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- PDB-8yp0: Crystal Structure of Human Rab23 Y79del in Complex with GMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yp0
タイトルCrystal Structure of Human Rab23 Y79del in Complex with GMPPNP
要素Ras-related protein Rab-23
キーワードHYDROLASE / Small GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


craniofacial suture morphogenesis / RAB geranylgeranylation / GTP metabolic process / negative regulation of protein import into nucleus / cilium assembly / autophagosome assembly / cellular defense response / phagocytic vesicle / endomembrane system / autophagosome ...craniofacial suture morphogenesis / RAB geranylgeranylation / GTP metabolic process / negative regulation of protein import into nucleus / cilium assembly / autophagosome assembly / cellular defense response / phagocytic vesicle / endomembrane system / autophagosome / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / phagocytic vesicle membrane / cell junction / endosome membrane / ciliary basal body / cilium / GTPase activity / centrosome / GTP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ras-related protein Rab-23 / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-23
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Liang, H. / Chau, Y.Y. / Aik, W.S.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
Other privateHKBU Faculty of Science Seed Money 香港
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for Rab23 activation and a loss-of-function mutation in Carpenter syndrome.
著者: Chau, Y.Y. / Liang, H. / Tung, W.L. / Hor, C.H.H. / Aik, W.S.
履歴
登録2024年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4733
ポリマ－18,9271
非ポリマー5472
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.747, 61.710, 62.189
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-23


分子量: 18926.650 Da / 分子数: 1 / 変異: Y79del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB23, HSPC137 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULC3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH 5.0, 0.2M NaCl, 25% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 13115 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 21.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 12.64
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.88-21.1220330.6551.22197.2
2-2.140.59519730.8480.651199.8
2.14-2.310.30518210.9430.34199.2
2.31-2.530.22516830.9810.243199.8
2.53-2.820.15515500.9910.1671100
2.82-3.260.09613730.9960.104199.9
3.26-3.980.05811820.9980.0631100
3.98-5.610.0459430.9980.049199.9
5.61-500.0435570.9990.047199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→29.83 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 656 5 %
Rwork0.1871 --
obs0.1895 13113 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1254 0 33 110 1397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6961762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.317488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-2.030.27181260.22932402X-RAY DIFFRACTION98
2.03-2.230.27531290.19092446X-RAY DIFFRACTION99
2.23-2.560.22261310.18332482X-RAY DIFFRACTION100
2.56-3.220.26881310.18962504X-RAY DIFFRACTION100
3.22-29.830.21181390.17872623X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4877-0.0066-0.25963.8862-0.71882.68690.0837-0.0227-0.03970.0086-0.0929-0.2218-0.18160.19830.02370.1222-0.0278-0.03130.15590.00230.136320.09086.81788.0133
22.29040.0221-0.46512.5861-1.33582.29330.0659-0.12310.01680.2444-0.153-0.2222-0.19810.28960.01350.1454-0.039-0.02680.18640.00110.184621.09569.22469.2157
32.16330.2712-0.49775.7915-0.52123.61170.1193-0.3640.11540.5999-0.00860.2405-0.1245-0.1569-0.09830.15610.00040.03190.21460.02370.13429.78033.095417.1083
41.9541-0.8590.22893.5316-0.91462.14610.0144-0.0687-0.14820.02960.11270.35010.2311-0.3086-0.08720.1152-0.0293-0.03320.22160.00350.18687.63322.00715.9693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 89 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 90 through 120 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 121 through 170 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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