[日本語] English
万見
- PDB-8yhk: The Crystal Structure of P21-Activated Kinases Pak4 from Biortus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yhk
タイトルThe Crystal Structure of P21-Activated Kinases Pak4 from Biortus
要素Serine/threonine-protein kinase PAK 4
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Serine/threonine-protein kinase / Apoptosis / ATP-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOU GTPase cycle ...dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / cellular response to organic cyclic compound / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / regulation of cell growth / adherens junction / positive regulation of angiogenesis / cell migration / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / cell cycle / phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Golgi apparatus / signal transduction / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Serine/threonine-protein kinase PAK 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Qi, J. / Wu, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Not funded 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of P21-Activated Kinases Pak4 from Biortus
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Qi, J. / Wu, B.
履歴
登録2024年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1622
ポリマ－34,0121
非ポリマー1501
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.274, 146.274, 43.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / p21-activated kinase 4 / PAK-4


分子量: 34011.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.76 Å / Num. obs: 7176 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.56 Å / Num. unique obs: 1460 / CC1/2: 0.809

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→46.299 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 47.589 / SU ML: 0.602 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.64 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3186 351 4.906 %
Rwork0.2494 6803 -
all0.253 --
obs-7154 94.455 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 102.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.992 Å20 Å20 Å2
2---8.992 Å2-0 Å2
3---17.983 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→46.299 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 10 11 2349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0132385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1951.6423226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9821.5775444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0085293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.31220.8125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.53615431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8461522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1570.22364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1430.21131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0680.21146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0980.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1250.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.51810.7881175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.51910.7871174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.41316.1811467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.41216.1821468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.24211.1631208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.24111.1611209
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.04816.6281759
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.04616.6251760
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.523126.3482554
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.522126.3432555
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.3860.453280.446485X-RAY DIFFRACTION93.7843
3.386-3.4790.514240.461491X-RAY DIFFRACTION99.8062
3.479-3.5790.425220.383463X-RAY DIFFRACTION94.1748
3.579-3.6890.354210.386455X-RAY DIFFRACTION94.2574
3.689-3.810.327210.354461X-RAY DIFFRACTION98.7705
3.81-3.9440.434230.305419X-RAY DIFFRACTION92.0833
3.944-4.0920.242250.282414X-RAY DIFFRACTION97.5556
4.092-4.2590.414280.236393X-RAY DIFFRACTION95.0339
4.259-4.4480.31230.21377X-RAY DIFFRACTION93.4579
4.448-4.6650.246160.214375X-RAY DIFFRACTION98.2412
4.665-4.9170.313220.207353X-RAY DIFFRACTION91.0194
4.917-5.2140.304180.232313X-RAY DIFFRACTION92.9775
5.214-5.5730.331100.25312X-RAY DIFFRACTION90.1961
5.573-6.0180.414180.235291X-RAY DIFFRACTION96.2617
6.018-6.5910.201140.182277X-RAY DIFFRACTION92.9712
6.591-7.3650.21270.138250X-RAY DIFFRACTION90.493
7.365-8.4970.15480.128231X-RAY DIFFRACTION94.8413
8.497-10.3890.1580.145195X-RAY DIFFRACTION94.8598
10.389-14.6190.207100.15151X-RAY DIFFRACTION88.4615
14.619-46.2990.6150.3497X-RAY DIFFRACTION90.2655

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る