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- PDB-8yj7: Characerization of a novel format scFvXVHH single-chain Biparatop... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yj7

タイトル

Characerization of a novel format scFvXVHH single-chain Biparatopic antibody against a metal binding protein, MtsA

要素

Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA
scFv13

キーワード

METAL TRNASPORT/IMMUNE SYSTEM / Antibody / Metal Transport / METAL TRNASPORT-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport / cell adhesion / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ito, S. / Nagatoishi, S. / Nakakido, M. / Tsumoto, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Characterization of a novel format scFv×VHH single-chain biparatopic antibody against metal binding protein MtsA.
著者: Asano, R. / Takeuchi, M. / Nakakido, M. / Ito, S. / Aikawa, C. / Yokoyama, T. / Senoo, A. / Ueno, G. / Nagatoishi, S. / Tanaka, Y. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2024年3月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月26日	Group: Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / refine Item: _refine.ls_number_reflns_obs
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yj7.cif.gz	859.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yj7.ent.gz	635.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8yj7_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yj7_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8yj7_validation.xml.gz	65.1 KB	表示
CIF形式データ	8yj7_validation.cif.gz	89 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/8yj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/8yj7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8yj5C 8yj6C 8yj8C 3hh8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

B: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

D: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

G: scFv13

A: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

C: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

E: scFv13

F: scFv13

H: scFv13

ヘテロ分子

229 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

B: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

G: scFv13

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
57.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

D: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

ヘテロ分子

E: scFv13

登録者が定義した集合体
57.3 kDa, 2 ポリマー
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A: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

H: scFv13

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.3 kDa, 2 ポリマー
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C: Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA

ヘテロ分子

F: scFv13

登録者が定義した集合体
57.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.591, 129.272, 245.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質	Iron ABC transporter substrate-binding lipoprotein MtsA 分子量: 31200.471 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: mtsA, SPy_0453, M5005_Spy0368 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A4G4
#2: 抗体	scFv13 分子量: 26040.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.05 M Zinc acetate dihydrate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49.53 Å / Num. obs: 57771 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 7.38 % / B_iso Wilson estimate: 42.68 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.209 / R_pim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.82→2.92 Å / R_merge(I) obs: 1.178 / Num. unique obs: 2603 / CC_1/2: 0.637

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HH8

3hh8

解像度: 2.8→48.27 Å / SU ML: 0.4312 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5234
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	2891	5 %
R_work	0.2216	54883	-
obs	0.2243	57771	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15106	0	4	0	15110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	15483
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7462	20973
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0712	2336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	2680
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.6894	5620

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.85	0.3905	119	0.319	2484	X-RAY DIFFRACTION	97.45
2.85-2.89	0.3691	107	0.3141	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.89-2.95	0.4045	148	0.3136	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3	0.3499	129	0.3115	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3-3.07	0.399	139	0.3066	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.07-3.13	0.3269	156	0.278	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.2	0.2751	134	0.2681	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.28	0.2815	153	0.2552	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.28-3.37	0.3381	136	0.2495	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.47	0.3257	133	0.2464	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.47-3.58	0.2997	132	0.2415	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.58-3.71	0.3253	143	0.2304	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.86	0.2851	152	0.2184	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.86-4.04	0.2473	153	0.2067	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.25	0.2396	124	0.1839	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.52	0.192	133	0.1631	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.52-4.86	0.2232	126	0.1611	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
4.86-5.35	0.2253	135	0.177	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-6.13	0.2331	158	0.1979	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.13-7.71	0.2574	144	0.2098	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
7.71-48.27	0.2274	137	0.1922	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9353256262	-0.590934462127	0.696787569753	2.65874852774	-1.58904557843	2.88962002321	-0.0869056220649	-0.172231679049	0.409380438175	0.0787283675021	0.0378696815487	0.135253070087	-0.0437551791666	-0.04508852079	0.00887212478326	0.256094554517	-0.0312530730175	-0.0517527721737	0.162056397102	-0.0396527479223	0.360097901111	-26.4925420073	16.3581367639	-45.7000975497
2	1.85062059638	0.364182425001	-0.191962106648	1.9389668649	-0.73049943965	1.76166713636	-0.122071980983	-0.339900107187	0.215588800371	0.400800306045	-0.0675401806582	-0.33615356857	-0.296938386014	0.105268696385	0.113425106671	0.369204519872	-0.00669736233766	-0.0774887080503	0.282801726437	-0.0706996306674	0.259812660743	-19.4537282723	8.75349094885	-36.5928039747
3	2.93541499753	1.15082844745	0.355582931786	3.26688893869	0.442345764986	2.73881549867	-0.106283349305	-0.0513044689495	-0.340071663844	-0.20175630985	0.057894106942	-0.39502546121	0.251011979217	0.136452792062	0.0485356350027	0.279370896464	0.0245363295009	0.056473649154	0.144158548462	0.034096257979	0.247719364636	-24.701437817	-8.21898320162	-43.5207632676
4	4.28625404574	-0.1929728226	0.42761862171	7.29226373407	1.4131333319	7.56636686867	0.142104403987	-0.0742033376287	0.518923100444	-0.983723671583	-0.580058198904	-0.0708428097648	-0.88330553142	-0.071743833727	0.393424202698	0.378033476391	0.106637641066	0.0126234864862	0.311373513947	-0.0390964217238	0.325537435865	13.0982454819	15.8435690656	-3.59757354825
5	3.26442087498	-2.046610785	-0.0898509992903	4.96349608467	4.56016633828	5.59583018222	0.28612832732	-0.482328483086	-0.142332161659	0.679103614304	-0.246153143336	0.742193841421	1.31481186859	-0.319329618796	0.0643386493095	0.34991313403	-0.0242791932967	0.0379914434773	0.337037727864	-0.0675431335833	0.366887695452	9.8987451621	4.61741322257	8.34692988665
6	2.69748891014	0.964013454723	1.02015492144	5.78129266588	1.56907675509	4.93814772672	0.396717916731	0.192169765758	0.457211754085	0.0441888227698	-0.591893171273	0.527067129213	-0.514080332995	-0.936956856998	0.135864041383	0.360101520264	0.12340296619	0.0321129113594	0.512839356497	-0.163052504072	0.345362312139	4.88041175036	13.9783572309	5.83266576875
7	2.72806481503	-0.425467104448	-0.780197165552	2.28968185845	0.26040946341	3.77529844018	0.00268975142236	-0.0423338662928	0.132581760366	-0.114137279953	-0.256426673184	0.215762799406	-0.209768006769	-0.92812707434	0.203864590764	0.254180231361	0.0882583577957	-0.0102977907225	0.616453520214	-0.0743723510577	0.355178106295	-0.881643372733	10.0570392917	-1.80454756429
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50	4.68736612314	0.504554129349	0.964414713658	4.66974202469	0.749637885403	2.63097083354	-0.388050380742	0.436607877378	-0.733695271329	-0.393045676262	0.283423539464	-0.19520343597	0.0854259266861	-0.00990954272457	0.114724388777	0.271398836796	-0.0939814161232	-0.0639167897539	0.37134301251	-0.0858796717157	0.646358358303	4.87303036182	-16.285902974	-40.7544389716
51	3.82815298815	0.159977282839	0.285203658113	5.60959291992	1.21855053311	4.1604361694	0.276431782517	-0.121322579191	-0.468880132633	0.0474308544766	-0.465444375966	1.29119016322	0.185370858931	-0.498836636557	0.0701123704656	0.342236492855	-0.101835791058	0.111842353395	0.465744473637	0.00858596377768	0.646728525315	3.50229302046	-18.4098374603	-31.9051320933
52	0.0550260212539	-0.160438596618	-0.297721944615	1.06331246395	0.285817894384	3.70200222359	-0.162264751886	-0.558983904175	-0.986896212387	-0.352531510846	-0.191324440025	0.0405090331878	0.485141577435	-0.365465216357	0.209530347235	0.228690570624	-0.0763672456132	0.0360330736928	0.329021918915	0.114916449611	0.717985611024	14.3159474271	-16.9097473429	-34.7116098074

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 1 through 68 )	B	A	1 - 68	1 - 68
2	2	chain 'B' and (resid 69 through 178 )	B	A	69 - 178	69 - 178
3	3	chain 'B' and (resid 179 through 279 )	B	A	179 - 279	179 - 279
4	4	chain 'D' and (resid 1 through 28 )	D	B	1 - 28	1 - 28
5	5	chain 'D' and (resid 29 through 42 )	D	B	29 - 42	29 - 42
6	6	chain 'D' and (resid 43 through 68 )	D	B	43 - 68	43 - 68
7	7	chain 'D' and (resid 69 through 132 )	D	B	69 - 132	69 - 132
8	8	chain 'D' and (resid 133 through 279 )	D	B	133 - 279	133 - 279
9	9	chain 'G' and (resid 1 through 16 )	G	C	1 - 16	1 - 16
10	10	chain 'G' and (resid 17 through 32 )	G	C	17 - 32	17 - 32
11	11	chain 'G' and (resid 33 through 58 )	G	C	33 - 58	33 - 58
12	12	chain 'G' and (resid 59 through 73 )	G	C	59 - 73	59 - 73
13	13	chain 'G' and (resid 74 through 104 )	G	C	74 - 104	74 - 104
14	14	chain 'G' and (resid 105 through 153 )	G	C	105 - 153	105 - 126
15	15	chain 'G' and (resid 154 through 168 )	G	C	154 - 168	127 - 141
16	16	chain 'G' and (resid 169 through 197 )	G	C	169 - 197	142 - 170
17	17	chain 'G' and (resid 198 through 242 )	G	C	198 - 242	171 - 215
18	18	chain 'A' and (resid 1 through 42 )	A	D	1 - 42	1 - 42
19	19	chain 'A' and (resid 43 through 113 )	A	D	43 - 113	43 - 113
20	20	chain 'A' and (resid 114 through 279 )	A	D	114 - 279	114 - 279
21	21	chain 'C' and (resid 1 through 42 )	C	E	1 - 42	1 - 42
22	22	chain 'C' and (resid 43 through 84 )	C	E	43 - 84	43 - 84
23	23	chain 'C' and (resid 85 through 185 )	C	E	85 - 185	85 - 185
24	24	chain 'C' and (resid 186 through 279 )	C	E	186 - 279	186 - 279
25	25	chain 'E' and (resid 1 through 16 )	E	J	1 - 16	1 - 16
26	26	chain 'E' and (resid 17 through 50 )	E	J	17 - 50	17 - 50
27	27	chain 'E' and (resid 51 through 62 )	E	J	51 - 62	51 - 62
28	28	chain 'E' and (resid 63 through 79 )	E	J	63 - 79	63 - 79
29	29	chain 'E' and (resid 80 through 153 )	E	J	80 - 153	80 - 126
30	30	chain 'E' and (resid 154 through 168 )	E	J	154 - 168	127 - 141
31	31	chain 'E' and (resid 169 through 211 )	E	J	169 - 211	142 - 184
32	32	chain 'E' and (resid 212 through 242 )	E	J	212 - 242	185 - 215
33	33	chain 'F' and (resid 1 through 16 )	F	K	1 - 16	1 - 16
34	34	chain 'F' and (resid 17 through 32 )	F	K	17 - 32	17 - 32
35	35	chain 'F' and (resid 33 through 50 )	F	K	33 - 50	33 - 50
36	36	chain 'F' and (resid 51 through 79 )	F	K	51 - 79	51 - 79
37	37	chain 'F' and (resid 80 through 140 )	F	K	80 - 140	80 - 112
38	38	chain 'F' and (resid 141 through 153 )	F	K	141 - 153	113 - 125
39	39	chain 'F' and (resid 154 through 168 )	F	K	154 - 168	126 - 140
40	40	chain 'F' and (resid 169 through 184 )	F	K	169 - 184	141 - 156
41	41	chain 'F' and (resid 185 through 197 )	F	K	185 - 197	157 - 169
42	42	chain 'F' and (resid 198 through 211 )	F	K	198 - 211	170 - 183
43	43	chain 'F' and (resid 212 through 228 )	F	K	212 - 228	184 - 200
44	44	chain 'F' and (resid 229 through 242 )	F	K	229 - 242	201 - 214
45	45	chain 'H' and (resid 1 through 32 )	H	L	1 - 32	1 - 32
46	46	chain 'H' and (resid 33 through 107 )	H	L	33 - 107	33 - 107
47	47	chain 'H' and (resid 108 through 145 )	H	L	108 - 145	108 - 118
48	48	chain 'H' and (resid 146 through 159 )	H	L	146 - 159	119 - 132
49	49	chain 'H' and (resid 160 through 174 )	H	L	160 - 174	133 - 147
50	50	chain 'H' and (resid 175 through 197 )	H	L	175 - 197	148 - 170
51	51	chain 'H' and (resid 198 through 220 )	H	L	198 - 220	171 - 193
52	52	chain 'H' and (resid 221 through 244 )	H	L	221 - 244	194 - 217

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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