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- PDB-8yhm: The structure of SdnG covalently binding with the cope rearrangem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yhm
タイトルThe structure of SdnG covalently binding with the cope rearrangement product
要素Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Diels Alderase / Norbornene / Sordarin / cope rearrangement
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / antibiotic biosynthetic process / NTF2-like domain superfamily / : / Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G
機能・相同性情報
生物種Sordaria araneosa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Zhou, J. / Zang, X. / Yi, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2025
タイトル: Iminium Catalysis in Natural Diels-Alderase.
著者: Sun, Z. / Zang, X. / Zhou, Q. / Ohashi, M. / Houk, K.N. / Zhou, J. / Tang, Y.
履歴
登録2024年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G
B: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3006
ポリマ－32,4272
非ポリマー8734
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.830, 59.310, 107.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 through 20 or resid 22...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 5 through 20 or resid 22...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLUPHEPHEAA5 - 205 - 20
d_12VALVALLEULEUAA22 - 3522 - 35
d_13LEULEUTYRTYRAA39 - 4139 - 41
d_14GLYGLYTHRTHRAA43 - 4843 - 48
d_15GLYGLYALAALAAA50 - 9350 - 93
d_16LEULEUTYRTYRAA95 - 12695 - 126
d_17LYSLYSLYSLYSAA127127
d_18ASPASPASPASPAA128128
d_19LEULEUHISHISAA130 - 136130 - 136
d_110MPDMPDMPDMPDAC201
d_21GLUGLUPHEPHEBB5 - 205 - 20
d_22VALVALLEULEUBB22 - 3522 - 35
d_23LEULEUTYRTYRBB39 - 4139 - 41
d_24GLYGLYTHRTHRBB43 - 4843 - 48
d_25GLYGLYALAALABB50 - 9350 - 93
d_26LEULEUTYRTYRBB95 - 12695 - 126
d_27LYSLYSLYSLYSBB127127
d_28ASPASPASPASPBB128128
d_29LEULEUHISHISBB130 - 136130 - 136
d_210MPDMPDMPDMPDBE201

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.950287023279, 0.00872004348454, -0.311253167421), (0.0082971555276, -0.999961979151, -0.00268280872449), (-0.31126472752, -3.30776217334E-5, -0.950323244116) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.950287023279, 0.00872004348454, -0.311253167421), (0.0082971555276, -0.999961979151, -0.00268280872449), (-0.31126472752, -3.30776217334E-5, -0.950323244116)
ベクター: -9.57357976587, 9.24437814005, -59.4575050268)

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要素

#1: タンパク質 Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G


分子量: 16213.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sordaria araneosa (菌類) / 遺伝子: sdnG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XBH4
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-A1LZG / (3aR,5R,5aR,8R,8aR,9aR)-5-methanoyl-8,9a-dimethyl-2-propan-2-yl-3,3a,4,5,5a,6,7,8,8a,9-decahydrocyclopenta[g]azulene-1-carboxylic acid


分子量: 318.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M MOPSO/bis-tris pH 6.5, 5%(w/v) PEG 20K, 25% (w/v) 1,1,1tris(hydroxymethyl)propane, 1%(w/v) NDSB 195, 0.5mM of each Lanthanide: 5mM erbium(III) chloride hexahydrate, 5mM terbium(III) ...詳細: 0.1M MOPSO/bis-tris pH 6.5, 5%(w/v) PEG 20K, 25% (w/v) 1,1,1tris(hydroxymethyl)propane, 1%(w/v) NDSB 195, 0.5mM of each Lanthanide: 5mM erbium(III) chloride hexahydrate, 5mM terbium(III) chloride hexahydrate, 5mM ytterbium(III) chloride hexahydrate, 5mM yttrium(III) chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→39.88 Å / Num. obs: 31340 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 25.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 1631 / CC1/2: 0.803

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→39.88 Å / SU ML: 0.224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.196
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2158 1557 4.98 %
Rwork0.1902 29720 -
obs0.1914 31277 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→39.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1910 0 230 208 2348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00332285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72973119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0556350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4977889
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.549243208954 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.780.26071370.25582655X-RAY DIFFRACTION99.89
1.78-1.840.31561640.27542629X-RAY DIFFRACTION99.86
1.84-1.910.36721340.2662674X-RAY DIFFRACTION99.93
1.91-20.25551360.21862648X-RAY DIFFRACTION100
2-2.110.21161470.20122671X-RAY DIFFRACTION99.96
2.11-2.240.26121360.20872695X-RAY DIFFRACTION99.93
2.24-2.410.23991460.2042671X-RAY DIFFRACTION99.89
2.41-2.650.22891450.20172709X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.040.2131320.19672714X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.820.19541520.16692746X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.290.16681280.16412908X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.4577383153 Å / Origin y: 4.57463080925 Å / Origin z: -28.1365520837 Å
111213212223313233
T0.128593864104 Å2-0.00899356671786 Å20.00927097161426 Å2-0.158814524139 Å2-0.00642535024804 Å2--0.204550136766 Å2
L0.327706630868 °2-0.120962245855 °20.34349018814 °2-1.45619163974 °2-0.325853594619 °2--2.46085521109 °2
S-0.0349097438862 Å °0.014283205686 Å °-0.0253675918931 Å °0.00909815289108 Å °-0.0392668449818 Å °-0.166289301788 Å °0.00286136953696 Å °0.123112444313 Å °0.0544316092294 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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