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- PDB-8ypf: The crystal structure of inactive p38 complexed with a ATF2 from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ypf
タイトルThe crystal structure of inactive p38 complexed with a ATF2 from 46 to 90
要素
  • Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2
  • Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / MAP KINASE P38 ALPHA / docking interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / cellular response to anisomycin / positive regulation of transforming growth factor beta2 production ...abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / cellular response to anisomycin / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cAMP response element binding / leucine zipper domain binding / cAMP response element binding protein binding / histone H2B acetyltransferase activity / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / brainstem development / cellular response to leucine starvation / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / NK T cell differentiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / vacuole organization / histone H4 acetyltransferase activity / neurofilament cytoskeleton organization / apoptotic process involved in development / Myogenesis / NGF-stimulated transcription / VEGFA-VEGFR2 Pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / motor neuron apoptotic process / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / response to osmotic stress / positive regulation of myoblast fusion / cartilage condensation / cellular response to UV-B / mitogen-activated protein kinase p38 binding / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / histone acetyltransferase activity / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / D-glucose import / Activation of the AP-1 family of transcription factors / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / outflow tract morphogenesis / response to dietary excess / white fat cell differentiation / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / adipose tissue development / positive regulation of myoblast differentiation / BMP signaling pathway / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / skeletal muscle tissue development / stress-activated MAPK cascade / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / JNK cascade / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / Neutrophil degranulation / peptidyl-threonine phosphorylation / osteoclast differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / liver development / DNA damage checkpoint signaling / Regulation of PTEN gene transcription / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of D-glucose import / stem cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes
類似検索 - 分子機能
Transcription factor cyclic AMP-dependent, CRE-BP1-type / : / bZIP transcription factor / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like ...Transcription factor cyclic AMP-dependent, CRE-BP1-type / : / bZIP transcription factor / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, Y.Y. / Pei, C.J. / He, Q.Q. / Luo, Z.P. / Wu, J.W. / Wang, Z.X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0802500 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFA0806504 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and mechanistic insights into the allosteric activation of p38alpha MAP kinase via specific docking interactions
著者: Zhang, Y.Y. / Pei, C.J. / He, Q.Q. / Luo, Z.P. / Wu, J.W. / Wang, Z.X.
履歴
登録2024年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
B: Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4172
ポリマ－46,4172
非ポリマー00
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.873, 81.873, 122.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41338.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 / cAMP-dependent transcription factor ATF-2 / Activating transcription factor 2 / Cyclic AMP- ...cAMP-dependent transcription factor ATF-2 / Activating transcription factor 2 / Cyclic AMP-responsive element-binding protein 2 / CREB-2 / cAMP-responsive element-binding protein 2 / HB16 / cAMP response element-binding protein CRE-BP1


分子量: 5078.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATF2, CREB2, CREBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15336
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG1500, 0.1 M MMT buffer (DL-malic acid, MES monohydrate and Tris base, molar ratios 1:2:2) pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 32662 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 23.88 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 34.24
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 3201 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40.94 Å / SU ML: 0.2293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.9915
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 1535 4.82 %
Rwork0.1907 30312 -
obs0.1921 31847 97.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2761 0 0 230 2991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00782824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89313829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.10791049
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.070.3272940.24712110X-RAY DIFFRACTION75.25
2.07-2.140.24481430.23762701X-RAY DIFFRACTION97.5
2.14-2.220.26391810.21752746X-RAY DIFFRACTION99.56
2.22-2.330.25791500.21452804X-RAY DIFFRACTION99.86
2.33-2.450.25451380.21312772X-RAY DIFFRACTION99.93
2.45-2.60.2361930.21842850X-RAY DIFFRACTION99.97
2.6-2.80.21961490.19492832X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.080.23521250.20862835X-RAY DIFFRACTION99.73
3.08-3.530.21211490.19112843X-RAY DIFFRACTION99.97
3.53-4.450.19351770.15722836X-RAY DIFFRACTION99.77
4.45-40.940.17931360.16352983X-RAY DIFFRACTION98.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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