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万見
- PDB-8ymv: X-Ray crystal structure of glycoside hydrolase family 6 cellobioh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ymv
タイトルX-Ray crystal structure of glycoside hydrolase family 6 cellobiohydrolase from Phanerochaete chrysosporium PcCel6A C240S/R347K/C393S
要素Glucanase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase family 6 / cellobiohydrolase / cellulase / catalytic domain / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain ...Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Phanerodontia chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Yamaguchi, S. / Sunagawa, N. / Tachioka, M. / Igarashi, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22J12651 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Activity and X-ray crystal structure of candidate base catalyst mutant of glycoside hydrolase family 6 cellobiohydrolase
著者: Yamaguchi, S. / Sunagawa, N. / Tachioka, M. / Igarashi, K.
履歴
登録2024年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3211
ポリマ－38,3211
非ポリマー00
水9,476526
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Software (PISA) determined protein interfaces have not revealed any specific interactions that could form stable quaternary structures.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.167, 67.491, 88.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Glucanase


分子量: 38321.430 Da / 分子数: 1 / 変異: C240S, R347K, C393S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerodontia chrysosporium (菌類) / 株: K-3 / 遺伝子: cel6A / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H
参照: UniProt: H3K419, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate, sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→46.23 Å / Num. obs: 186262 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 8.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 0.98→1 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 9086 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.98→46.23 Å / SU ML: 0.0821 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.4126
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1598 2000 1.07 %
Rwork0.1475 184148 -
obs0.1476 186148 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 11.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→46.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2708 0 0 526 3234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84715682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0789618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077776
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6967599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.98-10.22861400.220712916X-RAY DIFFRACTION98.97
1-1.030.241410.191213011X-RAY DIFFRACTION99.83
1.03-1.060.17411420.169913032X-RAY DIFFRACTION99.86
1.06-1.10.14831420.153713044X-RAY DIFFRACTION99.96
1.1-1.140.15821410.148313074X-RAY DIFFRACTION99.98
1.14-1.180.13161430.144413102X-RAY DIFFRACTION100
1.18-1.230.14211420.140713067X-RAY DIFFRACTION100
1.23-1.30.16681420.1413098X-RAY DIFFRACTION100
1.3-1.380.14431430.140513124X-RAY DIFFRACTION100
1.38-1.490.14921420.14213168X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.640.15181440.136613209X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.870.16671440.143413236X-RAY DIFFRACTION100
1.87-2.360.14751450.149513327X-RAY DIFFRACTION100
2.36-46.230.16871490.145713740X-RAY DIFFRACTION99.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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