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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yk9 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of Saccharolobus solfataricus SegC (SSO0033) protein, ATP soak | ||||||||||||||||||
要素 | SegC | ||||||||||||||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / DNA BINDING PROTEIN / PARTITION PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Yen, C.Y. / Lin, M.G. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 台湾, 5件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024 タイトル: Unraveling the structure and function of a novel SegC protein interacting with the SegAB chromosome segregation complex in Archaea. 著者: Lin, M.G. / Yen, C.Y. / Shen, Y.Y. / Huang, Y.S. / Ng, I.W. / Barilla, D. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yk9.cif.gz | 143.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8yk9.ent.gz | 112.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yk9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yk9_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8yk9_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8yk9_validation.xml.gz | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yk9_validation.cif.gz | 34 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/8yk9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/8yk9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wq8C 8wqnC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19895.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) 遺伝子: SSO0033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q981B4 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.85 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl pH 8.5 and potassium thiocyanate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1.00003 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 23100 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 145208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→29.67 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→29.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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