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- PDB-8yk3: Blood group B alpha-1,3-galactosidase AgaBb from Bifidobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yk3
タイトルBlood group B alpha-1,3-galactosidase AgaBb from Bifidobacterium bifidum, construct T7-tag_24-673
要素Alpha-galactosidase
キーワードHYDROLASE / Blood group B antigen / Glycoside hydrolase / ligand free
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / metabolic process / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin-like beta sandwich domain / Cadherin-like beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 98, putative carbohydrate-binding module / NPCBM domain superfamily / NPCBM/NEW2 domain / NPCBM / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain (group 2) ...Cadherin-like beta sandwich domain / Cadherin-like beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 98, putative carbohydrate-binding module / NPCBM domain superfamily / NPCBM/NEW2 domain / NPCBM / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-galactopyranose / Alpha-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium bifidum JCM 1254 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kashima, T. / Ashida, H. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24380053 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H00322 日本
引用ジャーナル: J.Appl.Glyosci. / 年: 2024
タイトル: Crystal Structure of Bifidobacterium bifidum Glycoside Hydrolase Family 110 alpha-Galactosidase Specific for Blood Group B Antigen
著者: Kashima, T. / Akama, M. / Wakinaka, T. / Arakawa, T. / Ashida, H. / Fushinobu, S.
履歴
登録2024年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-galactosidase
B: Alpha-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,9228
ポリマ－145,1812
非ポリマー7426
水00
1
A: Alpha-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9575
ポリマ－72,5901
非ポリマー3664
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area22580 Å2
手法PISA
2
B: Alpha-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9663
ポリマ－72,5901
非ポリマー3752
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.340, 73.154, 177.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Alpha-galactosidase


分子量: 72590.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium bifidum JCM 1254 (バクテリア)
遺伝子: agabb, GBA83_07165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: L8B3G2, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 糖 ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.26 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% (w/v) PEG 20000, 0.1M MES-NaOH pH 6.5 (Seed condition: 10% (w/v) PEG 6000, 0.1M citric acid pH 5.0, 4 degrees celsius)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月29日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→47.88 Å / Num. obs: 20905 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.82 Å2 / CC1/2: 0.76 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.83 Å / Num. unique obs: 4934 / CC1/2: 0.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→47.88 Å / SU ML: 0.5648 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 27.7232
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2848 1111 5.32 %RANDOM
Rwork0.2028 19773 --
obs0.2072 20884 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9432 0 48 0 9480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.048413121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05771501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081709
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.88913484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.660.33971420.25732421X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.850.35161380.24912462X-RAY DIFFRACTION99.81
3.85-4.090.31091620.22692420X-RAY DIFFRACTION99.88
4.09-4.40.28831100.20222481X-RAY DIFFRACTION99.96
4.4-4.850.24311140.16692514X-RAY DIFFRACTION99.81
4.85-5.550.24361600.16422424X-RAY DIFFRACTION99.96
5.55-6.990.29451370.19022505X-RAY DIFFRACTION100
6.99-47.880.22551480.17272546X-RAY DIFFRACTION99.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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