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- PDB-8ymb: The crystal structure of SHD931 in complex with Brd4-BD2 and VCB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ymb
タイトルThe crystal structure of SHD931 in complex with Brd4-BD2 and VCB
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / Complex / Protac / Macrocyclic
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / histone H4 reader activity / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / condensed nuclear chromosome / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / transcription coregulator activity / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / p53 binding / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / regulation of gene expression / chromosome / microtubule cytoskeleton / Replication of the SARS-CoV-2 genome / regulation of inflammatory response / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / histone binding / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / protein stabilization / cilium / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bromodomain-containing protein 4 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Huang, W.X. / Chen, Y.H. / Li, C.G. / Ding, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071446 中国
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Design of "Head-to-Tail" Macrocyclic PROTACs.
著者: Li, C. / Chen, Y. / Huang, W. / Qiu, Y. / Huang, S. / Zhou, Y. / Zhou, F. / Xu, J. / Ren, X. / Zhang, J. / Wang, Z. / Ding, M. / Ding, K.
履歴
登録2024年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
F: Bromodomain-containing protein 4
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,93818
ポリマ－115,6738
非ポリマー2,26410
水23413
1
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,00410
ポリマ－57,8374
非ポリマー1,1686
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Bromodomain-containing protein 4
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9338
ポリマ－57,8374
非ポリマー1,0974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.061, 84.388, 382.717
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 350 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "F" and (resid 350 through 422 or (resid 423...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 45 or (resid 46...
d_2ens_2(chain "G" and (resid 1 through 35 or (resid 36...
d_1ens_3(chain "C" and (resid 16 through 47 or resid 58...
d_2ens_3(chain "H" and (resid 16 through 88 or (resid 89...
d_1ens_4(chain "D" and (resid 62 through 63 or (resid 64...
d_2ens_4(chain "I" and (resid 62 through 72 or (resid 73...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALVALMETMETAA350 - 45718 - 125
d_21ens_1VALVALMETMETFE350 - 45718 - 125
d_11ens_2METMETLYSLYSBB1 - 1045 - 108
d_21ens_2METMETLYSLYSGF1 - 1045 - 108
d_11ens_3SERSERSERSERCC16 - 472 - 33
d_12ens_3ASNASNCYSCYSCC58 - 11244 - 98
d_21ens_3SERSERCYSCYSHG16 - 1122 - 98
d_11ens_4VALVALLEULEUDD62 - 14010 - 88
d_12ens_4PROPROHISHISDD146 - 20894 - 156
d_21ens_4VALVALHISHISIH62 - 20810 - 156

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.00252555373573, 0.999993176957, 0.00269585200994), (0.999995557639, 0.00252980928767, -0.00157631440589), (-0.00158312364208, 0.00269185896725, -0.999995123796)-42.1335671693, -0.0302800184562, -95.7346053271
2given(0.00366211261758, 0.999992994474, 0.000774554506628), (0.999990946496, -0.00366378139712, 0.00216417018481), (0.00216699282205, 0.000766622059255, -0.999997358213)-41.9935287869, 0.114563630527, -95.7035069375
3given(0.00123385435621, 0.999999228841, -0.000141140507636), (0.999999237236, -0.00123384644543, 5.61223111655E-5), (5.59481221726E-5, -0.000141209646737, -0.999999988465)-42.0330484708, 0.00790163664996, -95.6765298761
4given(-0.00686280935314, 0.999972058152, 0.00296391009389), (0.999975893617, 0.00686590387289, -0.00103515664171), (-0.00105547763931, 0.00295673456206, -0.999995071832)-41.9817522642, -0.214614739102, -95.7409939395

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGCHDI

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 14842.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13436.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10987.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18571.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337

-
非ポリマー , 3種, 23分子

#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-A1LY0 / SHD931


分子量: 990.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C53H67N9O6S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1500 mM Ammonium sulfate, 100 mM Tris base/ Hydrochloric acid, pH 8.5, 12% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→47.84 Å / Num. obs: 29155 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 72.98 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.55
反射 シェル解像度: 2.95→3.055 Å / Rmerge(I) obs: 1.085 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 2837 / CC1/2: 0.615

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T35

5t35


解像度: 2.95→47.84 Å / SU ML: 0.3797 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.2758
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 2004 6.89 %
Rwork0.2396 27092 -
obs0.2417 29096 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→47.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6992 0 148 13 7153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00427311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62359937
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04521103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.50262679
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.49225335941
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.714434705039
ens_3d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.527187096021
ens_4d_2DDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.56735773628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.020.35531370.31841931X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.110.34181410.30551908X-RAY DIFFRACTION99.95
3.11-3.20.32351430.29921888X-RAY DIFFRACTION99.85
3.2-3.30.37791440.28771951X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.420.29371360.27231894X-RAY DIFFRACTION99.75
3.42-3.550.3381420.29281933X-RAY DIFFRACTION99.95
3.55-3.720.29341450.25471940X-RAY DIFFRACTION99.76
3.72-3.910.28421420.24321920X-RAY DIFFRACTION99.85
3.91-4.160.29541410.2221911X-RAY DIFFRACTION99.52
4.16-4.480.21271430.21611936X-RAY DIFFRACTION99.62
4.48-4.930.25341480.20991961X-RAY DIFFRACTION99.43
4.93-5.640.27621420.23231939X-RAY DIFFRACTION99.52
5.64-7.10.30561470.25221993X-RAY DIFFRACTION99.67
7.1-47.840.19511530.2021987X-RAY DIFFRACTION95.54
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.2537043538 Å / Origin y: 10.6872948703 Å / Origin z: -47.7150809948 Å
111213212223313233
T0.509969049558 Å20.0888672021095 Å20.073175283152 Å2-0.448404544007 Å2-0.0677644322965 Å2--0.727715828072 Å2
L0.30952582773 °20.127622368575 °2-0.0915142650385 °2-0.328222678112 °20.0145774628701 °2--0.272147705367 °2
S-0.00493770802346 Å °0.0337744605157 Å °0.0614935062908 Å °0.00492657060071 Å °0.0512676249717 Å °-0.0487676400879 Å °0.0178161374061 Å °0.0159048107842 Å °-0.0559235903882 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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