PDB-8yhp: Structure of the PGK1 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yhp

タイトル

Structure of the PGK1 from Biortus.

要素

Phosphoglycerate kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Manipulation of host energy metabolism / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / plasminogen activation / epithelial cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Wang, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the PGK1 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Wang, J.

履歴

登録	2024年2月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yhp.cif.gz	102.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yhp.ent.gz	73 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yhp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yhp_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yhp_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	8yhp_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	8yhp_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yhp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglycerate kinase 1

ヘテロ分子

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.591, 70.058, 95.681
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-707- HOH
2	1	A-803- HOH
3	1	A-838- HOH
4	1	A-859- HOH
5	1	A-871- HOH

#1: タンパク質	Phosphoglycerate kinase 1 / Cell migration-inducing gene 10 protein / Primer recognition protein 2 / PRP 2 分子量: 44541.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGK1, PGKA, MIG10, OK/SW-cl.110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00558, phosphoglycerate kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Na/K PO4, 20% PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.18075 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→47.84 Å / Num. obs: 30843 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 0.742 / Num. unique obs: 2162

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→46.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 7.376 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.195 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2864	1552	5.037 %
R_work	0.2337	29260	-
all	0.236	-	-
obs	-	30812	99.744 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.359 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.378 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.899 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.522 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3116	0	8	288	3412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	3195
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.898	1.831	4308
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.326	1.765	7346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.795	5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.689	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.836	10	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.974	10	121
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	644
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	251
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.075	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.128	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.343	3.97	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.343	3.97	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.228	7.136	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.227	7.137	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.328	4.15	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.327	4.15	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.317	7.587	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.317	7.587	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.137	37.091	3659
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.986	36.036	3578

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.357	118	0.334	2126	0.335	2244	0.872	0.886	100	0.3
2.001-2.055	0.341	87	0.347	2100	0.347	2187	0.872	0.886	100	0.315
2.055-2.115	0.33	90	0.323	2042	0.323	2132	0.867	0.897	100	0.295
2.115-2.18	0.312	104	0.284	1946	0.286	2050	0.917	0.934	100	0.252
2.18-2.251	0.401	90	0.296	1919	0.301	2009	0.868	0.928	100	0.264
2.251-2.33	0.297	106	0.276	1857	0.277	1964	0.928	0.942	99.9491	0.245
2.33-2.418	0.305	89	0.266	1773	0.268	1864	0.935	0.947	99.8927	0.237
2.418-2.516	0.274	86	0.26	1743	0.261	1832	0.945	0.953	99.8362	0.231
2.516-2.627	0.283	109	0.236	1615	0.239	1725	0.941	0.962	99.942	0.21
2.627-2.755	0.301	85	0.224	1589	0.229	1674	0.941	0.964	100	0.202
2.755-2.904	0.296	84	0.25	1521	0.253	1606	0.936	0.954	99.9377	0.227
2.904-3.079	0.296	83	0.255	1412	0.257	1508	0.945	0.954	99.1379	0.233
3.079-3.291	0.278	85	0.232	1329	0.234	1418	0.952	0.964	99.7179	0.217
3.291-3.553	0.331	78	0.234	1255	0.239	1342	0.929	0.964	99.3294	0.227
3.553-3.89	0.251	56	0.212	1163	0.214	1232	0.954	0.972	98.9448	0.209
3.89-4.345	0.26	54	0.184	1057	0.188	1119	0.967	0.977	99.2851	0.186
4.345-5.01	0.228	48	0.176	948	0.179	1002	0.971	0.98	99.4012	0.182
5.01-6.118	0.3	42	0.21	817	0.214	864	0.94	0.972	99.4213	0.215
6.118-8.577	0.311	37	0.181	648	0.187	689	0.948	0.978	99.4194	0.185
8.577-46.3	0.155	21	0.157	400	0.156	426	0.988	0.984	98.8263	0.167

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