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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yrf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LmrR with V15 replaced by unnatural amino acid 4-amino-L-phenyl-cysteine | ||||||
![]() | Transcriptional regulator, PadR-like family | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Inhibitor / Dimeric protein / 4-amino-L-phenyl-cysteine Incorporation / Artificial enzyme | ||||||
機能・相同性 | Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Transcriptional regulator, PadR-like family![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, Z. / Huang, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of LmrR with V15 replaced by unnatural amino acid 4-amino-L-phenyl-cysteine 著者: Zhou, Z. / Huang, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15085.913 Da / 分子数: 2 変異: valine 15 replaced with S-(4-Aminophenyl)cysteine(A1D64) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.3 M Magnesium nitrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 20%(w/v) PEG 2000 and 2% (w/v) MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月27日 / 詳細: multilayer |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.66→41.65 Å / Num. obs: 8266 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.66→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.597 / Num. unique obs: 1104 / Rpim(I) all: 0.321 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.66→41.65 Å
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拘束条件 |
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