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- PDB-8yhg: The complex structure of SdnG with its analogue of substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yhg
タイトルThe complex structure of SdnG with its analogue of substrate
要素Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Diels Alderase / Norbornene / Sordarin / Analogue
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / antibiotic biosynthetic process / NTF2-like domain superfamily / : / Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G
機能・相同性情報
生物種Sordaria araneosa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Zhou, J. / Zang, X. / Yi, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2025
タイトル: Iminium Catalysis in Natural Diels-Alderase.
著者: Sun, Z. / Zang, X. / Zhou, Q. / Ohashi, M. / Houk, K.N. / Zhou, J. / Tang, Y.
履歴
登録2024年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G
B: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3006
ポリマ－32,4272
非ポリマー8734
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area12750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.140, 58.990, 104.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 through 35 or resid 38...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 5 through 35 or resid 38...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLULEULEUAA5 - 355 - 35
d_12ASPASPTYRTYRAA38 - 4138 - 41
d_13GLYGLYHISHISAA43 - 9043 - 90
d_14ASNASNPROPROAA92 - 9992 - 99
d_15LYSLYSGLNGLNAA101 - 137101 - 137
d_16A1LYTA1LYTA1LYTA1LYTAC201
d_17MPDMPDMPDMPDAD202
d_21GLUGLULEULEUBB5 - 355 - 35
d_22ASPASPTYRTYRBB38 - 4138 - 41
d_23GLYGLYHISHISBB43 - 9043 - 90
d_24ASNASNPROPROBB92 - 9992 - 99
d_25LYSLYSGLNGLNBB101 - 137101 - 137
d_26A1LYTA1LYTA1LYTA1LYTBE201
d_27MPDMPDMPDMPDBF202

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.996603325784, -0.00100115076962, 0.0823456661453), (-0.00243429333969, -0.999847286536, 0.0173054275297), (0.0823157655113, -0.0174471001368, -0.996453568133) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.996603325784, -0.00100115076962, 0.0823456661453), (-0.00243429333969, -0.999847286536, 0.0173054275297), (0.0823157655113, -0.0174471001368, -0.996453568133)
ベクター: -2.04501178809, 8.35936359789, 52.5564603836)

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要素

#1: タンパク質 Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G / Diels Alderase SdnG


分子量: 16213.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sordaria araneosa (菌類) / 遺伝子: sdnG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XBH4
#2: 化合物 ChemComp-A1LYT / (5R)-5-methyl-5-[[(1R,2R,5R)-2-methyl-5-[(2R)-1-oxidanylidenepropan-2-yl]cyclopentyl]methyl]-2-propan-2-yl-cyclopenta-1,3-diene-1-carboxylic acid


分子量: 318.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.02M of each alcohol (0.2M 1,6-hexanediol, 0.2M 1-butanol, 0.2M (RS)-1,2-propanediol, 0.2M 2-propanol, 0.2M 1,4-butanediol, 0.2M 1,3-propanediol), ...詳細: 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.02M of each alcohol (0.2M 1,6-hexanediol, 0.2M 1-butanol, 0.2M (RS)-1,2-propanediol, 0.2M 2-propanol, 0.2M 1,4-butanediol, 0.2M 1,3-propanediol), 0.1M Bicine/Tris pH 8.5
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→30.05 Å / Num. obs: 30140 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 25.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 1.209 / Num. unique obs: 2922

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
AutoProcessデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→25.29 Å / SU ML: 0.2162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0747
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 1443 4.79 %
Rwork0.1939 28697 -
obs0.1957 30140 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→25.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2103 0 62 225 2390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00622264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87323075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0556344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9488847
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.95645279524 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.820.28551450.24312874X-RAY DIFFRACTION99.15
1.82-1.90.35181570.28022859X-RAY DIFFRACTION99.31
1.9-1.980.35161360.34842452X-RAY DIFFRACTION85.27
1.98-2.090.28951380.26162792X-RAY DIFFRACTION96.16
2.09-2.220.21021370.18452920X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.390.25571290.21912801X-RAY DIFFRACTION94.98
2.39-2.630.22821450.19152943X-RAY DIFFRACTION100
2.63-3.010.22561420.18152948X-RAY DIFFRACTION99.97
3.01-3.790.19951450.1663005X-RAY DIFFRACTION99.87
3.79-25.290.21651690.16883103X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.84752989677 Å / Origin y: 4.26901909632 Å / Origin z: 26.6449019387 Å
111213212223313233
T0.138761873779 Å2-0.000475833391157 Å2-0.00817813214899 Å2-0.144358718699 Å2-0.0118177251635 Å2--0.164595589612 Å2
L0.778395414261 °2-0.022592787515 °20.0719353826956 °2-1.26782485117 °2-0.466173427471 °2--1.1736556731 °2
S-0.05471018249 Å °0.0310156980958 Å °-0.0139470413444 Å °0.00722234729423 Å °-0.00460324923835 Å °-0.0783847824771 Å °-0.00741700384049 Å °-0.00735555581165 Å °-0.000110599657372 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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