[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8yk9: Structure of Saccharolobus solfataricus SegC (SSO0033) protein, A... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8yk9 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Saccharolobus solfataricus SegC (SSO0033) protein, ATP soak | ||||||||||||||||||
![]() | SegC | ||||||||||||||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / DNA BINDING PROTEIN / PARTITION PROTEIN | ||||||||||||||||||
Function / homology | ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized protein![]() | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Yen, C.Y. / Lin, M.G. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Unraveling the structure and function of a novel SegC protein interacting with the SegAB chromosome segregation complex in Archaea. Authors: Lin, M.G. / Yen, C.Y. / Shen, Y.Y. / Huang, Y.S. / Ng, I.W. / Barilla, D. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D. | ||||||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 143.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 112.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8wq8C ![]() 8wqnC C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 19895.371 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: SSO0033 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Chemical | ChemComp-MG / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.09 Å3/Da / Density % sol: 75.85 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Tris-HCl pH 8.5 and potassium thiocyanate. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Sep 14, 2023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.4→30 Å / Num. obs: 23100 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.3 % / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 145208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→29.67 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|