PDB-8yhv: Structure of the VP40 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yhv

タイトル

Structure of the VP40 from Biortus.

要素

Matrix protein VP40

キーワード

VIRAL PROTEIN / Ribonucleoprotein / RNA-binding / Suppressor of RNA silencing

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endomembrane system / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / structural constituent of virion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell plasma membrane / virion membrane / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Zhang, B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the VP40 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Zhang, B.

履歴

登録	2024年2月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yhv.cif.gz	66.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yhv.ent.gz	45 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yhv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yhv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yhv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Matrix protein VP40

31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Matrix protein VP40

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
63.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Matrix protein VP40

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.031, 90.812, 49.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.816, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Matrix protein VP40 / Ebola VP40 / eVP40 / Membrane-associated protein VP40 分子量: 31860.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Kikwit-95) (エボラウイルス) 遺伝子: VP40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q77DJ6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate 0.1M Tris pH8.5, 25% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→48.76 Å / Num. obs: 11721 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / R_merge(I) obs: 0.616 / Num. unique obs: 1136

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→45.447 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 8.239 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.226 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2229	566	4.829 %
R_work	0.1739	11154	-
all	0.176	-	-
obs	-	11720	98.911 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.518 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.669 Å²	0 Å²	-1.574 Å²
2-	-	-2.31 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.997 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→45.447 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1884	0	0	102	1986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.215	1.822	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.393	1.744	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.35	5	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.608	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.203	10	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.025	10	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	920
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.157	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.078	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.742	4.375	976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.737	4.376	976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.401	7.805	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.401	7.808	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.993	4.721	959
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.992	4.724	960
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.994	8.496	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.992	8.498	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.611	39.796	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.6	39.654	1967

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.35-2.411	0.245	36	0.259	831	0.259	880	0.957	0.95	98.5227	0.238
2.411-2.477	0.309	29	0.25	784	0.252	825	0.944	0.959	98.5455	0.23
2.477-2.548	0.248	34	0.247	791	0.247	836	0.933	0.96	98.6842	0.219
2.548-2.627	0.315	43	0.222	742	0.227	797	0.93	0.967	98.4944	0.198
2.627-2.712	0.295	35	0.218	732	0.222	776	0.932	0.969	98.8402	0.188
2.712-2.807	0.28	31	0.186	711	0.19	751	0.961	0.977	98.8016	0.158
2.807-2.913	0.246	46	0.176	677	0.18	731	0.959	0.981	98.9056	0.153
2.913-3.031	0.196	35	0.163	650	0.165	691	0.975	0.983	99.1317	0.146
3.031-3.165	0.222	35	0.162	625	0.165	669	0.966	0.986	98.6547	0.149
3.165-3.319	0.241	29	0.162	616	0.164	651	0.956	0.987	99.0783	0.153
3.319-3.498	0.195	27	0.165	590	0.166	623	0.969	0.987	99.0369	0.158
3.498-3.708	0.248	33	0.159	529	0.163	567	0.969	0.987	99.1182	0.154
3.708-3.963	0.211	20	0.162	520	0.165	545	0.976	0.986	99.0826	0.162
3.963-4.277	0.205	32	0.144	479	0.148	514	0.973	0.988	99.4163	0.148
4.277-4.682	0.188	25	0.131	441	0.134	470	0.982	0.99	99.1489	0.14
4.682-5.227	0.199	25	0.137	387	0.141	413	0.975	0.99	99.7579	0.152
5.227-6.023	0.197	23	0.2	355	0.199	379	0.979	0.981	99.7361	0.206
6.023-7.344	0.232	10	0.19	311	0.191	323	0.96	0.981	99.3808	0.199
7.344-10.253	0.167	7	0.145	245	0.146	255	0.951	0.985	98.8235	0.171
10.253-45.447	0.212	11	0.224	139	0.223	152	0.971	0.968	98.6842	0.257

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