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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yrc | ||||||
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タイトル | Chlorinated YabJ from Staphylococcus aureus | ||||||
要素 | Translation initiation inhibitor homologue | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / ribonuclease / stress-response protein | ||||||
機能・相同性 | RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / OXYGEN ATOM / Translation initiation inhibitor homologue 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Jeong, C. / Kim, H.J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024 タイトル: YabJ from Staphylococcus aureus entraps chlorides within its pocket. 著者: Jeong, C. / Kim, H.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yrc.cif.gz | 86.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8yrc.ent.gz | 64.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yrc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yrc_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8yrc_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8yrc_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yrc_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/8yrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/8yrc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5yu2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14276.385 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: MKIINTTRLPEALGPYSHATVVNGMVYTSGQIPLNVDGKIVSADVQAQTKQVLENLKVVL EEAGSDLNSVAKATIFIKDMNDFQKINEVYGQYFNEHKPARSCVEVARLPKDVKVEIELV SKIKEL 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: SAV0497 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3JTJ5 #2: 化合物 | ChemComp-O / | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% (w/v) PEG3350 and 100 mM Tris/HCl, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→35.95 Å / Num. obs: 46373 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 2847 / CC1/2: 0.36 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5YU2 解像度: 1.7→32.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.896 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.531 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→32.51 Å
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拘束条件 |
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