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- PDB-8yp8: Structure of the p38alpha-pepHePTPm(16-31)(V31C ) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yp8
タイトルStructure of the p38alpha-pepHePTPm(16-31)(V31C ) complex
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 14
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 7
キーワードTRANSFERASE / MAP KINASE P38 ALPHA / docking interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence ...p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Interleukin-37 signaling / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / D-glucose import / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / JUN kinase activity / regulation of ossification / MAP kinase activity / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / skeletal muscle tissue development / stress-activated MAPK cascade / protein dephosphorylation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / Neutrophil degranulation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / placenta development / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of D-glucose import / stem cell differentiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / cell morphogenesis / bone development / cellular response to virus / positive regulation of protein import into nucleus / cytoplasmic side of plasma membrane / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / spindle pole / Negative regulation of MAPK pathway / osteoblast differentiation / mitotic spindle / peptidyl-serine phosphorylation / kinase activity / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / microtubule cytoskeleton / angiogenesis / protein phosphatase binding / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, KIM-containing / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain ...Protein-tyrosine phosphatase, KIM-containing / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 7 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Zhang, Y.Y. / Pei, C.J. / He, Q.Q. / Luo, Z.P. / Wu, J.W. / Wang, Z.X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0802500 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFA0806504 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and mechanistic insights into the allosteric activation of p38alpha MAP kinase via specific docking interactions
著者: Zhang, Y.Y. / Pei, C.J. / He, Q.Q. / Luo, Z.P. / Wu, J.W. / Wang, Z.X.
履歴
登録2024年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2422
ポリマ－45,2422
非ポリマー00
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.960, 81.960, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 43378.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 7 / KIM peptide derived from HePTP / Hematopoietic protein-tyrosine phosphatase / HEPTP / Protein- ...KIM peptide derived from HePTP / Hematopoietic protein-tyrosine phosphatase / HEPTP / Protein-tyrosine phosphatase LC-PTP


分子量: 1864.180 Da / 分子数: 1 / Mutation: V31C / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35236, protein-tyrosine-phosphatase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.8 0.6-0.8 M Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→46.35 Å / Num. obs: 26386 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.894 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1741 / CC1/2: 0.482 / Rpim(I) all: 0.552 / % possible all: 80.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1p38

1p38
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.14→46.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.654 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2161 1290 4.9 %RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.1876 25056 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 140.46 Å2 / Biso mean: 37.56 Å2 / Biso min: 18.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0.17 Å2-0 Å2
2---0.34 Å2-0 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→46.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2901 0 0 221 3122
Biso mean---38.29 -
残基数----359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132966
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.644020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3491.586532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8315356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.7321.89164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.44115524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg161522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5823.7371433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5833.7371432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4525.5811786
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.194 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 80 -
Rwork0.326 1470 -
obs--78.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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