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- PDB-8yk9: Structure of Saccharolobus solfataricus SegC (SSO0033) protein, A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yk9
タイトルStructure of Saccharolobus solfataricus SegC (SSO0033) protein, ATP soak
要素SegC
キーワードUNKNOWN FUNCTION / DNA BINDING PROTEIN / PARTITION PROTEIN
機能・相同性nucleotide binding / metal ion binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yen, C.Y. / Lin, M.G. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D.
資金援助 台湾, 5件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
National Science Council (NSC, Taiwan)NSTC 111-2311-B-001-001 台湾
National Science Council (NSC, Taiwan)NSTC 111-2311-B-001-002 台湾
National Science Council (NSC, Taiwan)NSTC 111-2326-B-007-001 台湾
National Science Council (NSC, Taiwan)NSTC 110-2326-B-007-002 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Unraveling the structure and function of a novel SegC protein interacting with the SegAB chromosome segregation complex in Archaea.
著者: Lin, M.G. / Yen, C.Y. / Shen, Y.Y. / Huang, Y.S. / Ng, I.W. / Barilla, D. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D.
履歴
登録2024年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SegC
B: SegC
C: SegC
D: SegC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3159
ポリマ－79,5814
非ポリマー1,7335
水00
1
A: SegC
B: SegC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6695
ポリマ－39,7912
非ポリマー8793
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17100 Å2
手法PISA
2
C: SegC
D: SegC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6454
ポリマ－39,7912
非ポリマー8542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.233, 159.233, 127.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
SegC


分子量: 19895.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
遺伝子: SSO0033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q981B4
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.85 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl pH 8.5 and potassium thiocyanate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 23100 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 145208
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.4-3.526.20.6422340.8290.9520.2830.7020.87399.9
3.52-3.666.60.38222860.9260.980.1620.4160.85100
3.66-3.836.70.2222670.9570.9890.0920.2390.975100
3.83-4.036.20.22922810.9780.9940.10.250.997100
4.03-4.286.60.1422720.9910.9980.0590.1530.944100
4.28-4.616.20.09622920.9950.9990.0410.1040.94399.7
4.61-5.076.50.08123100.9970.9990.0340.0880.95999.9
5.07-5.86.50.06923270.9970.9990.0290.0750.997100
5.8-7.2960.05923620.9970.9990.0260.0650.9999.8
7.29-305.50.03524690.9980.9990.0150.0390.85599.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→29.67 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 1999 8.7 %
Rwork0.1972 --
obs0.1999 22971 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5280 0 109 0 5389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3817380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069812
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014900
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.480.42891330.37271384X-RAY DIFFRACTION94
3.48-3.580.33721410.27481485X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.680.29851410.28391483X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.80.31541410.2741481X-RAY DIFFRACTION100
3.8-3.940.24721410.23781476X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.10.30971420.24251486X-RAY DIFFRACTION99
4.1-4.280.23651410.19621479X-RAY DIFFRACTION100
4.28-4.510.22271420.18361483X-RAY DIFFRACTION99
4.51-4.790.19841420.17031496X-RAY DIFFRACTION99
4.79-5.160.19161430.16331506X-RAY DIFFRACTION100
5.16-5.670.22111450.17251516X-RAY DIFFRACTION100
5.67-6.480.24611450.21691520X-RAY DIFFRACTION100
6.49-8.140.25741490.18951554X-RAY DIFFRACTION100
8.15-29.670.15061530.14971623X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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