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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yha | ||||||
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タイトル | Type I-EHNH Cascade-ssDNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / protein / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) Candidatus Cloacimonadota bacterium (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Z. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Mechanisms for HNH-mediated target DNA cleavage in type I CRISPR-Cas systems. 著者: Chendi Zhang / Fugen Chen / Feng Wang / Haijiang Xu / Jialin Xue / Zhuang Li / 要旨: The metagenome-derived type I-E and type I-F variant CRISPR-associated complex for antiviral defense (Cascade) complexes, fused with HNH domains, precisely cleave target DNA, representing recently ...The metagenome-derived type I-E and type I-F variant CRISPR-associated complex for antiviral defense (Cascade) complexes, fused with HNH domains, precisely cleave target DNA, representing recently identified genome editing tools. However, the underlying working mechanisms remain unknown. Here, structures of type I-F and I-E Cascade complexes at different states are reported. In type I-F Cascade, Cas8f loosely attaches to Cascade head and is adjacent to the 5' end of the target single-stranded DNA (ssDNA). Formation of the full R-loop drives the Cascade head to move outward, allowing Cas8f to detach and rotate ∼150° to accommodate target ssDNA for cleavage. In type I-E Cascade, Cas5e domain is adjacent to the 5' end of the target ssDNA. Full crRNA-target pairing drives the lift of the Cascade head, widening the substrate channel for target ssDNA entrance. Altogether, these analyses into both complexes revealed that crRNA-guided positioning of target DNA and target DNA-induced HNH unlocking are two key factors for their site-specific cleavage of target DNA. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yha.cif.gz | 628.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8yha.ent.gz | 512.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yha.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yha_validation.pdf.gz | 442.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8yha_full_validation.pdf.gz | 480.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8yha_validation.xml.gz | 64 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yha_validation.cif.gz | 100.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yha | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 39286MC 8yb6C 8ydbC 8yeoC 8yh9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-CRISPR system Cascade subunit ... , 2種, 7分子 ADEFGHI
#1: タンパク質 | 分子量: 43621.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) 遺伝子: casD, BWX75_00750 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8C5 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 41794.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) 遺伝子: casC, BWX75_00749 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8B5 |
-CRISPR-associated protein ... , 2種, 2分子 JK
#5: タンパク質 | 分子量: 60665.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) 遺伝子: BWX75_00747 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8D1 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 20300.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) 遺伝子: BWX75_00748 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8C9 |
-タンパク質 / RNA鎖 / DNA/RNAハイブリッド / 非ポリマー , 4種, 5分子 BCT
#2: タンパク質 | 分子量: 31218.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) 遺伝子: cse3, BWX75_00751 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1V6F8C4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 19681.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonadota bacterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
#7: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 17561.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonadota bacterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
#8: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Type I-EHNH Cascade-ssDNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Cloacimonadota bacterium (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63162 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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