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万見
- PDB-8ykd: Cryo-EM structure of ADGRG2-Gs complex with NTF nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ykd
タイトルCryo-EM structure of ADGRG2-Gs complex with NTF nanobody
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Adhesion G-protein coupled receptor G2
  • Nanobody-35
  • ScFv-16
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / sensory perception of chemical stimulus / Activation of the phototransduction cascade / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / beta-2 adrenergic receptor binding / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation ...Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / sensory perception of chemical stimulus / Activation of the phototransduction cascade / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / beta-2 adrenergic receptor binding / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / spermatid development / D1 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / insulin-like growth factor receptor binding / ionotropic glutamate receptor binding / adenylate cyclase activator activity / G protein-coupled receptor activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell surface receptor signaling pathway / cell population proliferation / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / synapse / GTP binding / protein-containing complex binding / metal ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / : / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) ...GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / : / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
3-BETA-HYDROXY-5-ANDROSTEN-17-ONE / Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha / Adhesion G-protein coupled receptor G2
類似検索 - 構成要素
生物種Spodoptera (蝶・蛾)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Huang, S.M. / Sheng-chao, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Development of an allosteric adhesion GPCR nanobody with therapeutic potential.
著者: Yuan Zheng / Dan Jiang / Yan Lu / Chao Zhang / Shen-Ming Huang / Haocheng Lin / Daolai Zhang / Shengchao Guo / Jifei Han / Jun Chen / Yaxuan He / Mingxiang Zhang / Yanhui Gao / Yongyuan Guo / ...著者: Yuan Zheng / Dan Jiang / Yan Lu / Chao Zhang / Shen-Ming Huang / Haocheng Lin / Daolai Zhang / Shengchao Guo / Jifei Han / Jun Chen / Yaxuan He / Mingxiang Zhang / Yanhui Gao / Yongyuan Guo / Ran Wei / Ming Xia / Yingying Qin / Zhaoqian Liu / Fan Yang / Shaohua Ge / Fan Yi / Xiao Yu / Hui Lin / Peng Xiao / Jin-Peng Sun / Shiqing Feng /
要旨: Allosteric modulation of receptor responses to endogenous agonists has therapeutic value, maintaining ligand profiles, reducing side effects and restoring mutant responses. Adhesion G-protein-coupled ...Allosteric modulation of receptor responses to endogenous agonists has therapeutic value, maintaining ligand profiles, reducing side effects and restoring mutant responses. Adhesion G-protein-coupled receptors (aGPCRs), with large N termini, are ideal for allosteric modulator development. We designed a nanobody strategy targeting ADGRG2 N-terminal fragments and got a specific nanobody Nb23-bi, which promoted dehydroepiandrosterone (DHEA)-induced ADGRG2 activation and reversed mutant-induced dysfunctions. By combining structural characterization, crosslinking mass spectrometry, mutational analysis and molecular dynamics simulations, we clarified the allosteric mechanism of how the Nb23-bi modulates conformational changes in the DHEA-binding pocket. Animal studies showed that Nb23-bi promoted the response of DHEA in alleviating testicular inflammation and reversing mutant defects. In summary, we developed an allosteric nanobody of ADGRG2 and gained insights into its functions in reversing disease-associated dysfunctions. Our study may serve as a template for developing allosteric modulators of other aGPCRs for biological and therapeutic purposes.
履歴
登録2024年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22025年10月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma
N: Nanobody-35
R: Adhesion G-protein coupled receptor G2
S: ScFv-16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,1527
ポリマ－232,8636
非ポリマー2881
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha


分子量: 41879.465 Da / 分子数: 1 / 変異: G236A,A259D,S262D,L272D,A366S,I372A,V375I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spodoptera (蝶・蛾)
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P63091
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 39418.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spodoptera (蝶・蛾) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P62871
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma


分子量: 12104.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spodoptera (蝶・蛾) / 遺伝子: mRhiFer1_005810
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A0A7J7XNR4

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抗体 , 2種, 2分子 NS

#4: 抗体 Nanobody-35


分子量: 13885.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spodoptera (蝶・蛾)
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
#6: 抗体 ScFv-16


分子量: 26640.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spodoptera (蝶・蛾)
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 R

#5: タンパク質 Adhesion G-protein coupled receptor G2 / G-protein coupled receptor 64 / Mouse epididymis-specific protein 6 / Me6


分子量: 98934.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spodoptera (蝶・蛾) / 遺伝子: Adgrg2, Gpr64, Me6
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q8CJ12
#7: 化合物 ChemComp-AND / 3-BETA-HYDROXY-5-ANDROSTEN-17-ONE


分子量: 288.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of ADGRG2 with nanonody and G protein trimer
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Bos taurus (ウシ)9913
21Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
31Homo sapiens (ヒト)9606
41synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
8PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 241188 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0069769
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.19913259
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.0831337
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.071500
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.011674

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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