[日本語] English
万見
- PDB-8yq1: Linear form of FGF10 from Homo sapiens -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yq1
タイトルLinear form of FGF10 from Homo sapiens
要素Fibroblast growth factor 10
キーワードHORMONE / Growth Factor / FGF10 / Fibroblast
機能・相同性
機能・相同性情報


bronchiole morphogenesis / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in lung development / lung proximal/distal axis specification / tear secretion / positive regulation of white fat cell proliferation / positive regulation of hair follicle cell proliferation / embryonic genitalia morphogenesis / urothelial cell proliferation / positive regulation of urothelial cell proliferation / secretion by lung epithelial cell involved in lung growth ...bronchiole morphogenesis / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in lung development / lung proximal/distal axis specification / tear secretion / positive regulation of white fat cell proliferation / positive regulation of hair follicle cell proliferation / embryonic genitalia morphogenesis / urothelial cell proliferation / positive regulation of urothelial cell proliferation / secretion by lung epithelial cell involved in lung growth / regulation of activin receptor signaling pathway / type 2 fibroblast growth factor receptor binding / semicircular canal fusion / white fat cell proliferation / muscle cell fate commitment / salivary gland development / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / type II pneumocyte differentiation / Harderian gland development / lung saccule development / prostatic bud formation / radial glial cell differentiation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / regulation of saliva secretion / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / female genitalia morphogenesis / submandibular salivary gland formation / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development / bud outgrowth involved in lung branching / lacrimal gland development / metanephros morphogenesis / otic vesicle formation / embryonic camera-type eye development / lung epithelium development / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of lymphocyte proliferation / pituitary gland development / male genitalia morphogenesis / bud elongation involved in lung branching / mesonephros development / tissue regeneration / limb bud formation / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / embryonic digestive tract morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of keratinocyte migration / FGFR2b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor binding / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR1b ligand binding and activation / induction of positive chemotaxis / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / embryonic pattern specification / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / metanephros development / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of ATP-dependent activity / pancreas development / endothelial cell proliferation / positive regulation of Ras protein signal transduction / protein localization to cell surface / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / determination of left/right symmetry / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / hair follicle morphogenesis / negative regulation of epithelial cell differentiation / branching morphogenesis of an epithelial tube / PI-3K cascade:FGFR2 / positive regulation of Notch signaling pathway / positive chemotaxis / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of stem cell proliferation / chemoattractant activity / odontogenesis of dentin-containing tooth / establishment of mitotic spindle orientation / thyroid gland development / white fat cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / keratinocyte proliferation / PI3K Cascade / positive regulation of epithelial cell migration / blood vessel remodeling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR2 / negative regulation of stem cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR1 / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / FRS-mediated FGFR2 signaling
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Park, H.J. / Park, Y.S. / Lee, C.E. / Kang, L.W.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Other governmentKS171094 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: N-terminal helix formation and dimer-monomer shift of FGF10 is essential for FGF2b binding
著者: Park, H.J. / Park, Y.S. / Lee, C.E. / Kang, L.W.
履歴
登録2024年3月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor 10
B: Fibroblast growth factor 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0242
ポリマ－33,0242
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.845, 73.845, 227.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-336-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor 10 / FGF-10 / Keratinocyte growth factor 2


分子量: 16511.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF10 / プラスミド: pET-29b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: O15520
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 10% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Steady flow of liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→48.92 Å / Num. obs: 12263 / % possible obs: 97.46 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.56→2.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.449 / Num. unique obs: 1143

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.56→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 10.772 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.503 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27771 605 4.9 %RANDOM
Rwork0.20154 ---
obs0.2053 11658 97.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.229 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.56→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2206 0 0 75 2281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0112257
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0162072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.673047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5391.5874726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.6645279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg14.439513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.8710371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6573.9081122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6573.9091122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6497.0051399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6537.0081400
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5544.4881135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5524.4931136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.1467.9931649
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.13546.122501
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.1245.882495
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.563→2.63 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 43 -
Rwork0.255 800 -
obs--94.19 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る