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万見
- PDB-8yhz: The co-crystal structure of the Fab fragment of Ab-1080 with NaV1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yhz
タイトルThe co-crystal structure of the Fab fragment of Ab-1080 with NaV1.7 VSDII peptide
要素
  • Heavy chain of 1080 Fab
  • Light chain of 1080 Fab
  • Sodium channel protein type 9 subunit alpha
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / inhibitor / NaV1.7 / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential propagation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / Phase 0 - rapid depolarisation / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral response to pain ...action potential propagation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / Phase 0 - rapid depolarisation / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral response to pain / neuronal action potential / axon terminus / sensory perception of pain / sodium ion transmembrane transport / post-embryonic development / circadian rhythm / response to toxic substance / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / inflammatory response / axon / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site ...Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel protein type 9 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Du, J. / Zhang, Y. / Zhu, R. / Ding, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82373774 中国
引用ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2024
タイトル: Intra-channel bi-epitopic crosslinking unleashes ultrapotent antibodies targeting Na V 1.7 for pain alleviation.
著者: Zhang, Y. / Ding, Y. / Zeng, Z. / Zhu, R. / Zheng, P. / Fan, S. / Cao, Q. / Chen, H. / Ren, W. / Wu, M. / Wang, L. / Du, J.
履歴
登録2024年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.page_first ..._audit_author.name / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Light chain of 1080 Fab
H: Heavy chain of 1080 Fab
P: Sodium channel protein type 9 subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4143
ポリマ－47,4143
非ポリマー00
水9,134507
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.965, 78.965, 147.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: 抗体 Light chain of 1080 Fab


分子量: 23444.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Heavy chain of 1080 Fab


分子量: 22567.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Sodium channel protein type 9 subunit alpha / NaV1.7 VSDII peptide / Neuroendocrine sodium channel / hNE-Na / Peripheral sodium channel 1 / PN1 / ...NaV1.7 VSDII peptide / Neuroendocrine sodium channel / hNE-Na / Peripheral sodium channel 1 / PN1 / Sodium channel protein type IX subunit alpha / Voltage-gated sodium channel subunit alpha Nav1.7


分子量: 1401.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15858
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M potassium thiocyanate, 25% W/V Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→28.67 Å / Num. obs: 59782 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 29.4
反射 シェル解像度: 1.62→1.678 Å / Rmerge(I) obs: 0.107 / Num. unique obs: 59782

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→28.65 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2103 2000 3.39 %RANDOM
Rwork0.1937 ---
obs0.1942 58921 98.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→28.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3309 0 0 507 3816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8481191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.660.30911300.29843710X-RAY DIFFRACTION92
1.66-1.70.27981350.27733847X-RAY DIFFRACTION95
1.7-1.750.27991390.2533930X-RAY DIFFRACTION96
1.75-1.810.28041390.2343966X-RAY DIFFRACTION97
1.81-1.880.22931410.22514019X-RAY DIFFRACTION99
1.88-1.950.25391430.22174038X-RAY DIFFRACTION99
1.95-2.040.25021420.22754064X-RAY DIFFRACTION99
2.04-2.150.21341450.20674116X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.280.21151430.20654084X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.460.23961460.21264139X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.70.25561450.22064142X-RAY DIFFRACTION100
2.7-3.10.2331470.21054189X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.90.20441490.17534234X-RAY DIFFRACTION100
3.9-28.650.16021560.16094443X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26060.3951-0.15761.68-0.24371.2340.0565-0.2925-0.26990.0378-0.1208-0.26270.05450.17240.07530.26430.0149-0.00630.29330.02220.3196-3.0022-19.1995-20.5806
21.80620.05540.26081.52080.42651.474-0.04010.04640.0129-0.2670.0030.19210.06670.02020.06470.25860.0045-0.00240.2512-0.0140.2586-12.9771-20.0153-28.939
32.79573.2495-1.8595.3954-2.7272.5385-0.1911-0.1257-0.3261-0.1538-0.0895-0.26810.29960.10430.31310.28730.030.01140.26180.00360.3322-5.8957-25.4616-26.6979
42.55680.5374-0.26261.6030.19220.7673-0.10510.06090.1074-0.18220.0614-0.01260.08850.0280.01720.24090.0021-0.01460.21970.00590.2136-10.4151-17.2618-23.1342
50.3489-0.2151-0.17051.81890.2820.55280.2619-0.01510.1276-0.0407-0.2-0.3063-0.2082-0.1321-0.00810.3637-0.0268-0.00140.27830.00610.33614.822811.6547-18.3005
62.9693-1.2737-1.19613.10141.32362.28520.0786-0.36590.31270.0925-0.29960.3689-0.4402-0.23920.23080.43990.0263-0.00350.3588-0.10580.3781-6.388920.377-11.449
70.5612-0.9765-0.98582.61671.76461.7237-0.0203-0.3016-0.05770.61130.1-0.15660.3920.20430.03640.4131-0.017-0.0240.36320.01850.31525.18986.1131-11.5911
81.1784-0.2813-0.73251.89981.11.87330.0746-0.3119-0.03690.2033-0.1459-0.02430.01160.10750.10430.3705-0.0246-0.04110.38320.0370.2970.12456.2803-13.6908
91.6010.1646-0.19091.68240.50691.77710.1947-0.43440.32740.2481-0.0267-0.1651-0.0721-0.1861-0.13890.3571-0.0338-0.03790.3571-0.05910.33363.445417.8246-7.6326
100.86470.43170.08721.68310.66970.6250.02620.04210.00830.0462-0.0460.1037-0.069-0.0780.01180.2573-0.0006-0.00310.2677-0.0130.2597-28.126-9.4047-20.7041
111.5767-0.4442-1.2042.73530.55833.18080.0246-0.199-0.1457-0.17190.2491-0.9131-0.05810.9109-0.11770.3818-0.02940.07650.4739-0.14630.4859-0.858621.6531-20.097
122.90190.8131-0.18071.35230.44651.16940.10240.24650.2726-0.0705-0.05080.0122-0.21550.0316-0.00070.32220.040.01340.2840.02620.246-11.206415.0284-21.9129
130.987-2.0128-0.13064.21190.69645.59090.12860.4959-0.5045-0.4275-0.10590.77590.6449-0.86580.3570.4747-0.0683-0.030.3922-0.05960.4964-31.8076-28.1967-27.7797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 0 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 24 through 61 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 62 through 75 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 76 through 111 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 112 through 125 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 126 through 141 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 142 through 154 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 155 through 178 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 179 through 217 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 1 through 118 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 119 through 133 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 134 through 214 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'P' and (resid 210 through 219 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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