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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ypj | ||||||
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タイトル | Cyrstal structure of the MazE-mt10 Antitoxin from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | Antitoxin | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Antitoxin / MazE / Mycobacterium tuberculosis / DNA binding | ||||||
機能・相同性 | Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / PHOSPHATE ION / Antitoxin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, K.Y. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024 タイトル: DNA binding reveals hidden interdomain allostery of a MazE antitoxin from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Eun, H.J. / Lee, S.Y. / Lee, K.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ypj.cif.gz | 33.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ypj.ent.gz | 21 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ypj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ypj_validation.pdf.gz | 735.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ypj_full_validation.pdf.gz | 735.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ypj_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ypj_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/8ypj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/8ypj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8141.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045H4M5 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES (pH 6), 20% (w/v) PEG 6000, 0.2 M NH4Cl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97959 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97959 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→30 Å / Num. obs: 12759 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.097 / Num. unique obs: 648 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.91→30 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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