PDB-8yhs: The Crystal Structure of BRDT from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yhs

タイトル

The Crystal Structure of BRDT from Biortus.

要素

Bromodomain testis-specific protein

キーワード

TRANSCRIPTION / Activator / chromatin regulator / differentiation / mRNA processing

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Lu, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of BRDT from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Lu, Y.

履歴

登録	2024年2月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yhs.cif.gz	43.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yhs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yhs_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yhs_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8yhs_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	8yhs_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yhs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain testis-specific protein

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.567, 44.380, 72.125
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain testis-specific protein / Cancer/testis antigen 9 / CT9 / RING3-like protein 分子量: 13948.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58F21
#2: 化合物	ChemComp-A1D6J / 2,4-dimethyl-6-[6-(oxan-4-yl)-1-[(1~{S})-1-phenylethyl]imidazo[4,5-c]pyridin-2-yl]pyridazin-3-one / BRD4 Inhibitor-10 分子量: 429.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₇N₅O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 18 % PEG 3350, 0.1 M CAPSO 9.0, 17 % PEG 400, 4.8 % 2-Propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→44.38 Å / Num. obs: 18434 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 0.879 / Num. unique obs: 881

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→37.798 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.448 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	916	4.983 %
R_work	0.1845	17467	-
all	0.186	-	-
obs	-	18383	99.956 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.917 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.675 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.592 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.798 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	905	0	36	115	1056

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.527	1.658	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.359	1.582	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.617	5	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.14	25.306	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.578	15	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.871	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.157	0.2	812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.142	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.707	1.797	437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.706	1.795	436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.583	2.685	546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.581	2.688	547
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.722	2.127	583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.719	2.13	584
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.321	3.033	838
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.319	3.037	839
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.755	21.15	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.722	20.693	1233

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.314	74	0.305	1248	0.305	1322	0.523	0.522	100	0.272
1.539-1.581	0.312	62	0.299	1238	0.3	1301	0.468	0.491	99.9231	0.263
1.581-1.627	0.302	65	0.284	1186	0.285	1251	0.532	0.555	100	0.246
1.627-1.677	0.315	58	0.253	1177	0.255	1235	0.623	0.696	100	0.218
1.677-1.732	0.253	58	0.231	1153	0.232	1211	0.775	0.812	100	0.2
1.732-1.792	0.223	56	0.218	1091	0.219	1147	0.865	0.868	100	0.193
1.792-1.86	0.267	50	0.194	1066	0.198	1117	0.895	0.915	99.9105	0.172
1.86-1.936	0.184	54	0.192	1036	0.191	1090	0.937	0.929	100	0.171
1.936-2.021	0.221	51	0.179	979	0.181	1031	0.925	0.94	99.903	0.161
2.021-2.12	0.203	44	0.173	947	0.175	992	0.96	0.958	99.8992	0.158
2.12-2.234	0.19	50	0.161	897	0.163	947	0.955	0.96	100	0.151
2.234-2.369	0.239	50	0.159	847	0.163	897	0.94	0.957	100	0.15
2.369-2.532	0.159	49	0.181	798	0.179	847	0.959	0.955	100	0.171
2.532-2.734	0.221	38	0.148	763	0.151	801	0.951	0.969	100	0.145
2.734-2.993	0.187	28	0.161	699	0.162	728	0.953	0.966	99.8626	0.158
2.993-3.344	0.226	41	0.165	634	0.169	676	0.945	0.962	99.8521	0.166
3.344-3.856	0.191	22	0.158	586	0.159	608	0.957	0.965	100	0.166
3.856-4.71	0.205	31	0.145	484	0.149	516	0.961	0.97	99.8062	0.152
4.71-6.61	0.234	20	0.19	396	0.192	416	0.929	0.951	100	0.199
6.61-37.798	0.249	15	0.197	242	0.2	258	0.942	0.958	99.6124	0.21

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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