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- PDB-8yku: PaThiL in complex with AMP-PNP and TMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yku
タイトルPaThiL in complex with AMP-PNP and TMP
要素Thiamine-monophosphate kinase
キーワードPROTEIN BINDING / Complex / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine-phosphate kinase / thiamine-phosphate kinase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine-monophosphate kinase / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIAMIN PHOSPHATE / Thiamine-monophosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Lin, J.Q. / Chung, Z. / Lescar, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ThiL in complex with AMP-PNP
著者: Lin, J.Q. / Lescar, J.
履歴
登録2024年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine-monophosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,40418
ポリマ－35,4951
非ポリマー1,90917
水3,639202
1
A: Thiamine-monophosphate kinase
ヘテロ分子

A: Thiamine-monophosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,80936
ポリマ－70,9912
非ポリマー3,81834
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area10220 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.590, 118.590, 131.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thiamine-monophosphate kinase / Thiamine-phosphate kinase


分子量: 35495.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: thiL, CAZ10_30480, DY930_26150, FDK04_05055, IPC116_27470, IPC1323_04495, IPC1509_03965, IPC582_16370, IPC620_29520, NCTC13621_06786
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A232BM78, thiamine-phosphate kinase

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非ポリマー , 8種, 219分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-TPS / THIAMIN PHOSPHATE / チアミンホスファ-ト


分子量: 345.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N4O4PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.38 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M calcium acetate hydrate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 40% (v/v) PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953721724543 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953721724543 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→51.35 Å / Num. obs: 29549 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 33.2 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.04168 / Net I/σ(I): 17.37
反射 シェル解像度: 2.17→2.248 Å / Num. unique obs: 2895 / CC1/2: 0.917 / CC star: 0.978 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
PHENIXVersion 1.18.2-3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→51.35 Å / SU ML: 0.1557 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.1932
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1759 2774 5.04 %
Rwork0.1694 52230 -
obs0.1698 29548 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→51.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2176 0 110 202 2488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9253142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.3403816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.210.21781380.20652601X-RAY DIFFRACTION99.49
2.21-2.250.22241410.19782614X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.290.19291380.19622579X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.340.17471400.1932618X-RAY DIFFRACTION99.93
2.34-2.390.21481330.1952614X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.440.16921380.18332615X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.50.17151460.17612607X-RAY DIFFRACTION99.96
2.5-2.570.19381400.17332628X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.650.23871380.17622610X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.730.1621440.16942599X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.830.20181410.17472629X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.940.16751350.16782597X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.080.20321300.16492602X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.240.15241380.16192626X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.440.18391350.16852619X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.710.14721430.15952622X-RAY DIFFRACTION100
3.71-4.080.13691370.15662606X-RAY DIFFRACTION100
4.08-4.670.1571380.13622613X-RAY DIFFRACTION99.96
4.67-5.880.17631400.16782612X-RAY DIFFRACTION100
5.88-51.350.19561410.18192619X-RAY DIFFRACTION99.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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