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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yo7 | ||||||
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タイトル | structure of phage T6 topoisomerase II central domain bound with DNA and m-AMSA | ||||||
要素 |
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キーワード | ISOMERASE / topoisomerase II | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sister chromatid segregation / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / protein-containing complex / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia phage T4 (ファージ) Enterobacteria phage T6 (ファージ) DNA molecule (その他) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Y.T. / Xin, Y.H. / Xian, R.Q. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: structure of phage T6 topoisomerase II central domain bound with DNA and m-AMSA 著者: Chen, Y.T. / Xin, Y.H. / Xian, R.Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yo7.cif.gz | 303.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8yo7.ent.gz | 234.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yo7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yo7_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8yo7_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8yo7_validation.xml.gz | 48.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yo7_validation.cif.gz | 71.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/8yo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/8yo7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 39437MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA topoisomerase ... , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 51951.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T4 (ファージ) / 遺伝子: 52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07065, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) #2: タンパク質 | 分子量: 69237.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T6 (ファージ) 遺伝子: EcT6_00003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A346FJ89, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 EYFX
#3: DNA鎖 | 分子量: 16058.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) #4: DNA鎖 | 分子量: 15965.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) |
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-非ポリマー , 3種, 6分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Phage T6 topoisomerase II central domain bound with DNA and m-AMSA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T6 (ファージ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 459464 / 対称性のタイプ: POINT |