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万見
- PDB-8yn7: Cryo-EM structure of histamine H3 receptor in complex with immeth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yn7
タイトルCryo-EM structure of histamine H3 receptor in complex with immethridine and miniGo
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 2
  • Antibody fragment scFv16
  • Engineered guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
  • Histamine H3 receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


Histamine receptors / histamine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / mu-type opioid receptor binding / neurotransmitter secretion / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / vesicle docking involved in exocytosis / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / regulation of heart contraction ...Histamine receptors / histamine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / mu-type opioid receptor binding / neurotransmitter secretion / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / vesicle docking involved in exocytosis / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / regulation of heart contraction / parallel fiber to Purkinje cell synapse / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase regulator activity / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / muscle contraction / GABA-ergic synapse / locomotory behavior / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / presynapse / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / presynaptic membrane / G protein activity / cell body / GTPase binding / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / GTP binding / glutamatergic synapse / signal transduction / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histamine H3 receptor / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain ...Histamine H3 receptor / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CHOLESTEROL / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Histamine H3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Zhang, X. / Liu, G. / Li, X. / Gong, W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0904100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)T2221005 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of ligand recognition and activation of the histamine receptor family.
著者: Xuan Zhang / Guibing Liu / Ya-Ni Zhong / Ru Zhang / Chuan-Cheng Yang / Canyang Niu / Xuanyu Pu / Jingjing Sun / Tianyao Zhang / Lejin Yang / Chao Zhang / Xiu Li / Xinyuan Shen / Peng Xiao / ...著者: Xuan Zhang / Guibing Liu / Ya-Ni Zhong / Ru Zhang / Chuan-Cheng Yang / Canyang Niu / Xuanyu Pu / Jingjing Sun / Tianyao Zhang / Lejin Yang / Chao Zhang / Xiu Li / Xinyuan Shen / Peng Xiao / Jin-Peng Sun / Weimin Gong /
要旨: Histamine is a biogenic amine that is critical in various physiological and pathophysiological processes, including but not limited to allergic reactions, wakefulness, gastric acid secretion and ...Histamine is a biogenic amine that is critical in various physiological and pathophysiological processes, including but not limited to allergic reactions, wakefulness, gastric acid secretion and neurotransmission. Here, we determine 9 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the 4 histamine receptors in complex with four different G protein subtypes, with endogenous or synthetic agonists bound. Inside the ligand pocket, we identify key motifs for the recognition of histamine, the distinct binding orientations of histamine and three subpockets that facilitate the design of specific ligands. In addition, we also identify key residues responsible for the selectivity of immethridine. Moreover, we reveal distinct structural features as determinants of Gq vs. Gs or Gs vs. Gi coupling differences among the histamine receptors. Our study provides a structural framework for understanding the ligand recognition and G protein coupling of all 4 histamine receptors, which may facilitate the rational design of ligands targeting these receptors.
履歴
登録2024年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
E: Antibody fragment scFv16
R: Histamine H3 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,96911
ポリマ－173,8775
非ポリマー2,0926
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AR

#1: タンパク質 Engineered guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha


分子量: 25286.922 Da / 分子数: 1 / 変異: A227D,G230D,I332A,V335I / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 232-241 of the wild-type protein were truncated in this engineered protein.
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: GNAO1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P09471
#5: タンパク質 Histamine H3 receptor


分子量: 72568.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y5N1

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1


分子量: 40845.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768

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抗体 , 1種, 1分子 E

#4: 抗体 Antibody fragment scFv16


分子量: 27314.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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非ポリマー , 2種, 6分子

#6: 化合物 ChemComp-A1LY2 / 4-(1H-imidazol-4-ylmethyl)pyridine


分子量: 159.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Immethridine-H3R-miniGo-scFv16 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 160325 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029096
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4312380
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.4973154
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391420
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031542

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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