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万見
- PDB-8ymz: Structure of ZBTB43 in complex with CACA containing B-form DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ymz
タイトルStructure of ZBTB43 in complex with CACA containing B-form DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')
  • Zinc finger and BTB domain-containing protein 43
キーワードDNA/DNA BINDING PROTEIN / ZBTB43 / DNA / CACA / B-DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA-DNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase III general transcription initiation factor binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger and BTB domain-containing protein 43
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Li, X. / Yang, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the recognition of purine-pyrimidine dinucleotide repeats by zinc finger protein ZBTB43.
著者: Yang, Y. / Zhang, S. / Xu, L. / Pan, Y. / Xuan, Y. / Kai, Y. / Chen, X.
履歴
登録2024年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*G)-3')
E: Zinc finger and BTB domain-containing protein 43
A: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*G)-3')
F: Zinc finger and BTB domain-containing protein 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,03912
ポリマ－37,6476
非ポリマー3926
水00
1
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*G)-3')
E: Zinc finger and BTB domain-containing protein 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0206
ポリマ－18,8243
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
2
A: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*G)-3')
F: Zinc finger and BTB domain-containing protein 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0206
ポリマ－18,8243
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.979, 67.535, 99.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')


分子量: 4481.952 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*G)-3')


分子量: 4695.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 43 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 22B / Zinc finger protein 297B / ZnF-x


分子量: 9646.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB43, KIAA0414, ZBTB22B, ZNF297B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43298
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 8996 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.969 / CC star: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 109139
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.95-310.41.0884210.9820.9950.3361.1410.88492.5
3-3.0610.11.0424190.9880.9970.3361.0970.9199.1
3.06-3.1110.80.4824430.9960.9990.1510.5060.93499.6
3.11-3.1812.10.3954410.9950.9990.1150.4120.91199.5
3.18-3.2512.30.2174360.9970.9990.0640.2270.882100
3.25-3.3212.10.0924470.99810.0310.0970.948100
3.32-3.4113.20.152429110.0480.1590.95499.8
3.41-3.513.50.2084490.99810.0590.2160.961100
3.5-3.613.30.244400.99810.0680.250.99100
3.6-3.7213.30.1844560.9970.9990.0520.1910.947100
3.72-3.8513.10.1494390.99810.0430.1550.978100
3.85-412.60.1394610.9970.9990.0410.1450.955100
4-4.19120.1334410.99810.040.1390.997100
4.19-4.4112.90.1224390.99810.0350.1270.989100
4.41-4.68120.1034580.9970.9990.0310.1080.966100
4.68-5.04130.0944660.99910.0270.0980.873100
5.04-5.5512.80.0794550.99910.0230.0820.884100
5.55-6.3512.10.0764620.99810.0230.0790.911100
6.35-811.20.0634710.99910.020.0660.859100
8-5010.30.0665230.9970.9990.0230.070.85799.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→29.02 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2971 700 10.12 %
Rwork0.269 --
obs0.2719 6919 77.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→29.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1280 1218 6 0 2504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1393856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.972756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.025278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.180.4565610.4041616X-RAY DIFFRACTION39
3.18-3.50.384950.3256884X-RAY DIFFRACTION56
3.5-40.32321590.27831469X-RAY DIFFRACTION91
4-5.040.341870.26791592X-RAY DIFFRACTION100
5.04-29.020.23671980.24371658X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3161-0.58880.53224.2275-1.91626.0650.27250.7354-0.5717-0.978-0.22411.7451.7987-1.1381-0.78780.70330.2588-0.16421.21510.15460.444112.3466-2.3371-31.0934
22.7733-0.8798-0.18024.26452.74818.1367-0.08130.8920.1895-0.2151-0.33191.03150.3129-0.82960.2210.48590.0283-0.06490.7896-0.07440.50715.1298-1.3436-27.4546
34.9106-2.2606-2.10115.7721-0.13965.2622-0.2865-0.89860.828-0.16280.88750.7664-0.35940.0069-0.21270.16410.05340.16570.4435-0.05190.925817.89021.4119-17.4526
41.74620.8942-0.72232.7793-0.60886.8818-0.10250.0908-0.5525-0.3155-0.0782-0.02122.1622-0.33510.07220.94580.26970.0031.0649-0.0440.621147.5306-1.8007-18.4701
52.35010.8550.64114.4136-3.15318.7345-0.40380.0537-0.6848-0.0750.47-1.3902-0.48560.9650.28810.75180.1120.11040.843-0.12750.517844.9868-1.0026-22.1882
63.0063-2.3130.33565.4159-2.69615.8215-0.35720.09120.3489-1.09360.5441-1.55470.55530.131-0.25560.6192-0.04820.150.6594-0.30890.639142.65161.1674-32.2681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 1 through 15)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'D' and resid 1 through 15)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'E' and resid 372 through 450)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resid 1 through 15)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'B' and resid 1 through 15)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 372 through 450)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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