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- PDB-8yo8: Crystal structure of hFSP1 with both 6-OH-FAD and NAD (hFSP1-6-OH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yo8
タイトルCrystal structure of hFSP1 with both 6-OH-FAD and NAD (hFSP1-6-OH-FAD-NAD)
要素Ferroptosis suppressor protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / 6-OH-FAD / Redox
機能・相同性
機能・相同性情報


electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / ubiquinone metabolic process / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / vitamin K metabolic process / regulation of cellular response to oxidative stress / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / cellular detoxification / negative regulation of ferroptosis / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release ...electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / ubiquinone metabolic process / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / vitamin K metabolic process / regulation of cellular response to oxidative stress / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / cellular detoxification / negative regulation of ferroptosis / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / lipid droplet / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / mitochondrion / extracellular space / DNA binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-HYDROXY-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Ferroptosis suppressor protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lan, H.Y. / Gao, Y. / Hong, T. / Zhao, Z.Z. / Chang, Z.H. / Wang, Y.F. / Wang, F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071269 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770827 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Structural insight into 6-OH-FAD-dependent activation of hFSP1 for ferroptosis suppression.
著者: Lan, H. / Gao, Y. / Hong, T. / Chang, Z. / Zhao, Z. / Wang, Y. / Wang, F.
履歴
登録2024年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferroptosis suppressor protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5964
ポリマ－40,0351
非ポリマー1,5613
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ferroptosis suppressor protein 1
ヘテロ分子

A: Ferroptosis suppressor protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1928
ポリマ－80,0702
非ポリマー3,1226
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area28910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.162, 60.162, 195.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-548-

HOH

21A-688-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferroptosis suppressor protein 1 / FSP1 / Apoptosis-inducing factor homologous mitochondrion-associated inducer of death / AMID / p53- ...FSP1 / Apoptosis-inducing factor homologous mitochondrion-associated inducer of death / AMID / p53-responsive gene 3 protein


分子量: 40035.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM2, AMID, PRG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BRQ8, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-6FA / 6-HYDROXY-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 6-OH-FAD


分子量: 801.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.1 M Sodium chloride, 0.12 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES, 16.5% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.54 Å / Num. obs: 28766 / % possible obs: 84.01 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 24.41 Å2 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 2813 / Rpim(I) all: 0.425

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→32.54 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 1233 5.12 %
Rwork0.1858 --
obs0.1877 24080 84.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2752 0 103 205 3060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6211092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.080.2213730.21911035X-RAY DIFFRACTION36
2.08-2.170.2669770.21031479X-RAY DIFFRACTION50
2.17-2.290.2283930.21932082X-RAY DIFFRACTION70
2.29-2.430.26621740.21522892X-RAY DIFFRACTION98
2.43-2.620.23181470.21673030X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.880.27261340.20633036X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.30.24491640.19473008X-RAY DIFFRACTION100
3.3-4.160.1961990.1643045X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14990.71260.5821.97791.16271.80310.07420.029-0.12560.41790.202-0.4190.18930.5747-0.18390.16720.0029-0.03660.2659-0.06640.21732.682621.261224.1694
21.75661.09680.23792.71530.85451.7666-0.02890.1648-0.24870.01120.1279-0.35320.16630.6339-0.23670.12680.07590.04870.2645-0.01970.255529.169210.936.2588
31.20830.26930.03342.08530.58752.05140.0806-0.1713-0.27620.3584-0.05970.2350.592-0.14380.05660.28-0.00370.04860.1184-0.01710.248411.8955-0.28159.4819
40.92380.14760.19871.65590.84462.07930.0952-0.1021-0.33860.7657-0.0516-0.37320.43560.0984-0.2530.49280.0964-0.05760.1419-0.02820.314225.4396-2.997312.1703
50.72050.72860.19131.46170.9871.55010.2059-0.3633-0.18210.9028-0.135-0.01210.7813-0.1765-0.09491.2001-0.3139-0.11780.2278-0.15290.078624.066912.601236.8137
61.09640.78461.21852.64882.29833.1520.2359-0.41590.26360.6845-0.33080.22870.1953-0.15020.12110.3235-0.13840.08230.3168-0.09010.192121.539624.218934.1111
70.77490.62780.24251.61211.11421.40760.3419-0.39340.18560.6128-0.26790.1950.2697-0.140.23210.3222-0.03760.10190.2967-0.09770.22828.152716.599622.7012
84.12312.81540.29684.31090.86831.87950.0095-0.03870.5236-0.1152-0.10540.1778-0.39520.08990.09960.15410.02330.05390.1186-0.00870.156619.324925.354413.1118
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 113 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 141 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 142 through 214 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 215 through 256 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 257 through 294 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 295 through 313 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 314 through 354 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 355 through 373 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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