46	1 - 26
19	19	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	V	47 - 143	27 - 123
20	20	chain 'F' and (resid 1 through 83 )	F	W	1 - 83	1 - 83
21	21	chain 'F' and (resid 84 through 283 )	F	W	84 - 283	84 - 258
22	22	chain 'F' and (resid 284 through 339 )	F	W	284 - 339	259 - 314
23	23	chain 'F' and (resid 340 through 380 )	F	W	340 - 380	315 - 346

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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ムービー

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