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- PDB-8yka: Cryo-EM structure of P97-VCPIP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yka
タイトルCryo-EM structure of P97-VCPIP1 complex
要素
  • Deubiquitinating protein VCPIP1
  • Transitional endoplasmic reticulum ATPase
キーワードHYDROLASE / P97/VCP ATPase / Golgi apparatus / membrane fusion / VCPIP1
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K11-linked deubiquitination / endoplasmic reticulum membrane fusion / Golgi reassembly / protein K48-linked deubiquitination / : / flavin adenine dinucleotide catabolic process / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / Golgi stack ...protein K11-linked deubiquitination / endoplasmic reticulum membrane fusion / Golgi reassembly / protein K48-linked deubiquitination / : / flavin adenine dinucleotide catabolic process / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / Golgi stack / BAT3 complex binding / cellular response to arsenite ion / protein-DNA covalent cross-linking repair / cytoplasm protein quality control / Derlin-1 retrotranslocation complex / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / positive regulation of oxidative phosphorylation / : / aggresome assembly / deubiquitinase activator activity / regulation of protein localization to chromatin / ubiquitin-modified protein reader activity / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / cellular response to misfolded protein / negative regulation of protein localization to chromatin / vesicle-fusing ATPase / positive regulation of mitochondrial membrane potential / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / regulation of aerobic respiration / retrograde protein transport, ER to cytosol / stress granule disassembly / regulation of synapse organization / ATPase complex / ubiquitin-specific protease binding / MHC class I protein binding / positive regulation of ATP biosynthetic process / ubiquitin-like protein ligase binding / RHOH GTPase cycle / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein deubiquitination / autophagosome maturation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of hippo signaling / HSF1 activation / translesion synthesis / interstrand cross-link repair / proteasomal protein catabolic process / ATP metabolic process / endoplasmic reticulum unfolded protein response / Protein methylation / Attachment and Entry / Josephin domain DUBs / ERAD pathway / lipid droplet / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / proteasome complex / viral genome replication / Hh mutants are degraded by ERAD / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Translesion Synthesis by POLH / negative regulation of smoothened signaling pathway / macroautophagy / positive regulation of protein-containing complex assembly / ABC-family proteins mediated transport / establishment of protein localization / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / ADP binding / autophagy / Aggrephagy / Ovarian tumor domain proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / cytoplasmic stress granule / positive regulation of protein catabolic process / azurophil granule lumen / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / site of double-strand break / double-strand break repair / Neddylation / cellular response to heat / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / regulation of apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ficolin-1-rich granule lumen / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Attachment and Entry / protein ubiquitination / ciliary basal body / endoplasmic reticulum lumen / protein domain specific binding / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / lipid binding
類似検索 - 分子機能
Deubiquitinating protein VCPIP1 / Deubiquitinating protein VCPIP1, N-terminal / VCIP135 N-terminal / : / OTU1, UBXL domain / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain ...Deubiquitinating protein VCPIP1 / Deubiquitinating protein VCPIP1, N-terminal / VCIP135 N-terminal / : / OTU1, UBXL domain / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / : / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ubiquitin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transitional endoplasmic reticulum ATPase / Deubiquitinating protein VCPIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Liu, Y. / Lu, P. / Gao, H. / Li, F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32370742 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271258 中国
引用ジャーナル: Adv Sci (Weinh) / 年: 2024
タイトル: Molecular Basis of VCPIP1 and P97/VCP Interaction Reveals Its Functions in Post-Mitotic Golgi Reassembly.
著者: Tianzhui Liao / Ruotong Li / Ping Lu / Yusong Liu / Rong Yang / Hao Guo / Zhuoxi Wu / Ruiwen Wang / Ling Yuan / Zhengmao Hu / Haishan Gao / Faxiang Li /
要旨: The VCPIP1-P97/VCP (Valosin-Containing Protein) complex is required for post-mitotic Golgi cisternae reassembly and maintenance in interphase. However, the organization and mechanism of this complex ...The VCPIP1-P97/VCP (Valosin-Containing Protein) complex is required for post-mitotic Golgi cisternae reassembly and maintenance in interphase. However, the organization and mechanism of this complex in regulating Golgi membrane fusion is still elusive. Here, the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the human VCPIP1-P97/VCP complex are presented. These studies reveal that three independent VCPIP1 molecules sit over the C-terminal substrate exit tunnel formed by P97/VCP homo-hexamer, resulting in an unusual C3 to C6 symmetric barrel architecture. The UFD1 (unknown function domain 1) from VCPIP1, but not the N-terminal OTU domain and the C-terminal UBL domain, docks to the two adjacent D2 domains of P97/VCP, allosterically causing the cofactors binding domain-NTDs (N-terminal domains) of P97/VCP in a "UP" and D1 domain in an ATPase competent conformation. Conversely, VCPIP1 bound P97/VCP hexamer favors the binding of P47, and thus the intact SNARE complex, promoting Golgi membrane fusion. These studies not only reveal the unexpected organization of humanVCPIP1-P97/VCP complex, but also provide new insights into the mechanism of VCPIP1-P97/VCP mediated Golgi apparatus reassembly, which is a fundamental cellular event for protein and lipid processing.
履歴
登録2024年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_entry_details / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
B: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
E: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
F: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
C: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
D: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
2: Deubiquitinating protein VCPIP1
3: Deubiquitinating protein VCPIP1
1: Deubiquitinating protein VCPIP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)703,4239
ポリマ－703,4239
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Transitional endoplasmic reticulum ATPase / TER ATPase / 15S Mg(2+)-ATPase p97 subunit / Valosin-containing protein / VCP


分子量: 85528.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCP, HEL-220, HEL-S-70 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P55072, vesicle-fusing ATPase
#2: タンパク質 Deubiquitinating protein VCPIP1 / Valosin-containing protein p97/p47 complex-interacting protein 1 / Valosin-containing protein ...Valosin-containing protein p97/p47 complex-interacting protein 1 / Valosin-containing protein p97/p47 complex-interacting protein p135 / VCP/p47 complex-interacting 135-kDa protein


分子量: 63416.523 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCPIP1, KIAA1850, VCIP135 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96JH7, ubiquitinyl hydrolase 1
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: P97-VCPIP1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 168188 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00650319
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74768016
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.2416855
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0487563
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0058982

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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