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- PDB-8yle: Crystal structure of Werner syndrome helicase complexed with AMP-PCP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yle
タイトルCrystal structure of Werner syndrome helicase complexed with AMP-PCP
要素Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
キーワードHYDROLASE / DNA repair helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-flap-structured DNA binding / positive regulation of strand invasion / forked DNA-dependent helicase activity / telomeric G-quadruplex DNA binding / positive regulation of hydrolase activity / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / regulation of growth rate / telomere maintenance via semi-conservative replication / G-quadruplex DNA unwinding ...3'-flap-structured DNA binding / positive regulation of strand invasion / forked DNA-dependent helicase activity / telomeric G-quadruplex DNA binding / positive regulation of hydrolase activity / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / regulation of growth rate / telomere maintenance via semi-conservative replication / G-quadruplex DNA unwinding / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / Y-form DNA binding / four-way junction helicase activity / G-quadruplex DNA binding / MutLalpha complex binding / bubble DNA binding / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / protein localization to nucleolus / DNA 3'-5' helicase / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / response to UV-C / exonuclease activity / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / DNA duplex unwinding / DNA metabolic process / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / 3'-5' DNA helicase activity / DNA synthesis involved in DNA repair / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / four-way junction DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / DNA helicase activity / telomere maintenance / cellular response to starvation / isomerase activity / replication fork / determination of adult lifespan / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / G2/M DNA damage checkpoint / HDR through Homologous Recombination (HRR) / cellular response to gamma radiation / cellular senescence / double-strand break repair / chromosome / manganese ion binding / Processing of DNA double-strand break ends / DNA replication / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / response to oxidative stress / chromosome, telomeric region / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nuclear speck / centrosome / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helicase Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / RQC domain / RQC / RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain ...Helicase Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / RQC domain / RQC / RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / HRDC domain superfamily / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Yang, Y. / Fu, L. / Sun, X. / Cheng, H. / Chen, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of werner syndrome helicase complexed with AMP-PCP at 1.86 Angstroms resolution.
著者: Chen, R.
履歴
登録2024年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7646
ポリマ－49,0031
非ポリマー7605
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.663, 89.561, 54.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN / DNA helicase / RecQ-like type 3 / RecQ protein-like 2 / Werner syndrome protein


分子量: 49003.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WRN, RECQ3, RECQL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q14191, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.5,0.1 M Amino acids,0.1 M Buffer System 1, 30.00% % v/v EDO_P8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→30.05 Å / Num. obs: 38310 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 22.22 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.07505 / Rrim(I) all: 0.1585 / Net I/σ(I): 8.28
反射 シェル解像度: 1.86→1.926 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1.123 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / Num. unique obs: 3782 / CC1/2: 0.631 / CC star: 0.88 / % possible all: 97.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.86→30.05 Å / SU ML: 0.2025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8709
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 1948 5.09 %
Rwork0.1833 36325 -
obs0.1849 38273 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→30.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3314 0 41 235 3590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00583426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79664627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0505513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.69941291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.910.29851510.2812551X-RAY DIFFRACTION97.44
1.91-1.960.26791160.24762553X-RAY DIFFRACTION97.59
1.96-2.020.26461440.2162586X-RAY DIFFRACTION97.71
2.02-2.080.24771320.19912594X-RAY DIFFRACTION98.63
2.08-2.160.25011210.1942607X-RAY DIFFRACTION98.34
2.16-2.240.21421330.19372606X-RAY DIFFRACTION98.56
2.24-2.340.24271570.19812561X-RAY DIFFRACTION98.59
2.34-2.470.21461410.18432599X-RAY DIFFRACTION98.35
2.47-2.620.21411380.182618X-RAY DIFFRACTION98.64
2.62-2.820.21551670.18412547X-RAY DIFFRACTION98.33
2.82-3.110.24231420.18232607X-RAY DIFFRACTION98.53
3.11-3.560.18611220.16772620X-RAY DIFFRACTION98.53
3.56-4.480.1761400.15562609X-RAY DIFFRACTION98.35
4.48-30.050.19641440.17782667X-RAY DIFFRACTION99.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2524942321250.222106687630.11762079350.4716082841010.02579807640260.218856492650.0202573581925-0.006860447947710.002122773887810.00954706700249-0.022744436810.002183063727220.04528570083850.0277184737616-1.32148372212E-60.1646485592750.003367174787460.007547744581160.1329145605060.0164340326120.128778303814-2.45112346256-11.851578489426.0942217589
20.2946004846910.1890188322490.1253279590110.600980337694-0.05005176667230.1771931853350.0157001816805-0.01114789653450.0486316772518-0.05666708731160.000819551972756-0.13345857257-0.1286768034330.1331026374397.96048017532E-60.162892896655-0.00762797702185-0.006264935195830.176076802782-0.00111847186710.14885633710512.8725318757-2.2619399869324.5017316236
30.2224199206070.1422862258810.09429878399790.2828391318770.0905160225590.002047774386350.0607840684170.00641991830017-0.0583221165416-0.128029281380.009395023790370.0493198184130.11925532844-0.01947291359950.008418403360240.1262718591210.008713881390740.01495389267150.121541907762-0.0002845502101460.0956996429917-3.18973052822-4.256393012237.30473501168
4-0.0843080068438-0.04215949566770.1974039652870.2889277574220.09692674663590.304415487505-0.01265788301990.02060674211360.02298098695250.0597123471210.0114311307499-0.00319994142908-0.0613882536431-0.0201612714986-2.90051830047E-60.11879098772-0.004123884871480.007250935016990.1212174219960.01465028739040.13471330081-7.4511489379113.91014711249.54834766407
50.1539694592020.0298477261040.2262541295780.3646672029920.2403072984140.261020865649-0.01027145058570.1652124004-0.08090521357140.0716648301126-0.0380105548324-0.2700387658780.07452158041970.1547218527730.02672239304120.06206557081050.01101854610590.03821603108460.2031393332050.0481047068660.21047231492-3.116798685135.79761782328-2.5029059212
60.0759402399735-0.0673086200111-0.1295698336810.593079594073-0.4191670383240.80729559273-0.0720440033260.0726351982773-0.168044961052-0.1164118007920.221146311427-0.1354615354140.284330482720.121774667340.1895536216820.1452935285690.01418256802660.02347107433750.18478308725-0.08577647423170.1868926893-3.07409767092-4.51466739277-5.29063220266
70.427917684885-0.111147771156-0.002429329412430.256902739452-0.200589842330.4729877641260.05145318714020.286009628622-0.18371128041-0.274069472184-0.02607280423340.01524828260320.359611629375-0.240553880111-0.0209832845960.171125346272-0.0343974875284-0.02265892364440.206717936758-0.01311450241330.219384501227-19.8288539982-7.60577362364-2.31128187062
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 9 through 81 )9 - 811 - 73
22chain 'A' and (resid 82 through 176 )82 - 17674 - 164
33chain 'A' and (resid 177 through 239 )177 - 239165 - 227
44chain 'A' and (resid 240 through 337 )240 - 337228 - 325
55chain 'A' and (resid 338 through 368 )338 - 368326 - 356
66chain 'A' and (resid 369 through 401 )369 - 401357 - 389
77chain 'A' and (resid 402 through 428 )402 - 428390 - 416

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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