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- PDB-8yp5: The structure of MAP2K4 complexed with 5Z7-oxozeaenol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yp5
タイトルThe structure of MAP2K4 complexed with 5Z7-oxozeaenol
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4
キーワードTRANSFERASE / Mitogen-activated protein kinase kinase 4
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / cellular response to sorbitol / cell growth involved in cardiac muscle cell development / JUN kinase kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of motor neuron apoptotic process / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins ...smooth muscle cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / cellular response to sorbitol / cell growth involved in cardiac muscle cell development / JUN kinase kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of motor neuron apoptotic process / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / JNK cascade / dendrite cytoplasm / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of DNA replication / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / response to wounding / cellular response to mechanical stimulus / cellular senescence / positive regulation of neuron apoptotic process / MAPK cascade / protein tyrosine kinase activity / Oxidative Stress Induced Senescence / molecular adaptor activity / perikaryon / protein kinase activity / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1FM / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yumura, S. / Kinishita, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Conserved gatekeeper methionine regulates the binding and access of kinase inhibitors to ATP sites of MAP2K1, 4, and 7: Clues for developing selective inhibitors.
著者: Yumura, S. / Kitagawa, D. / Moritsugu, K. / Nakayama, A. / Shinada, T. / Sawa, M. / Kinoshita, T.
履歴
登録2024年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8583
ポリマ－37,4711
非ポリマー3872
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.810, 118.032, 81.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4 / MAP kinase kinase 4 / MAPKK 4 / JNK-activating kinase 1 / MAPK/ERK kinase 4 / MEK 4 / SAPK/ERK ...MAP kinase kinase 4 / MAPKK 4 / JNK-activating kinase 1 / MAPK/ERK kinase 4 / MEK 4 / SAPK/ERK kinase 1 / SEK1 / Stress-activated protein kinase kinase 1 / SAPK kinase 1 / SAPKK-1 / SAPKK1 / c-Jun N-terminal kinase kinase 1 / JNKK


分子量: 37470.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: MAP2K4, JNKK1, MEK4, MKK4, PRKMK4, SEK1, SERK1, SKK1
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P45985, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-1FM / (3S,5Z,8S,9S,11E)-8,9,16-trihydroxy-14-methoxy-3-methyl-3,4,9,10-tetrahydro-1H-2-benzoxacyclotetradecine-1,7(8H)-dione / (5Z)-7-Oxozeaenol


分子量: 362.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M imidazol-HCl pH6.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.032 Å / Num. obs: 11757 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 10.25
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Num. unique obs: 1849 / CC1/2: 0.937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→47.8 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3258 586 5.01 %
Rwork0.2326 --
obs0.2371 11705 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2489 0 1 75 2565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.417340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.750.37591420.29352697X-RAY DIFFRACTION98
2.75-3.150.35211450.27442751X-RAY DIFFRACTION99
3.15-3.970.35671460.24382777X-RAY DIFFRACTION100
3.97-47.80.29021530.20542894X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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