PDB-8yq9: Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) Plasmodium falciparum di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yq9

タイトル

Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS V1/S) complexed with FB6, NADPH and dUMP

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dihydrofolate reductase / thymidylate synthase / antifolate / Plasmodium falciparum / biphenyl / fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D. / Saeyang, T. / Arwon, U. / Hoarau, M. / Decharuangsilp, S. / Kamchonwongpaisan, S. / Yuthavong, Y.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2024
タイトル: Novel flexible biphenyl Pf DHFR inhibitors with improved antimalarial activity.
著者: Decharuangsilp, S. / Arwon, U. / Sooksai, N. / Rattanajak, R. / Saeyang, T. / Vitsupakorn, D. / Vanichtanankul, J. / Yuthavong, Y. / Kamchonwongpaisan, S. / Hoarau, M.

履歴

登録	2024年3月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yq9.cif.gz	588.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yq9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yq9_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yq9_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8yq9_validation.xml.gz	48.4 KB	表示
CIF形式データ	8yq9_validation.cif.gz	64.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/8yq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/8yq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yq8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

147 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.064, 156.496, 164.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71908.133 Da / 分子数: 2 / 変異: N51I, C59R, S108N, I164L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, V1/S / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N170

-
非ポリマー , 5種, 359分子

#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-A1LZT / 4-[4-[3-[2,4-bis(azanyl)-6-ethyl-pyrimidin-5-yl]oxypropoxy]phenyl]benzoic acid 分子量: 408.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.1M Sodium malonate, pH5.0, 14% Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2021年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→24.63 Å / Num. obs: 59549 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 31.73 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5854 / CC_1/2: 0.873 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
PROTEUM PLUS	Proteum4	データ削減
PROTEUM PLUS	Proteum4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→24.629 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 18.289 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.292 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2909	2903	4.979 %	RANDOM
R_work	0.2171	55403	-	-
all	0.221	-	-	-
obs	-	58306	97.567 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.802 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.421 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.088 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.629 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8684	0	208	351	9243

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	9108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.819	1.834	12323
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.618	1.773	19559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.754	5	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.508	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.966	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.167	10	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.102	10	456
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	10419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	8088
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	4399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	4866
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.045	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.256	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.072	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.567	3.369	4161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.567	3.369	4161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.475	6.02	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.475	6.021	5183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.809	3.771	4947
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.784	3.77	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.984	6.779	7141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.983	6.779	7142
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.965	40.557	38069
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.961	40.545	37866

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.357	216	0.286	4013	0.289	4322	0.925	0.948	97.8482	0.286
2.462-2.528	0.367	181	0.298	3985	0.301	4244	0.888	0.942	98.1621	0.298
2.528-2.601	0.369	210	0.288	3767	0.292	4049	0.912	0.948	98.2218	0.288
2.601-2.68	0.345	193	0.263	3699	0.267	3974	0.93	0.957	97.9366	0.263
2.68-2.767	0.327	194	0.257	3592	0.261	3884	0.937	0.96	97.4768	0.257
2.767-2.863	0.362	187	0.247	3457	0.253	3737	0.932	0.962	97.5114	0.247
2.863-2.969	0.364	168	0.252	3329	0.257	3620	0.917	0.96	96.6022	0.252
2.969-3.088	0.376	178	0.26	3175	0.266	3494	0.911	0.956	95.9645	0.26
3.088-3.224	0.341	151	0.254	3099	0.258	3364	0.941	0.959	96.6112	0.254
3.224-3.378	0.316	156	0.243	2952	0.247	3198	0.941	0.963	97.1857	0.243
3.378-3.557	0.317	134	0.233	2881	0.237	3079	0.945	0.968	97.9214	0.233
3.557-3.768	0.304	157	0.225	2699	0.229	2899	0.948	0.97	98.5167	0.225
3.768-4.021	0.244	134	0.192	2566	0.195	2758	0.963	0.977	97.897	0.192
4.021-4.334	0.238	129	0.17	2410	0.174	2576	0.965	0.982	98.5637	0.17
4.334-4.733	0.186	128	0.15	2249	0.152	2390	0.98	0.986	99.4561	0.15
4.733-5.267	0.212	99	0.141	2080	0.145	2189	0.975	0.988	99.5432	0.141
5.267-6.036	0.266	105	0.176	1830	0.18	1938	0.958	0.982	99.8452	0.176
6.036-7.284	0.263	83	0.202	1621	0.206	1705	0.955	0.975	99.9413	0.202
7.284-9.879	0.208	68	0.152	1283	0.155	1351	0.973	0.985	100	0.152
9.879-24.629	0.312	32	0.225	716	0.228	898	0.928	0.969	83.2962	0.225

精密化 TLS

T33: 0.0625 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0383	0.0264	-0.1025	0.1784	-0.2099	0.4254	-0.0005	-0.0129	-0.0016	0.0325	-0.0395	-0.0012	-0.0154	0.0811	0.04	0.0136	0.0018	0.0207	0.1003	0.024	35.8586	11.6079	38.2408
2	0.0598	-0.032	0.0383	0.3959	-0.1923	0.2204	0.0173	-0.0337	-0.0007	-0.1277	0.0074	0.0515	0.111	-0.0197	-0.0247	0.0611	-0.0007	-0.0116	0.0704	0.025	23.2591	-6.9109	9.3153

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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