PDB-8yj8: Characerization of a novel format scFvXVHH single-chain Biparatop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yj8

タイトル

Characerization of a novel format scFvXVHH single-chain Biparatopic antibody against a metal binding protein, MtsA

要素

Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA
VHH43

キーワード

METAL TRANSPORT/IMMUNE SYSTEM / Antibody / Metal Transport / METAL TRANSPORT-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport / cell adhesion / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Ito, S. / Nagatoishi, S. / Nakakido, M. / Tsumoto, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Characterization of a novel format scFv×VHH single-chain biparatopic antibody against metal binding protein MtsA.
著者: Asano, R. / Takeuchi, M. / Nakakido, M. / Ito, S. / Aikawa, C. / Yokoyama, T. / Senoo, A. / Ueno, G. / Nagatoishi, S. / Tanaka, Y. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2024年3月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年6月26日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yj8.cif.gz	228 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yj8.ent.gz	144.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yj8_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yj8_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8yj8_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	8yj8_validation.cif.gz	54.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/8yj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/8yj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yj5C 8yj6C 8yj7C 3hh8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

B: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

C: VHH43

D: VHH43

ヘテロ分子

91.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

ヘテロ分子

C: VHH43

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

D: VHH43

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	292.931, 58.083, 50.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.240, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-522- HOH

#1: タンパク質	Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA 分子量: 31287.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: mtsA, SPy_0453, M5005_Spy0368 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A4G4
#2: 抗体	VHH43 分子量: 14567.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 20% w/v PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→48.27 Å / Num. obs: 101614 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.72 % / B_iso Wilson estimate: 28.22 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.69 % / R_merge(I) obs: 1.116 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3190 / CC_1/2: 0.569 / R_pim(I) all: 0.67 / % possible all: 98.05

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HH8

3hh8

解像度: 1.65→35.57 Å / SU ML: 0.2532 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.6728
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2277	5064	4.99 %
R_work	0.1875	96508	-
obs	0.1895	101572	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→35.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6288	0	2	695	6985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6480
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8646	8758
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	959
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	1132
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9671	874

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.3952	170	0.3896	3016	X-RAY DIFFRACTION	94.12
1.67-1.69	0.4125	161	0.3766	3200	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.69-1.71	0.3754	170	0.3353	3211	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.71-1.73	0.3162	187	0.3099	3160	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.73-1.76	0.3314	177	0.2965	3287	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.76-1.78	0.3814	170	0.2918	3135	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.78-1.81	0.3037	169	0.2675	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.81-1.83	0.3228	166	0.2508	3180	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.83-1.86	0.3069	157	0.2487	3233	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.86-1.89	0.2679	164	0.2438	3231	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.89-1.92	0.3259	151	0.262	3215	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.92-1.96	0.2924	168	0.2446	3252	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.96-2	0.3127	156	0.2453	3195	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2-2.04	0.2781	176	0.2203	3251	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.04-2.08	0.2329	164	0.2055	3236	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.08-2.13	0.2482	163	0.197	3195	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.13-2.18	0.2198	154	0.197	3225	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.18-2.24	0.2154	204	0.1982	3202	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.24-2.31	0.2408	189	0.1983	3213	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.31-2.38	0.2303	149	0.1924	3209	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.38-2.47	0.2669	170	0.1958	3216	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.47-2.57	0.2046	150	0.1918	3288	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.57-2.68	0.2286	188	0.1982	3205	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.68-2.83	0.2176	179	0.1887	3221	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.83-3	0.2451	169	0.1923	3250	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3-3.23	0.2211	156	0.1816	3245	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.23-3.56	0.2248	170	0.1689	3230	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.56-4.07	0.2047	183	0.1527	3234	X-RAY DIFFRACTION	99.13
4.07-5.13	0.1598	164	0.1344	3287	X-RAY DIFFRACTION	99.02
5.13-35.57	0.1892	170	0.1622	3222	X-RAY DIFFRACTION	95.74

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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