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- PDB-8yh1: Crystal structure of Thermus thermophilus UMP kinase complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yh1
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus UMP kinase complexed with a phosphoryl group acceptor and donor.
要素Uridylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Uridine kinase / Allosteric effector / Thermus thermophilus / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uridylate kinase, bacteria / Uridylate kinase / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Uridylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fukui, K. / Nishiwaki, A. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Thermus thermophilus UMP kinase complexed with a phosphoryl group acceptor and donor.
著者: Fukui, K. / Nishiwaki, A. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R.
履歴
登録2024年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年7月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work
解説: Real space R-factor
詳細: During the peer review process of the associated manuscript, concerns were raised regarding the certainty of the binding of one of the ligands to the protein. As a result, the model was ...詳細: During the peer review process of the associated manuscript, concerns were raised regarding the certainty of the binding of one of the ligands to the protein. As a result, the model was revised to remove this ligand, and the PDB coordinate file was updated accordingly.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridylate kinase
B: Uridylate kinase
C: Uridylate kinase
D: Uridylate kinase
E: Uridylate kinase
F: Uridylate kinase
G: Uridylate kinase
H: Uridylate kinase
I: Uridylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,71554
ポリマ－227,7219
非ポリマー8,99445
水8,071448
1
A: Uridylate kinase
B: Uridylate kinase
C: Uridylate kinase
ヘテロ分子

A: Uridylate kinase
B: Uridylate kinase
C: Uridylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,39748
ポリマ－151,8146
非ポリマー7,58342
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area29390 Å2
ΔGint-475 kcal/mol
Surface area45890 Å2
手法PISA
2
D: Uridylate kinase
F: Uridylate kinase
G: Uridylate kinase
H: Uridylate kinase
ヘテロ分子

E: Uridylate kinase
I: Uridylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,01730
ポリマ－151,8146
非ポリマー5,20324
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_444x-1/2,-y-1/2,-z-1/21
Buried area25760 Å2
ΔGint-297 kcal/mol
Surface area44770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.217, 232.197, 284.841
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-471-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質
Uridylate kinase / UK / Uridine monophosphate kinase / UMP kinase / UMPK


分子量: 25302.348 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: pyrH, TTHA0859 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43891, UMP kinase

-
非ポリマー , 6種, 493分子

#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1 M MES, 2.0 M ammonium sulfate, 10 mM cobalt chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→26.32 Å / Num. obs: 152039 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 42.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 39.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Rmerge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique obs: 15086

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→26.32 Å / SU ML: 0.224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.2311
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2032 1999 1.31 %
Rwork0.1805 150040 -
obs0.1808 152039 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→26.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15744 0 541 448 16733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007616502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.066822480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05812666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00792819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.83655918
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.660.2791400.227410578X-RAY DIFFRACTION99.31
2.66-2.740.22971420.211910630X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.820.23251420.208110643X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.910.23411430.20510689X-RAY DIFFRACTION99.99
2.91-3.010.23781420.22410686X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.130.25791420.20510618X-RAY DIFFRACTION99.95
3.13-3.270.23911420.20210709X-RAY DIFFRACTION99.99
3.27-3.450.19651420.196610631X-RAY DIFFRACTION99.96
3.45-3.660.20341420.192710740X-RAY DIFFRACTION99.92
3.66-3.940.21281440.1710704X-RAY DIFFRACTION99.74
3.94-4.340.19441420.152210711X-RAY DIFFRACTION99.64
4.34-4.960.16651440.14710782X-RAY DIFFRACTION99.84
4.96-6.240.18721440.190810845X-RAY DIFFRACTION99.97
6.24-26.320.1711480.157211074X-RAY DIFFRACTION99.52
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.8528772406 Å / Origin y: -83.9714717399 Å / Origin z: -55.7370037486 Å
111213212223313233
T0.32596751888 Å20.0247674354212 Å20.00321419381853 Å2-0.31900889041 Å20.0504002685755 Å2--0.301489188777 Å2
L0.318202939043 °2-0.129444409903 °20.0557513736038 °2-0.213040599908 °2-0.0580634112756 °2--0.141543638946 °2
S0.0390337535287 Å °0.0837879429735 Å °0.0532745275252 Å °-0.0127700064785 Å °-0.0146576912244 Å °0.100714532101 Å °-0.0294836458761 Å °0.0392570028759 Å °-0.0253578913911 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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