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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8yrk | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Tubulin-Compound KY216: stathmin-like domain complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / Inhibitor | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationtubulin-tyrosine ligase / regulation of metaphase plate congression / tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase ...tubulin-tyrosine ligase / regulation of metaphase plate congression / tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / positive regulation of mitotic cell cycle / post-translational protein modification / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.74 Å | ||||||
Authors | Xia, Y.Z. / He, X.Y. | ||||||
| Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Tubulin-Compound KY216: stathmin-like domain complex Authors: Xia, Y.Z. / He, X.Y. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 8yrk.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8yrk.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 8yrk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8yrk_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8yrk_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
| Data in XML | 8yrk_validation.xml.gz | 86.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 8yrk_validation.cif.gz | 108.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/8yrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/8yrk | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1sa1S S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
| #1: Protein | Mass: 50041.273 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 11 types, 51 molecules 


















| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-CL / | #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-GOL / | #12: Chemical | Mass: 435.257 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C20H16Cl2N2O5 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #13: Chemical | ChemComp-EDO / | #14: Chemical | ChemComp-ACP / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.62 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: PEG,magnesium choride,calcium chloride,Ethylene glycol,MES |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL02U1 / Wavelength: 0.97915 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 6, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.74→43.54 Å / Num. obs: 75501 / % possible obs: 95.91 % / Redundancy: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 59.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1534 / Rpim(I) all: 0.04833 / Rrim(I) all: 0.1613 / Net I/σ(I): 11.57 |
| Reflection shell | Resolution: 2.74→2.838 Å / Num. unique obs: 7561 / CC1/2: 0.651 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1SA1 Resolution: 2.74→43.54 Å / SU ML: 0.3378 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.6565 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 69.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.74→43.54 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi






X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
Citation
PDBj






