PDB-8yhw: The Crystal Structure of NF-kB-inducing Kinase (NIK) from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yhw

タイトル

The Crystal Structure of NF-kB-inducing Kinase (NIK) from Biortus

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

キーワード

TRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase / ATP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / fibrillar center ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Xu, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of NF-kB-inducing Kinase (NIK) from Biortus
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Xu, Y.

履歴

登録	2024年2月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yhw.cif.gz	283.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yhw.ent.gz	219.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yhw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yhw_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yhw_full_validation.pdf.gz	4 MB	表示
XML形式データ	8yhw_validation.xml.gz	48.2 KB	表示
CIF形式データ	8yhw_validation.cif.gz	66 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yhw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yhw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.652, 119.652, 115.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 334 - 675 / Label seq-ID: 6 - 347

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / HsNIK / Serine/threonine-protein kinase NIK 分子量: 38728.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K14, NIK 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q99558, mitogen-activated protein kinase kinase kinase

#1: タンパク質

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / HsNIK / Serine/threonine-protein kinase NIK

分子量: 38728.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K14, NIK
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99558, mitogen-activated protein kinase kinase kinase

-
非ポリマー , 5種, 161分子

#2: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MMT pH9.0, 25% PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18079 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18079 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→48.56 Å / Num. obs: 36217 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.9→3.03 Å / Num. unique obs: 4398 / CC_1/2: 0.709

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→48.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 15.609 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.395 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2412	1628	4.499 %
R_work	0.194	34558	-
all	0.196	-	-
obs	-	36186	99.967 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.624 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.255 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.255 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.509 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10356	0	173	147	10676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	10798
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	10078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.179	1.856	14596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.398	1.756	23301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.144	5	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.004	5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.319	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.249	10	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.801	10	471
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	12694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	9472
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	5161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	5366
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.065	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.891	4.926	5332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.878	4.926	5332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.828	8.846	6651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.829	8.848	6652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.877	5.253	5466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.877	5.253	5467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.861	9.527	7945
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.86	9.527	7946
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.652	47.034	11731
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.65	47.047	11725
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.06	0.05	10656
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.066	0.05	10586
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.061	0.05	10520
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.063	0.05	10615
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.059	0.05	10535
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.062	0.05	10439

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06013	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06013	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06614	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06614	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06075	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06075	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06297	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06297	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05881	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05881	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06213	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06213	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.975	0.342	110	0.283	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.9627
2.975-3.056	0.275	96	0.255	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
3.056-3.145	0.281	105	0.252	2429	X-RAY DIFFRACTION	100
3.145-3.241	0.328	118	0.235	2331	X-RAY DIFFRACTION	100
3.241-3.347	0.289	124	0.231	2225	X-RAY DIFFRACTION	100
3.347-3.464	0.251	133	0.217	2177	X-RAY DIFFRACTION	99.9567
3.464-3.594	0.228	116	0.192	2100	X-RAY DIFFRACTION	100
3.594-3.739	0.214	116	0.176	2013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.739-3.905	0.237	62	0.184	1969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.905-4.094	0.221	85	0.174	1889	X-RAY DIFFRACTION	100
4.094-4.314	0.237	76	0.173	1781	X-RAY DIFFRACTION	100
4.314-4.573	0.203	82	0.156	1697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.573-4.886	0.23	96	0.156	1560	X-RAY DIFFRACTION	100
4.886-5.273	0.221	89	0.176	1474	X-RAY DIFFRACTION	100
5.273-5.769	0.342	47	0.198	1382	X-RAY DIFFRACTION	100
5.769-6.439	0.206	51	0.193	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
6.439-7.413	0.207	18	0.173	1132	X-RAY DIFFRACTION	100
7.413-9.027	0.181	36	0.159	943	X-RAY DIFFRACTION	100
9.027-12.552	0.189	51	0.163	725	X-RAY DIFFRACTION	100
12.552-48.56	0.315	18	0.308	449	X-RAY DIFFRACTION	99.7863

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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