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- PDB-8ym2: Crystal structure of AIDA-1 PTB domain in complex with SynGAP NPx... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ym2
タイトルCrystal structure of AIDA-1 PTB domain in complex with SynGAP NPxF motif
要素
  • Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B
  • Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
キーワードPROTEIN BINDING / AIDA-1 / ANKS1B / SynGAP / Ras and Rab interactor / PTB domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of RAS by GAPs / negative regulation of axonogenesis / maintenance of postsynaptic specialization structure / pattern specification process / negative regulation of Ras protein signal transduction / regulation of synapse structure or activity / receptor clustering / dendrite development / regulation of MAPK cascade / ephrin receptor signaling pathway ...Regulation of RAS by GAPs / negative regulation of axonogenesis / maintenance of postsynaptic specialization structure / pattern specification process / negative regulation of Ras protein signal transduction / regulation of synapse structure or activity / receptor clustering / dendrite development / regulation of MAPK cascade / ephrin receptor signaling pathway / postsynaptic density, intracellular component / ephrin receptor binding / GTPase activator activity / axonogenesis / dendritic shaft / modulation of chemical synaptic transmission / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / visual learning / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / postsynaptic density / synapse / protein kinase binding / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / SynGAP, PH domain / Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 1, SAM repeat 1 / Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 1, SAM repeat 2 / : / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase ...Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / SynGAP, PH domain / Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 1, SAM repeat 1 / Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 1, SAM repeat 2 / : / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / Rho GTPase activation protein / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B / Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, X. / Wang, Y. / Cai, Q. / Zhang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508402 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: AIDA-1/ANKS1B Binds to the SynGAP Family RasGAPs with High Affinity and Specificity.
著者: Wang, X. / Wang, Y. / Cai, Q. / Zhang, M.
履歴
登録2024年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B
B: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5802
ポリマ－19,5802
非ポリマー00
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.919, 112.919, 112.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B


分子量: 18248.781 Da / 分子数: 1 / 断片: PTB domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Anks1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BZM2
#2: タンパク質・ペプチド Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP / Neuronal RasGAP / Synaptic Ras GTPase-activating protein 1 / Synaptic Ras-GAP 1 / p135 SynGAP


分子量: 1331.560 Da / 分子数: 1 / 断片: NPxF motif / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q9QUH6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.1
詳細: 1.8 M (NH4)2SO4, 10% 1,4-Dioxane, and 0.1 M MES at pH 7.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月24日
放射モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 16295 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 1.173 / Net I/σ(I): 3.1 / Num. measured all: 635160
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2
2-2.0340.62.5178080.6970.9060.3992.5480.426
2.03-2.0740.51.8438110.6960.9060.2931.8660.439
2.07-2.1140.41.6457820.7950.9410.2611.6650.432
2.11-2.1540.61.5878130.840.9560.2521.6070.438
2.15-2.240.38020.8630.9631.7590.671
2.2-2.2534.83.0558150.9510.9870.5183.0991.826
2.25-2.3136.85.2178040.9560.9890.8725.2911.846
2.31-2.3735.81.1598080.9460.9860.1961.1750.568
2.37-2.4437.80.6968120.9640.9910.1140.7060.519
2.44-2.5241.70.5668040.980.9950.0890.5730.556
2.52-2.6142.10.4828050.9860.9960.0750.4880.594
2.61-2.7141.70.3638240.9930.9980.0570.3680.704
2.71-2.8441.20.3198000.9920.9980.050.3230.786
2.84-2.9940.80.2568060.9950.9990.0410.260.954
2.99-3.1739.60.2038200.9950.9990.0330.2061.243
3.17-3.4235.40.1718240.9960.9990.0290.1741.673
3.42-3.7636.90.1548270.99810.0260.1562.683
3.76-4.3139.80.1198270.99810.0190.1212.704
4.31-5.4337.90.1048320.99910.0170.1062.586
5.43-5035.30.0928710.99910.0160.0942.159

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ITU

6itu


解像度: 2→25.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.198 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26378 750 4.7 %RANDOM
Rwork0.21311 ---
obs0.21551 15191 97.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→25.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1260 0 0 30 1290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0121292
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0161173
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.6511744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4831.5722741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.735155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.55353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.22110223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.745.449629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7355.449629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6018.088778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5978.089779
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7095.991663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7065.991664
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.2658.725966
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.448108.3245210
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.433108.145203
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 56 -
Rwork0.293 1143 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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