PDB-8yma: CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL PU PLASTIC DEGRADATION ENZYME FROM T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yma

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL PU PLASTIC DEGRADATION ENZYME FROM THERMAEROBACTER MARIANENSIS

要素

Carboxylic ester hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PU PLASTIC / DEGRADATION / CATALYSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / cholinesterase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermaerobacter marianensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Li, Z.S. / Wang, H. / Gao, J. / Chen, Y.Y. / Wei, H.L. / Han, X. / Wei, R. / Bornscheuer, U.T. / Liu, W.D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL PU PLASTIC DEGRADATION ENZYME FROM THERMAEROBACTER MARIANENSIS
著者: Li, Z.S. / Wang, H. / Gao, J. / Chen, Y.Y. / Wei, H.L. / Han, X. / Wei, R. / Bornscheuer, U.T. / Liu, W.D.

履歴

登録	2024年3月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yma.cif.gz	382 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yma.ent.gz	309.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yma.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yma_validation.pdf.gz	487.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yma_full_validation.pdf.gz	517.6 KB	表示
XML形式データ	8yma_validation.xml.gz	82.1 KB	表示
CIF形式データ	8yma_validation.cif.gz	107.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/8yma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/8yma	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Carboxylic ester hydrolase

B: Carboxylic ester hydrolase

C: Carboxylic ester hydrolase

D: Carboxylic ester hydrolase

ヘテロ分子

226 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carboxylic ester hydrolase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carboxylic ester hydrolase

登録者が定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Carboxylic ester hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Carboxylic ester hydrolase

登録者が定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.834, 81.834, 667.371
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Carboxylic ester hydrolase 分子量: 56391.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The sequence of organism Thermaerobacter marianensis is not available, replaced by E6SHQ4 temporarily. 由来: (組換発現) Thermaerobacter marianensis (バクテリア) 遺伝子: Tmar_0630 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: E6SHQ4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0M (NH4)2HPO4, 0.1M imidazole pH 8.0, 0.2M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→48.59 Å / Num. obs: 153365 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.5 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.07→2.1 Å / 冗長度: 21.3 % / Num. unique obs: 7533 / CC_1/2: 0.643

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→48.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 3.063 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22742	7698	5 %	RANDOM
R_work	0.18171	-	-	-
obs	0.184	145412	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	11.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-23.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.07→48.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14893	0	5	481	15379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	15311
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	14325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.51	1.814	20931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.523	1.732	32697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.491	5	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.86	5	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.607	10	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	19202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.407	5.066	7920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.407	5.066	7919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.718	9.117	9893
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.718	9.117	9894
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.964	5.183	7391
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.962	5.183	7388
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.1	9.46	11033
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.901	61.07	67633
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.897	61.12	67453
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.07→2.121 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	581	-
R_work	0.199	10676	-
obs	-	-	98.64 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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